Dpb11 facilitates the colocalization of Mec1-Ddc2 with its activators on gapped DNA
利用单分子成像和力谱技术，本研究揭示检查点介导蛋白 Dpb11 通过将 Mec1-Ddc2 激酶复合物直接招募至单链 - 双链 DNA 连接处并桥接单链 DNA 以缩短有效缺口长度，从而促进该复合物与其激活因子在缺口 DNA 上的共定位。
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biophysics
299 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Quantum kernel support vector machines for trabecular bone classification: comparing feature reduction strategies on synthetic micro-CT data
本研究证明，尽管大多数降维策略会导致量子核支持向量机在小梁骨分类任务中表现不如经典基线，但UMAP是唯一能使量子核保持竞争力的方法，尽管观察到的优势在统计上不显著且可能因折叠依赖性而被夸大，同时研究还发现ZZ量子核无法为回归任务捕捉平滑的度量结构。
Deep Learning-Enhanced TopoStats for the Automated Quantification of DNA and Complex Biomolecular Structures
本文介绍了深度学习增强的 TopoStats，这是一个开源 Python 软件包，可自动化 DNA 和复杂生物分子的原子力显微镜（AFM）数据的定量分析，从而将 AFM 从一种定性可视化工具转变为能够区分细微结构差异的稳健、高通量分析框架。
Mechanics-Driven Emergence of Mesenchymal Migration Features
本文介绍了一个最小化的二维计算模型，证明间充质细胞迁移（其特征为持续性随机游走和多样的形态）可以仅由细胞内牵引力与动态黏附循环之间的力学相互作用而产生，而无需施加极化或方向性偏倚。
In silico design and validation of high-affinity RNA aptamers for SARS-CoV-2 comparable to neutralizing antibodies
本研究引入了CAAMO，这是一个集计算与实验于一体的框架，成功优化了针对SARS-CoV-2的RNA适配体，使其结合亲和力达到与中和抗体相当的水平，从而为开发基于高亲和力适配体的治疗与诊断手段提供了一条稳健的途径。
Phase separation determines treadmilling-like movement ofactin bundles
本研究证明，通过中等范围的自亲和力平衡聚合与cofilin驱动的解聚，zyxin和VASP的液 - 液相分离凝聚体能够驱动肌动蛋白束持续、类似踏车式的运动，该机制已通过体外重构和基于智能体的模拟得到验证。
Charged agar surfaces affect E. coli biofilm properties by balancing curli amyloid quantity and quality
本研究证明，阳离子和阴离子聚电解质涂层通过诱导细胞外基质中卷曲淀粉样纤维的数量与结构质量之间的权衡，从而调节大肠杆菌生物膜的宏观特性。
TFAM organizes DNA into compact higher order structures
本研究提供了生物化学和结构证据，表明 TFAM 在较长的 DNA 片段上寡聚化，将线粒体基因组压缩成均一 yet 动态灵活的高级核样结构，从而超越了以往基于短 DNA 片段所获得的见解。
Mitochondrial mechanics nucleates axonal jamming and swelling
该研究通过建立耦合线粒体运动、形态与生命周期动力学的智能体模型，揭示了线粒体因形状和机械特性差异引发的交通堵塞会通过力平衡机制导致轴突肿胀，并阐明线粒体分裂加剧而融合缓解这一堵塞过程，从而建立了连接线粒体动力学与轴突完整性的物理框架。
Covalently linked peptides and membrane potential enable CyaA segment translocation
该研究利用新型 DIB-Pipette 技术发现，百日咳杆菌腺苷酸环化酶毒素（CyaA）的两个肽段（P454 和 P233）分别以不依赖和依赖膜电位的方式跨膜，而两者通过共价连接后能协同作用，在无膜电位条件下实现高效跨膜转运，从而揭示了该毒素跨膜机制的新见解。