The genome of the reef-building coral Porites harrisoni from the southern Persian/Arabian Gulf
本研究报道了来自全球最炎热海域——波斯/阿拉伯湾南部珊瑚礁造礁珊瑚*Porites harrisoni*的基因组组装与注释，为解析珊瑚在极端高温环境下的热耐受性基因组架构及适应机制提供了宝贵的资源。
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genomics
511 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
Alternaria atra from distinct ecological roles share functional genomic repertoires
该研究发现，尽管分离来源不同（植物内生菌与病原菌），*Alternaria atra* 的不同菌株在表型行为和基因组特征（包括效应蛋白、碳水化合物活性酶及生物合成基因簇）上高度相似，表明其具备适应多种生态策略的共享基因组库，支持了生活方式的可塑性而非固定的基因组特化。
FACT depletion results in a temporal cascade of chromatin disruption preceding transcriptional collapse in stem cells
该研究通过高分辨率时间图谱揭示，在胚胎干细胞中，FACT 蛋白的耗竭会迅速引发转录依赖性的染色质结构紊乱和组蛋白修饰异常，导致多能性因子异常结合及 RNA 聚合酶 II 积聚，最终在 2 小时内引发不可逆的全局性转录崩溃。
The ChIP-FRiP pipeline quantifies co-binding and reveals how antibody background contributes to cohesin ChIP-seq patterns
该研究开发了 ChIP-FRiP 分析流程并整合生物物理模拟，揭示了抗体背景信号对共凝聚蛋白（cohesin）ChIP-seq 数据的显著影响，并提出利用配对 spike-in 数据进行背景校正的策略，从而实现了共凝聚蛋白结合模式的可靠定量比较。
Power is a major confounder in the analysis of cross-ancestry 'portability' in human eQTLs
该研究揭示了统计功效（如样本量、等位基因频率和连锁不平衡）是跨祖先 eQTL“可移植性”分析中的主要混杂因素，并提出了校正方法及基于经验贝叶斯的多变量自适应收缩框架，以在整合多群体数据时更准确地评估基因调控的保守性与差异性。
Pioneer factor IRF1 unlocks latent enhancers to rewire chromatin and immunometabolism in inflammatory macrophages
该研究揭示了先锋转录因子 IRF1 在 IFNγ 诱导的巨噬细胞活化中，通过结合封闭染色质、招募 SWI/SNF 复合物重塑表观遗传景观并建立长程染色质互作，从而协调免疫代谢重编程（从氧化磷酸化转向糖酵解）及形成持久免疫记忆的核心机制。
Physiological re-replication during human stem cell differentiation
该研究证实了重新复制是人类干细胞分化过程中一种保守的生理机制，通过特定时窗内的基因扩增及细胞间 DNA 转移，在避免基因组不稳定的同时满足分化所需的基因表达需求。
XPCLRS: fast selection signature detection using cross-population composite likelihood ratio
本文介绍了 XPCLRS，这是一个用 Rust 语言实现的高性能 XP-CLR 选择信号检测工具，它通过原生多线程支持将计算速度提升数百倍，在保持与原版结果高度一致的同时，显著降低了基因组研究的计算门槛。
Enhancing inference of differential gene expression in metatranscriptomes from human microbial communities
该研究利用模拟群落和无菌小鼠模型评估了现有宏转录组差异表达分析方法的局限性，并基于宏基因组组装基因组提出了一种排除低信息样本的新策略，从而显著提升了人类微生物群落中差异基因表达的推断准确性。
Postnatal maternal care impacts hypothalamic Esrrg gene expression, co-expression profiles, and the DNA methylome in prenatal bisphenol-exposed rats
该研究发现，产后母鼠的舔舐/理毛行为能够通过调节雌激素相关受体γ（Esrrg）基因表达、共表达谱及DNA甲基化模式，有效缓解产前双酚暴露对雌性幼鼠下丘脑神经发育的负面影响，表明产后触觉刺激可作为干预内分泌干扰物神经毒性的一种潜在策略。