The emergence of bacterial blight pathogen followed the dispersal pattern of rice in Asia
该研究通过基因组分析揭示，亚洲水稻细菌性条斑病菌（Xoo）的三大谱系演化与传播紧密跟随亚洲水稻的驯化中心起源及扩散路线，其中重组事件在近期谱系形成中发挥了关键作用，这一发现为制定精准病害防控策略提供了重要依据。
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genomics
511 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
Whole genomes reveal how Andean climate history shapes genetic diversity and modern conservation risk in South American pumas
该研究通过全基因组测序揭示了安第斯气候历史如何塑造厄瓜多尔美洲狮的种群结构、遗传多样性及近交风险，并据此提出结合廊道恢复与针对性遗传拯救的区域性保护策略。
GFMBench-API: A Standardized Interface for Benchmarking Genomic Foundation Models
本文介绍了 GFMBench-API，这是一个旨在通过模块化中间件架构统一基因组基础模型评估流程、解决当前基准测试碎片化问题并促进可重复比较的高层 Python 接口。
Modeling mitochondrial inheritance enables high-precision single-cell lineage tracing in humans
该研究提出了名为 MitoDrift 的概率框架，通过整合线粒体 DNA 的 Wright-Fisher 漂变动力学与稀疏的单细胞测量数据，实现了人类组织中高精度的无工程单细胞谱系追踪，从而在造血衰老和骨髓瘤等疾病中揭示了克隆演化与细胞状态及基因调控程序之间的定量联系。
MicroRNA modulation of viral nervous necrosis resistance in European seabass
该研究首次揭示了欧洲海鲈脑组织中 miR-199-5p 通过负调控 ifi27l2a 基因表达来调节病毒神经坏死病（VNN）抗性的分子机制，并确立了其作为水产育种生物标志物的潜力。
Nanopore metagenomic sequencing links clinically relevant resistance determinants to pathogens
该研究利用纳米孔测序数据中的 DNA 甲基化模式，成功将耐药基因直接与其宿主病原体在临床样本中建立关联，从而无需培养即可实现精准的耐药性监测。
High quality chromosomal genome assemblies of three human Plasmodium species directly from natural infections
本研究利用 PacBio HiFi 长读长测序和 Hi-C 技术，直接从自然感染样本中构建了恶性疟原虫、卵形疟原虫沃伊克氏亚种和间日疟原虫的高质量染色体水平基因组，填补了后两者缺乏体外培养及参考基因组的空白，并解析了以往难以获取的亚端粒区域，为疟疾消除工作奠定了关键基础。
Genotypic and phenotypic diversity of Maudiozyma humilis: the multiple evolutionary trajectories of a domesticated yeast
该研究通过对全球 55 株*Maudiozyma humilis*（面包酵母）菌株的基因组与表型分析，揭示了其由杂交和多倍化驱动的复杂进化历史，并发现菌株间的遗传距离比倍性差异更能解释其发酵动力学和适应性的表型变异，从而挑战了多倍化必然有利于驯化物种的假说。
CLM-X: A multimodal single-cell foundation model with flexible multi-way Transformer for unified scRNA-seq and scATAC-seq analysis
本文提出了 CLM-X，一种基于多向 Transformer 架构的 multimodal 单细胞基础模型，通过统一的标记化设计和分阶段掩码重建预训练策略，实现了对 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据的联合建模，并在批次校正、跨模态翻译及扰动预测等多项下游任务中展现出优于现有方法的性能。
Genomic and Evolutionary Determinants of Two-hit Frequencies in Tumor Suppressor Genes
该研究基于近 9000 例肿瘤的全基因组数据，揭示了肿瘤抑制基因双等位基因失活频率的异质性主要受点突变功能影响、选择强度、染色体环境（如非整倍体偏倚及邻近基因共缺失）以及全基因组加倍后克隆演化时序等多重因素的共同调控。