How many phage species remain undiscovered? Species sampling approaches to inform phage discovery
该研究通过应用数学和计算方法评估噬菌体物种发现现状，证明非参数估计法优于模型方法，并量化了持续采集工作对发现新噬菌体物种的效率，从而为优化噬菌体治疗策略提供科学依据。
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genomics
511 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
The metabolic resistance blueprint: Genomic dissection of DDT resistance in historical kdr-free East African Anopheles gambiae
该研究利用 20 世纪 90 年代建立的无 kdr 突变历史杂交品系，通过全基因组关联分析揭示了东非洲按蚊中由 GSTe 基因簇介导的 DDT 代谢抗性机制，并证实了相关突变在自然种群中长期受到选择压力。
Comparative multi-omics of the macrophage response to infection with Mycobacterium tuberculosis complex bacteria reveals pathogen-driven epigenomic reprogramming
该研究通过整合转录组与表观基因组多组学分析，揭示了牛分枝杆菌感染驱动牛肺泡巨噬细胞发生独特的表观遗传重编程，从而调控关键免疫与代谢通路，为提升牛结核病抗病育种提供了新的分子靶点。
Matched single-cell chromatin, transcriptome, and surface marker profiling captures in vivo epigenomic reprogramming during basal-to-luminal transition in the mammary gland
该研究开发了一种名为 OneCell CUT&Tag 的单细胞多组学技术，能够从单个细胞中同步获取高分辨率表观基因组、全转录组和表面标记信息，从而揭示了乳腺腺体中基底细胞向管腔细胞转分化过程中表观基因组连续重编程与转录组二元开关的互补机制。
RNA-binding proteins and regulatory networks involved in life-stage, stress temperature, and drug resistance in Leishmania parasites
本研究通过整合比较基因组学与系统级转录组分析，构建了涵盖 19 种 33 株利什曼原虫的 RNA 结合蛋白（RBP）全景图谱，揭示了其核心保守群与谱系特异性群，阐明了 RNA 修饰机制的演化差异，并鉴定了与寄生虫生活史、应激反应及锑类药物耐药性密切相关的关键 RBP 及其调控网络。
commonPeak: Equivalence testing to identify common ChIP-seq peaks across conditions and protocols
该论文介绍了 commonPeak，这是一种用于量化不同 ChIP-seq 协议及条件下峰位置与富集程度一致性的统计框架，并通过乳腺癌细胞系案例展示了其在区分保守调控程序与条件特异性变化中的应用价值。
The genome sequence of Pavonine herpesvirus 1, a novel Mardivirus infecting peafowl
本研究通过从头组装测序数据，首次报道了感染孔雀的新型马立克病毒属病毒——孔雀疱疹病毒 1（PaHv1）的基因组序列，并发现其缺乏与高致病性相关的癌基因，表明该病毒可能是一种非致癌或仅引起轻微症状的病毒，从而扩展了对禽类疱疹病毒多样性及进化的认知。
Genome sequence of the ornamental plant Digitalis purpurea reveals the molecular basis of flower color and morphology variation
本研究通过长读长测序技术构建了毛地黄（*Digitalis purpurea*）的高质量基因组，鉴定了花青素合成相关基因，并发现花色的缺失源于花青素合酶基因的大片段插入失活，而大型顶花的形成则与*DpTFL1/CEN*基因的大片段插入密切相关。
How Ant Genomes Repeatedly Reinvent Venom
该研究通过对 25 种蚂蚁的基因组分析，揭示了蚂蚁毒液通过利用三个保守基因组热点区域，结合单拷贝保守、基因大规模扩增及谱系特异性招募等多种进化模式反复重塑，从而在稳定基因组架构上实现了分子创新。
Allele-specific alternative polyadenylation links noncoding genetic variation to Alzheimer's disease risk
该研究通过分析阿尔茨海默病患者及对照组的脑组织数据，揭示了等位基因特异性可变多聚腺苷酸化（asAPA）作为连接非编码遗传变异与神经发育及神经退行性疾病风险的关键机制，并发现 FMRP 蛋白在其中发挥核心调控作用。