Simulating Multi-Colour Single-Molecule Localisation Microscopy Using an RGB Camera
该研究通过引入 RGB 相机并利用其固有光谱敏感性，结合真实模拟框架，成功实现了在保持约 3.2 纳米定位精度的同时，以约 98% 的精度对多达六种荧光团进行统计分类，从而为多色单分子定位显微术提供了一种低成本且易于扩展的解决方案。
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biophysics
609 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Zebrafish embryos are robust to mechanical perturbations
该研究利用光片显微镜和光消融技术发现，尽管斑马鱼胚胎的表皮运动对机械扰动表现出高度鲁棒性，且光消融可诱导细胞向特定方位汇聚，但无法改变自然对称性破缺的位置，表明未来身体轴的形成主要受非机械因素调控。
Precise Alternation Between Image-Forming Sample Planes Enables Quantitative Monitoring of Receptor-Arrestin Interaction Dynamics at the Plasma Membrane of Live Cells
该研究通过将 FREVR 技术整合至多光子显微镜，实现了亚 20 纳米精度的成像平面交替切换，从而能够在单细胞水平上无需平均即可定量监测活细胞中 GPCR 与 arrestin-2 在质膜上的动态相互作用及细胞间生理变异。
Zero-Shot Generation of Protein Conformational Ensembles Through AlphaFold Latent Flooding
本文提出了一种名为 AlphaFold 潜在空间洪水（AFLF）的启发式重要性采样框架，通过零样本探索 AlphaFold 的潜在特征来高效生成多样化的蛋白质构象系综，从而在不依赖物理建模的情况下捕捉功能相关状态并揭示隐式结合位点。
CGAgentX: Agentic AI Framework to Develop Transferable Coarse-Grained Models
本文提出了 CGAgentX，一个由多智能体协同驱动的自主框架，通过闭环迭代优化和并行多叉模拟策略，成功实现了无需人工干预即可开发高精度且可迁移的粗粒化分子模型。
Molecular Dynamic simulations of Aβ42 dimers with solid-state NMR restraints capture the key structural motifs in Aβ42 fibrillation pathways
该研究通过结合固态核磁共振实验约束与分子动力学模拟，揭示了Aβ42二聚体在溶液及膜环境中折叠的关键疏水与极性基序及其对纤维化路径的调控机制，阐明了Aβ42纤维的结构多态性并验证了该混合方法在研究Aβ结构演变中的可靠性。
How Functional Variants Reconfigure the Rac2 Conformational Landscape
本研究通过分子动力学模拟揭示，Rac2 的 D57N 和 E62K 突变虽均位于 Switch II 区并导致免疫功能障碍，但前者通过锁定非活性构象导致功能丧失，而后者则维持核苷酸依赖的激活开关但阻碍 GAP 介导的水解，从而阐明了局部结构扰动如何通过重排构象景观引发截然不同的系统性细胞后果。
Mechanism of HIV-1 Capsid Rupture and Uncoating by Reverse Transcription
该研究开发了一种名为 CG-KMC 的多尺度计算方法，通过模拟 HIV-1 衣壳内的逆转录过程，揭示了病毒遗传物质积累驱动衣壳破裂的多种机制路径，并发现这些路径不同于简单的内部压力膨胀模型，其破裂结构也与冷冻电子断层扫描图像高度吻合。
A geometric-surface PDE model for cell-nucleus translocation through confinement
本文提出了一种描述细胞膜与核膜演化的几何曲面偏微分方程模型，通过模拟微流控实验验证了该模型在细胞受限迁移中的有效性，并揭示了表面张力与受限几何形状是决定细胞核穿越效率的关键因素。
Redox-Triggered Coupling Network Mediates Long-Range Energy Trans-duction in Respiratory Complex I
该研究通过整合多尺度量子/经典模拟、定点突变、蛋白脂质体实验及冷冻电镜技术，揭示了呼吸复合物 I 中醌醇结合如何通过保守的谷氨酸通道（E-channel）触发长程质子化级联反应，并鉴定出关键机械开关位点 Tyr156^H，从而阐明了其氧化还原驱动的远程能量转换机制。