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FragLite mapping to identify the BRD4 recruitment site of P-TEFb
本研究利用 FragLite 技术绘制了 Cyclin T2 的配体结合图谱，不仅验证了已知结合位点，还结合生物物理分析与 AlphaFold3 建模成功鉴定并解析了此前未知的 BRD4 招募位点，为开发靶向 P-TEFb 的选择性调节剂提供了关键结构基础。
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365 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
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Improved cryo-EM reconstruction of sub-50 kDa complexes using 2D template matching
该研究通过结合高分辨率先验结构与二维模板匹配技术，显著提升了小分子量（<50 kDa）复合物（如 43 kDa 蛋白激酶）的冷冻电镜重构质量，为解析药物结合复合物提供了新途径。
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Rapid and reliable quantification of cytosolic mRNA escape (RNASCAPE)
本文介绍了一种名为 RNASCAPE 的深度学习框架，它仅需三个时间点的 EGFP 表达数据和四个 LNP 参数即可准确量化 mRNA 的胞质逃逸效率，从而克服了现有方法的局限性并推动了核酸治疗递送系统的理性设计。
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Integrating computational chemistry and machine learning to predict KRAS mutation-induced resistance
该研究通过整合分子动力学模拟产生的结构、能量及接触描述符与机器学习算法，成功构建了预测 KRAS 突变（如 G12C/Y96 系列）诱导药物耐药性的计算框架，揭示了溶剂可及表面积变异性等构象与溶剂暴露变化是耐药性的关键驱动因素。
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Extending the MARTINI 3 Coarse-Grained Forcefield to Polypeptoids
本文开发了首个兼容 MARTINI 3 框架的聚肽（polypeptoid）粗粒度力场，通过结合全原子参考模拟与直接玻尔兹曼反演方法，实现了对 19 种常见残基的高效、准确建模，并集成至 martinize2 工具中以促进聚肽材料的大尺度模拟与理性设计。
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The Central Coupler of the AAA+ ATPase ClpXP Controls Intersubunit Communication and Couples the Conversion of Chemical Energy into the Generation of Force
该研究结合单分子光镊、生化实验和冷冻电镜技术，揭示了 ClpX 六聚体中保守的中央耦合器通过协调相邻亚基间的精氨酸指与传感器相互作用来触发 ATP 水解，并将水解能量高效转化为向下的构象运动，从而驱动蛋白质底物的快速去折叠与易位。
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Structural features of E. coli Stx bacteriophage phi24B revealed with cryo-electron microscopy
本研究利用高分辨率冷冻电镜和蛋白质组学技术，揭示了大肠杆菌 Shiga 毒素转换噬菌体 phi24B 具有 T=9 对称性的二十面体衣壳、由加工酯酶 gp84 装饰及水泥蛋白稳定的结构特征，并详细解析了其包含十二聚体门户、适配器环、六聚体喷嘴、六根侧尾纤维及柔性中心针状纤维的尾部组装机制。
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KinConfBench: A Curated Benchmark for Cofolding Models on Kinase Conformational States
本文介绍了 KinConfBench 基准，该基准评估了三种先进的共折叠模型在预测激酶配体诱导构象状态方面的能力，发现尽管这些模型在分类准确率上表现尚可，但在捕捉构象多样性、避免“无配体漂移”以及通过多次推理生成多样化结构方面存在严重缺陷，从而强调了在基于结构的药物发现中超越几何拟合、捕捉配体诱导的蛋白质构象多样性的重要性。
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Molecular basis of protein-glycan cross-linking by CpCBM92A revealed by NMR spectroscopy
该研究利用核磁共振波谱技术揭示了来自*Chitinophaga pinensis*的三价 CBM92A 蛋白中三个结合位点（一个高亲和力的β位点和两个分别偏好结合不同长度β-1,3 及β-1,6-葡聚糖链的位点）在配体识别中的协同作用机制，阐明了糖苷键位置与异头构型对亲和力的影响，并解释了其介导硬葡聚糖链交联的分子基础。
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Deciphering Coccolith Formation: Advanced Microscopy Insights from the Biomineralisation of Gephyrocapsa huxleyi
该研究利用冷冻叠层 X 射线层析成像技术，结合其他显微手段，在三维空间内完整揭示了*Gephyrocapsa huxleyi*（现称*Emiliania huxleyi*）颗石藻在细胞内受限空间中通过各向异性晶体生长形成复杂颗石片的发育阶段与调控机制。