Quantifying Somatic Mutation Burden: An Assay Validation Framework and Implementation in SomaticCODEC
本文介绍了一种无需金标准即可验证体细胞突变负荷检测的实用框架，该框架已在 SomaticCODEC 工具中实现，以证明其在量化原代人样本中单核苷酸变异负荷方面具有出色的线性关系和高精度。
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genomics
269 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
Single-molecule variation in telomeric sequence and structure across humans
通过整合来自 212 个个体的近乎完整的二倍体基因组组装与长读长测序数据，本研究构建了一个综合图谱，揭示出染色体末端独特的可遗传端粒变异重复（TVR）序列能够影响染色质组织，并促进人类生殖系中罕见的端粒酶非依赖性端粒延伸机制。
GENERator-v2: Reconciling Coarse Tokenization with Single-Nucleotide Resolution in Genomic Language Modeling
本文介绍了 GENERator-v2，这是一族自回归基因组基础模型，通过因子化核苷酸监督与以基因为核心的基因组压缩预训练，将高效的 k-mer 分词与精确监督相结合，从而在超过 98k 个碱基对的上下文中实现了可扩展的单核苷酸分辨率。
Histone H3K27 methylation states are sequentially catalyzed in cycling cells
本研究揭示，组蛋白H3K27甲基化模式在细胞周期中通过DNA复制后依次、逐步的甲基化过程得以忠实维持，这一机制对于在早期S期保持发育沉默基因的可塑性尤为关键。
Transcription initiation profiling defines the regulatory logic of astrocyte gene regulation
本研究通过将全基因组转录起始进行定位，定义了星形胶质细胞炎症反应的细胞类型特异性调控逻辑，揭示了谱系限制性转录因子与炎症转录因子如何在不同的增强子景观上协同作用以驱动刺激依赖性基因表达，并将这些机制与人类神经系统疾病的易感性联系起来。
A threonine-to-aspartate ACA codon reassignment in uncultivated Acidimicrobiales bacteria
本研究鉴定并验证了未培养酸微菌目细菌特定分支中一种新颖的“感知到感知”密码子重分配现象，其中通常编码苏氨酸的ACA密码子被重新用于编码天冬氨酸。
Genomic Maxwell's Demon Control of Cancer Cell Fates: Integrated Biophysical Mechanisms of Fate Commitment
本文提出了一种数据驱动的生物物理框架，证明特定的基因组合充当基因组麦克斯韦妖和自组织临界性控制器，通过将熵 - 信息通量与机械功耦合来驱动临界转变并建立时间门控的干预规则，从而协调癌症细胞的命运决定。
The Human Pleiotropic Map of GWAS Associations and Therapeutic Implications
本研究系统分析了超过 10 万个全基因组关联研究，以证明虽然改变蛋白质的变异支持度能强有力地预测治疗成功，但将此类证据与中等水平的基因多效性（影响 2 至 5 个性状）相结合，可通过平衡疗效与机体层面的安全性来优化药物发现，从而识别出一种已被众多已批准疗法验证的高概率特征。
HERVs as building blocks of RNA regulatory architecture in the human genome
本研究证实，人类内源性逆转录病毒（HERVs）通过嵌入独特的 RNA 结合蛋白基序、贡献数千种长链非编码 RNA 以及形成影响转录后基因调控和免疫反应的独特反义构型，成为 RNA 调控架构中普遍存在且具家族特异性的构建模块。
MethylBench: A comprehensive benchmark of DNA methylation profiling methods across diverse sequencing platforms
MethylBench 利用 GIAB 和人类样本，对六种 DNA 甲基化分析技术进行了全面的跨平台基准测试，结果表明，尽管基于测序的方法提供了更优越的全基因组覆盖度，且长读长平台能够实现单倍型定相，但当充分解决覆盖度与注释冗余问题时，所有方法均能一致地识别出启动子和内含子中稳健的表观遗传热点。