Genomic basis of rapid urban evolution revealed by the subgenome-resolved genome of octoploid Oxalis corniculata
这项研究通过构建八倍体酢浆草(*Oxalis corniculata*)的分亚基因组染色体级基因组,揭示了其叶片颜色变异的遗传机制,并发现一个MYB转录因子中的编码序列重复长度多态性是其快速适应城市热岛效应的关键分子机制。
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基因组学探索着生命最底层的密码,致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室,而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中,我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本,确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
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以下是该领域最新发布的论文列表,邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
这项研究通过构建八倍体酢浆草(*Oxalis corniculata*)的分亚基因组染色体级基因组,揭示了其叶片颜色变异的遗传机制,并发现一个MYB转录因子中的编码序列重复长度多态性是其快速适应城市热岛效应的关键分子机制。
该研究揭示了 TET2 通过驱动 AGO2 基因特异性增强子的去甲基化及染色质互作重塑,从而调控髓系细胞分化并维持白血病细胞生存,确立了 TET2-AGO2 轴作为髓系白血病的关键表观遗传调控机制及潜在治疗靶点。
该研究利用涵盖多种人类感染隐孢子虫物种的更新基因组序列,开发并验证了名为 CryptoCap_100k 的 10 万个 RNA 探针,成功实现了从临床及环境样本中高效富集和测序隐孢子虫 DNA,显著提升了目标基因组覆盖度与变异分析能力,同时降低了成本。
该研究通过整合 972 个多组学数据,揭示了心肺适能相关的遗传变异通过重塑骨骼肌增强子网络来调控脂质代谢和血管生成,从而为降低心血管代谢疾病风险提供了分子框架。
该研究利用纳米孔长读长测序技术,构建了涵盖中国 19 个省份 106 名个体的全基因组单倍型解析 DNA 甲基化图谱,揭示了基因组结构变异和海拔高度作为关键遗传与环境因素对甲基化状态的显著影响,并鉴定了包括 PRDM16 在内的海拔响应基因集。
该研究通过转录组分析揭示,尽管不同诱导剂(如复制性衰老、博来霉素、H2O2 和电离辐射)引发的细胞衰老在单个基因表达层面具有高度异质性,但在通路水平上却表现出一致的衰老特征,表明细胞衰老的转录组具有“通路趋同、基因特异”的层级组织模式。
该研究通过多组学整合分析揭示了氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)通过重塑血管平滑肌细胞的增强子景观,介导冠心病风险变异调控基因表达程序,从而驱动动脉粥样硬化病理过程的分子机制。
本研究通过构建南极棘鱼(Harpagifer antarcticus)的新型单倍型定相基因组并进行全类群比较分析,揭示了南极鱼科在适应极端寒冷环境过程中,由转座子介导的基因组扩张、抗冻蛋白基因座的串联重复扩增以及抗氧化和蛋白质稳态相关基因的祖先多样化选择共同驱动了其辐射演化的分子机制。
本文提出了名为 Concordia 的图神经网络框架,通过增强图结构在大规模组织样本中一致地识别癌症等复杂组织的空间域,并成功发现了一种仅靠蛋白表达无法识别、且与临床预后相关的癌症相关成纤维细胞亚群。
该研究通过构建包含正交调控元件的必需基因新染色体,成功解除了合成酵母染色体 III 的删除限制并实现了 SCRaMbLE 介导的大规模基因组精简,为未来复杂真核生物的基因组最小化设计提供了关键策略。