Identification of two genomic cryptotypes of Plasmodium malariae in Africa
该研究通过整合新测序与公共基因组数据，首次揭示了非洲疟原虫（*Plasmodium malariae*）存在两个虽无明确地理隔离但持续重组的遗传亚群，并发现了与宿主及媒介互作相关的适应性进化信号。
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genomics
509 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
Point cloud local ancestry inference (PCLAI): continuous coordinate-based ancestry along the genome
该论文提出了一种名为“点云局部祖先推断”（PCLAI）的新范式，通过将个体基因组片段映射为连续坐标空间中的点云而非离散标签，实现了跨越时空的连续局部祖先推断，从而能够更精细地揭示基因组片段在地理与时间维度上的迁移动态。
The DoGA Consortium Atlas of Canine Enhancers and Promoters Across Tissues and Development
该研究利用 114 个 CAGE-seq 文库构建了涵盖 56 种组织与发育阶段的犬类转录定义调控元件图谱，系统鉴定了数万个启动子和增强子，揭示了其组织特异性调控网络及人犬保守的调控结构，从而填补了犬类基因组功能注释的空白并提升了非编码变异解读能力。
A chromosome-level assembly of the Fusarium oxysporum biocontrol strain FO12
本研究利用 Nanopore 和 Hi-C 技术，完成了具有生物防治功能的木霉菌株 FO12 的染色体水平基因组组装，为深入探索其农业应用潜力提供了高质量参考基因组。
CGGBP1-regulated heterogeneous C-T transition rates relate with G-quadruplex potential of terrestrial vertebrate genomes
该研究通过对 101 种羊膜动物基因组的分析，揭示了 CGGBP1 蛋白通过限制胞嘧啶甲基化从而保留 G-四链体互补链上的胞嘧啶，进而塑造了恒温脊椎动物（哺乳类和鸟类）启动子区域 G-四链体形成潜能及转录因子结合位点的物种特异性演化特征。
Co-infections and cryptic pathogens uncovered by metatranscriptomics in New Zealands severe acute respiratory infections
这项研究利用宏转录组学技术对新西兰 300 份 PCR 检测阴性的重症急性呼吸道感染样本进行分析，揭示了高达 43% 的病例中存在多种病毒、细菌和真菌的活跃感染及共感染现象，突显了现有诊断方法的局限性以及引入基因组学手段以提升病原体检测准确性和加强公共卫生监测的重要价值。
Standalone nanopore sequencing for foodborne pathogen surveillance: a large-scale evaluation and quality control framework
该研究通过大规模评估证实，在结合新开发的轻量级质控工具 alpaqa 识别并处理由 DNA 修饰引起的系统性错误后，基于牛津纳米孔技术（ONT）的独立原生 DNA 测序足以满足食源性病原体常规基因组监测的准确性要求。
Genetic Diversity of Cytochrome P450 Genes in Apis mellifera Subspecies
本研究通过分析来自 18 个西方蜜蜂亚种的 1,467 个个体的全基因组数据，首次系统揭示了细胞色素 P450 基因（尤其是 CYP3 亚家族）的广泛遗传多样性及其在正选择驱动下的适应性进化，为构建蜜蜂药理学基因组资源、预测种群特异性农药脆弱性并提升传粉者韧性奠定了基础。
Reference genomes of four miniature and non-miniature cypriniform fishes inhabiting acidic peat-swamp forest blackwaters of Southeast Asia
本研究为四种栖息于东南亚酸性泥炭沼泽黑水环境中的小型及非小型鲤形目鱼类（包括已知最小的鱼类 Paedocypris）构建了高质量、染色体水平的参考基因组，揭示了其基因组大小、杂合度及转座子景观的差异，并发现成体生殖性小型化类群中存在显著的内含子长度缩短现象。
Single-cell atlas of pig-to-monkey kidney xenotransplantation reveals macrophage chimerism and an IFN-ε orchestrated graft protective immune niche
该研究构建了猪到猴肾脏异种移植的单细胞图谱，揭示了受体与供体巨噬细胞的嵌合状态及终末阶段的 M1/M2 混合表型，并发现由上皮细胞来源的干扰素-ε（IFN-ε）主导的免疫耐受微环境是保护移植物免受排斥的关键机制。