🧬 基因组学
Scalable genotyping in fixed transcriptomes resolves clonal heterogeneity via single-cell sequencing
作者介绍了 GIFT，这是一种可扩展的单细胞分析技术，能够同时对固定组织中的全转录组和靶向体细胞突变进行图谱分析，从而实现对骨髓增殖性肿瘤中克隆异质性和基因型与表型关系的解析。
🧬 Category
genomics
415 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
🧬 基因组学
First chromosome-scale genome assemblies and comprehensive structural characterization of Tunisian durum wheat (Triticum turgidum subsp. durum) landraces Chili and Mahmoudi
本研究利用 PacBio HiFi 和 Hi-C 数据，对两种具有重要历史意义的突尼西亚硬粒小麦地方品种——Chili 和 Mahmoudi，进行了首次染色体级基因组组装和全面的结构表征，旨在生成高质量、可重复的基因组资源，且这些资源超越了现有参考序列并可通过公共平台获取。
🧬 基因组学
Positional grammar of transcription factor binding partitions developmental and stress-response regulation in plants
通过将多物种转录因子结合图谱与染色质可及性及基因表达数据相结合，本研究揭示了转录因子结合位点的特定基因组位置和染色质背景建立了一种“位置语法”，从而将植物的基因调控划分为不同的发育、应激响应和抑制功能。
🧬 基因组学
Nitrogen use efficiency in pigs is associated with transcriptomic signatures related to amino acid metabolism, immune activity, and nutrient partitioning
本研究表明，猪的氮利用效率是由肝脏和骨骼肌中协调的、组织特异性的转录组适应所驱动的，其中高效率动物表现出氨基酸分解代谢和炎症的减少，以及蛋白质合成、脂质处理和瘦肉生长相关途径的增强。
🧬 基因组学
Pericystic brain transcriptomics reveals molecular signatures of immune activation and neurovascular remodelling in viable and post-treatment porcine neurocysticercosis
本研究利用猪模型中的大体 RNA 测序技术揭示，尽管存活期和治疗后期的神经囊虫病均涉及免疫激活，但它们表现出截然不同的转录特征，即存活期感染抑制血脑屏障（BBB）重塑，而治疗后期破坏驱动炎症信号传导和活跃的神经血管重塑。
🧬 基因组学
simSOMA: a cell-lineage based simulator of the somatic VAF spectrum in plants
本文介绍了 simSOMA，这是一种模块化模拟器，它将植物生长拓扑结构与显式的细胞谱系动力学相结合，用以模拟和解释在不同发育场景及采样方法下复杂的体细胞变异等位基因频率（VAF）谱。
🧬 基因组学
Mammal placental phenotypes are predictable from microRNA repertoires.
这项研究表明，哺乳动物的胎盘表型可以通过微RNA谱系进行高度预测，揭示了复杂胎盘结构的趋同演化受限于由保守的微RNA调节网络所介导的特定且可重复的遗传通路。
🧬 基因组学
A Highly Contiguous Reference Genome for Scalesia gordilloi (Asteraceae), a Critically Endangered Plant Endemic to the Galapagos Islands
本研究通过牛津纳米孔测序技术，首次为极度濒危的加拉帕戈斯特有种——加拉帕戈斯斯卡莱西亚菊（*Scalesia gordilloi*）构建了高质量、高连续性的参考基因组，旨在为该物种内斯卡莱西亚辐射演化过程中的保护基因组学及比较进化研究建立基础资源。
🧬 基因组学
Visualizing Interchromosomal Interactions at Sub-Megabase Resolution Using Network Clustering Coefficients
本文介绍了一种利用图论指标（特别是优越的 C4 描述符）的基于网络的框架，用于对 Hi-C 数据中的亚兆碱基染色体间相互作用进行可视化和分析，从而揭示了相对于核包膜组织染色体的共享相互作用热点和独特的调节斑块。
🧬 基因组学
Gene model for the ortholog of DENR in Drosophila eugracilis
本文介绍了对 *Drosophila eugracilis* 中密度调节蛋白（DENR）同源物的基因模型，该研究作为基因组学教育伙伴关系项目的一部分，旨在研究胰岛素/胰岛素样生长因子信号通路在黑腹果蝇属中的演化。