⚛️ biophysics
Rectifying AI-generated protein structure ensembles for equilibrium using physics-based computations
该研究提出了一种结合加权系综模拟与 RiteWeight 重加权算法的物理计算路径，成功将不同人工智能工具生成的腺苷酸激酶结构系综校正为基于特定力场的统一平衡态描述。
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biophysics
419 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
⚛️ biophysics
Several multiple sequence alignment perturbation methods enhance AlphaFold3 sampling of alternative protein states
该研究评估了多种多序列比对扰动策略在 AlphaFold3 中的应用，发现这些方法不仅能显著提升其采样多种蛋白质构象状态的能力（表现优于 AlphaFold2 且与 BioEmu 相当），还能通过特定的掩码选择进一步优化特定目标的采样效果。
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Frustration Landscapes of Broadly Neutralizing SARS-CoV-2 Spike Antibodies Targeting Conserved Epitopes Reveal Energetic Logic of Escape-Proof and Escape-Prone Mechanisms
该研究通过整合计算框架揭示了 SARS-CoV-2 广谱中和抗体通过靶向由“最小化挫败”核心与“中性挫败”外围构成的超保守表位，利用能量分布策略实现了对病毒免疫逃逸机制的突破，并为设计下一代抗病毒疗法提供了理论蓝图。
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Transferability of ion force fields to OPC water: Maintaining single-ion and ion-pairing properties
该研究评估了现有离子力场参数直接迁移至 OPC 水模型的适用性，发现单一参数集无法同时准确描述所有离子，进而提出了结合 Mamatkulov-Schwierz-Grotz 阳离子与 Loche-Bonthuis 阴离子参数的 MS/G-LB(OPC) 力场，成功复现了水合自由能、第一水合层结构及低盐浓度下的活度导数等关键实验性质。
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Correcting Preprocessing Bias in Sparse Chromatin Contact Data Enables Physically Interpretable Reconstruction of Genome Architecture
该研究揭示了全矩阵百分位截断预处理会系统性扭曲稀疏染色质接触数据，进而提出了一种基于非零百分位截断和归一化的统计一致框架及 CCUT 深度学习模型，从而实现了符合聚合物物理规律的基因组结构重建，并建立了实验数据与物理模型间的定量可比性。
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YY1-concentration-dependent formation of mechanically distinct DNA condensates through different interaction mechanisms
该研究利用单分子 DNA 幕荧光成像技术揭示，转录因子 YY1 通过其有序结构域与内在无序区域的协同作用，以浓度依赖的方式分别通过弱相互作用和锌指介导的桥接机制，形成具有不同力学特性的 DNA 凝聚体，从而阐明了转录因子调控染色质物质状态及基因组调控的分子机制。
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Structural Basis of M1 Muscarinic and H3 Histamine Receptor Inhibition in OPC Differentiation
该研究通过计算模拟与实验验证，揭示了先导化合物 CN045 通过特异性结合并抑制 M1 毒蕈碱受体（而非 H3 组胺受体）来促进少突胶质细胞前体细胞分化，从而为多发性硬化症的髓鞘再生治疗提供了结构基础。
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Structure and dynamics of a multidomain ligand-gated ion channel revealed under acidic conditions
该研究利用酸性条件下的冷冻电镜技术，首次解析了细菌离子通道 DeCLIC 的扩张孔道开放态结构，并揭示了其钙离子结合位点及 N 端结构域的动态重排在通道关闭过程中的关键调控机制。
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Biophysical fitness landscape design traps viral evolution
该研究提出了一种基于生物物理原理的“适应性景观设计”方法，通过算法优化抗体组合来定量重塑病毒适应性景观，从而在逃逸突变出现前主动抑制其进化路径，为前瞻性疫苗设计提供了新策略。
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Mass photometry reveals stoichiometry and binding dynamics of bispecific tetravalent anti-VEGF-PD-1 antibody ivonescimab
该研究利用质量光度法结合动力学建模，揭示了双特异性抗体 ivonescimab 在 VEGF 诱导下主要形成稳定的 2:2 二聚体复合物，并精确量化了其结合 VEGF 与 PD-1 的亲和力及结合动力学特征。