A near-complete genome assembly of the Fusarium oxysporum keratitis isolate MRL8996
本研究通过结合 Nanopore 和 Hi-C 的混合组装方法,呈现了与隐形眼镜相关的角膜炎分离株——奥斯孢菌(*Fusarium oxysporum*)MRL8996 的近乎完整的高质量基因组组装,并将其解析为 16 条染色体,为研究其致病性的结构变异和进化机制提供了关键资源。
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基因组学探索着生命最底层的密码,致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室,而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中,我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本,确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本,将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读,帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者,还是对生命奥秘充满好奇的探索者,这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表,邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
本研究通过结合 Nanopore 和 Hi-C 的混合组装方法,呈现了与隐形眼镜相关的角膜炎分离株——奥斯孢菌(*Fusarium oxysporum*)MRL8996 的近乎完整的高质量基因组组装,并将其解析为 16 条染色体,为研究其致病性的结构变异和进化机制提供了关键资源。
这项研究表明,通过机器学习分类器分析常规孕早期无细胞 DNA 的 4-mer 端基基序图谱,可以高灵敏度和高特异度地准确预测自发性早产,从而提供一种无需额外检测即可识别高风险妊娠的无创方法。
这项研究揭示了黑飞蝇(*Hermetia illucens*)基因组变异与适应是由 DNA 转座子家族的谱系特异性更替而非类群水平的变化所驱动的,同时证明了与单参考基因组方法相比,多基因组重复序列库能显著提高对转座元件及其相关结构变异的检测与分类能力。
本研究表征了入侵性斑马贻贝独特的微小RNA通路,揭示了一种虽然经过改良但仍能支持双链RNA诱导基因沉默的siRNA机制,从而为开发用于治理这一破坏性物种的RNAi工具奠定了基础。
本文介绍了 PerturbMatch,这是一个利用 Perturb-seq 实验中的引导多重体(双联体和三联体)的统计框架,旨在显著降低单细胞成本并提高统计效能,同时保持与技术重复相当的信号恢复能力。
本研究分析了来自北欧三个遗址的529名古代个体的全基因组测序数据,发现没有证据表明第二次鼠疫大流行驱动了对保护性遗传变异的强正向选择,而是揭示了在瘟疫到来后,即在维京时代结束、基督教化以及小冰河期开始之际,出现了长距离移民和祖源多样性的显著减少。
这项研究揭示了肺癌亚型在停止治疗后的风险差异是由截然不同的再生动态驱动的,其中持续突变的肺泡祖细胞维持了腺癌风险,而接近正常的基底干细胞则通过扩张来抵御鳞状细胞癌。
本研究表明,前额叶皮层中与精神分裂症相关的 DNA 甲基化差异对神经元具有高度特异性,且在块状组织分析中很大程度上被掩盖,通过细胞类型解析的表观基因组全关联研究,该研究揭示了神经发育和突触通路的作用。
本文展示了首个欧洲驼鹿(*Alces alces*)染色体级、单倍型解析的参考基因组组装,其具有两个具有近乎完整的 BUSCO 得分及广泛基因注释的高质量伪单倍型。
通过构建线虫 *C. inopinata* 的遗传图谱,本研究表明,尽管该物种的重复元件和基因呈现出非典型的均匀分布,但其重组率仍保持部分保守,并且在很大程度上与这些基因组特征相解耦,从而挑战了重组变异是驱动此类染色体组织的唯一驱动力的假设。