🧬 基因组学
Adult porcine intestinal organoids as models for regional epithelial identity and individual regulatory variation
本研究表明，成年猪肠道类器官虽然表现出相对不成熟的转录状态和降低的免疫空间模式，但仍成功保留了实质性的区域上皮特性并维持了物种特异性的调控特征，从而验证了其作为家畜候选基因和变异功能后续研究受控模型的效用。
🧬 Category
genomics
415 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
🧬 基因组学
Whole-genome sequencing data of a diverse grapevine germplasm collection maintained in Bordeaux, France
本文呈现了一个标准化的全基因组变异数据集，包含来自 INRAE 波尔多（INRAE Bordeaux）种质资源的 547 份多样化葡萄品种的约 910 万个 SNP 和 77 万个 INDEL，这些数据通过统一的测序与分析生成，旨在作为葡萄遗传学、育种及群体基因组学研究的协调资源。
🧬 基因组学
Trajectory Uncertainty Framework (TUF): A Modular Framework for Identifying Transitional and Branch-Point Cell States in Single-Cell Trajectory Analysis
本文介绍了轨迹不确定性框架（Trajectory Uncertainty Framework, TUF），这是一个模块化、开源的工具，通过时间熵（Temporal Entropy）和轨迹分歧（Trajectory Divergence）评分来量化单细胞轨迹的不确定性，旨在识别过渡态并揭示不同生物系统中特定上下文的转录驱动因子。
🧬 基因组学
Single-cell transcriptomics reveals a multiphasic Wolbachia host infection trajectory
通过单细胞RNA测序，本研究揭示了黑腹果蝇中的沃尔巴克氏体（*Wolbachia*）感染遵循一个涉及不同转录波的多相轨迹，这些转录波通过重编程宿主细胞周期、细胞器功能和免疫反应，以建立稳定的慢性感染。
🧬 基因组学
Omega-seq: ultra-low-background RNA sequencing with faithful molecular counting and precise transcript-end capture
Omega-seq 是一种超低背景 RNA 测序方法，它利用 USER 可切除的模板切换寡核苷酸和一种专门的 dT 引物来消除幻影 UMI 和 poly-T 人为误差，从而能够实现对极微量样本（如单个果蝇神经母细胞）的忠实分子计数和精确转录本末端定位。
🧬 基因组学
Concerted evolution and unorthodox recombination of human subtelomeres
通过对465个近乎完整的真人组装序列应用无参考泛基因组方法，本研究揭示了高恒等性的伪同源区域如何将染色体末端组织成序列群落，从而促进了反复的异位交换，驱动了全基因组范围内人类亚端粒的协同进化。
🧬 基因组学
Multiple origins of endogenous virophage and polinton-like virus in the halophilic protist Halocafeteria seosinensis
这项研究揭示了嗜盐原生生物 *Halocafeteria seosinensis* 基因组内内源性噬病毒体和 Polinton 样病毒前所未有的丰度和多样性，凸显了它们复杂的遗传交换、移动元件的超寄生现象，以及对宿主基因组图谱的重要贡献。
🧬 基因组学
The Polyploid History of Cultivated Dahlia
本研究利用长读长测序和 Omni-C 数据，通过组装大丽花（*Dahlia variabilis*）‘Edna C’ 的四倍体基因组，解析了栽培大丽花复杂的进化历史，并将其鉴定为具有同源多倍化和异源多倍化特征的片段重复四倍体。
🧬 基因组学
Germline genomic and methylomic dynamics following three generations of early-life metabolic challenges
这项研究表明，小鼠生命早期的三代代谢挑战是通过转座元件活性和拷贝数变异，而非通过广泛的 DNA 甲基化变化，来诱导基因组不稳定并限制遗传变异性。
🧬 基因组学
Genetic architecture of soluble arabinoxylan fibre in elite genotypes of bread wheat revealed by genome-wide association analysis
本研究利用对384份英国精英小麦基因型进行的全基因组关联分析，鉴定了包括在1B和6B染色体上具有主要稳定效应在内的七个调控水可提取阿拉伯木聚糖含量的遗传位点，证明了在现有种质资源中聚合有利等位基因是培育具有增强膳食纤维功能的小麦的一种切实策略。