Light Martini water accelerates sampling in coarse-grained molecular dynamics simulations
作者们引入了“轻量级 Martini 水”(light Martini water),这是一种通过降低珠子质量实现的低粘度水模型,它在显著加速本质无序蛋白质和脂质双层粗粒化分子动力学模拟采样率的同时,仍能保持平衡性质和模拟精度。
412 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科,它像一座桥梁,将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里,研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠,甚至探索意识背后的物质基础,让抽象的生命现象变得清晰可测。
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作者们引入了“轻量级 Martini 水”(light Martini water),这是一种通过降低珠子质量实现的低粘度水模型,它在显著加速本质无序蛋白质和脂质双层粗粒化分子动力学模拟采样率的同时,仍能保持平衡性质和模拟精度。
本文介绍了一种自监督框架,该框架能够将噪声图像序列映射到由循环局部状态及其时空关系构成的离散词汇表中,且无需预定义的模板或干净的目标,成功地在合成、基准及生物数据中恢复出具有解释性的结构。
本文提出了一种协同方法论,该方法将经过实验验证的 DNA 编码库(DEL)数据与生成式人工智能及超大规模化合物库相结合,旨在将初始命中化合物快速扩展为多样化、类药且可商业获得的化合物,并成功鉴定出与原始 DEL 筛选结果相比具有改良性质的新型 53BP1 抑制剂。
本研究采用 smFRET 引导的整合建模技术,证明了在生理盐浓度下,依赖于 Mg2+ 的 GAAA 四环–受体 RNA 三级接触涉及结合态与非结合态亚群的异质平衡,从而揭示了静态高分辨率结构无法捕捉到的动态构象系综。
本文提出了一种利用高速 SlimVar 显微技术和量子点探针,通过在定义的最小生物膜模拟物中定量测量分子传输,从而建立了一种模块化工作流的自下而上方法论框架,该框架克服了在复杂的天然生物膜环境中追踪颗粒所面临的光学和分析挑战。
这项研究表明,对于听力至关重要的 PCDH15 CD2 胞内结构域是一种本质无序、扩张的酸性多电荷两性离子,其生物物理特性表明它作为一个机械响应性结构元件发挥作用,可能有助于听觉机械转导中的力传导与适应。
这项单分子力谱研究揭示了 Rossmann2x2 折叠蛋白 (Ross) 通过一条严格的可逆路径达到其天然结构,其中离散的协同折叠单元 (foldons) 按顺序组装,始于一个能够自主折叠并引导随后依赖性二级单元组织的初级单元。
本文介绍了 2P-RESOLFT 显微成像技术,该技术利用双光子驱动激发和可逆光开关效应,实现了在组织深处进行 205 纳米超分辨率成像,并成功揭示了胰腺伪假岛中此前未被观察到的膜突起。
本文介绍了 2026 年社区范围内的异质性重构算法评估(CAHRA)挑战赛,该挑战赛旨在通过三个旨在解决组分异质性、连续构象变异以及姿态-构象纠缠问题的全新基准数据集,来评估冷冻电镜(cryo-EM)异质性分析方法。
这项研究揭示了脂质膜中的酰基链化学性质(长度与饱和度)如何调节诸如堆积、流动性和表面电荷等生物物理特性,从而控制与 DNA 纳米探针及凝聚体的选择性相互作用,为工程化膜-生物分子界面提供了一个机制框架。