🧬 基因组学
Global tree encoding of atlas-scale single-cell genomics
本文介绍了 MILK，这是一个可扩展的计算框架，它将海量的单细胞基因组数据集组织成统一的分层树状表示，以实现高效的子采样、保留多分辨率的细胞关系，并促进跨组织、发育阶段和物种的整合分析。
🧬 Category
genomics
415 篇论文
基因组学探索着生命最底层的密码，致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室，而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中，我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
我们的团队会即时处理 bioRxiv 发布的每一篇相关预印本，将其转化为通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解读，帮助不同背景的读者跨越专业壁垒。无论您是寻求灵感的科研工作者，还是对生命奥秘充满好奇的探索者，这里都能为您提供清晰、及时的资讯。
以下是该领域最新发布的论文列表，邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
🧬 基因组学
Visualizing and integrating linear and graph pangenomes at the Maize Genetics and Genomics Database
玉米遗传学与基因组学数据库（MaizeGDB）通过集成带有全新泛基因组查看器的 JBrowse2，增强了其分析能力，从而实现对线性及图状泛基因组的交互式可视化，以促进对玉米结构变异和农艺性状的精确表征。
🧬 基因组学
Histone H3K9 methylation and Heterochromatin Protein 1 do not limit DNA accessibility in living S. pombe cells
通过在活体裂殖酵母（*S. pombe*）细胞中使用铜诱导的 DNA 甲基转移酶系统，本研究证明了真核染色质和异染色质在体内都是全局可及的，揭示了 H3K9 甲基化和 HP1/Swi6 系统并不会限制 DNA 的可及性，并且所观察到的在分离核中的不可及性是由于紧密的核小体间距而非生物性抑制机制所导致的伪现象。
🧬 基因组学
Within-colony color variation in a chalice coral is associated with region-specific pigment expression and higher photoconvertible pigment transcripts
这项初步研究表明，单个克隆杯状珊瑚群体内显著的颜色变化是由特定区域内不同荧光蛋白转录本和光可转换 EosFP 家族蛋白的区域特异性上调所驱动的，而非由遗传差异所致。
🧬 基因组学
Two evolutionary histories in one nucleus: genome remodeling and allelic regulation underlying heterosis in hybrid oil palm
本研究将高度杂合的 F1 代油棕基因组解析为完整的单倍型，以揭示互补的基因组重构、古老的渗入以及平衡的等位基因表达是如何协同作用于不同的亲本性状，从而驱动杂种优势的。
🧬 基因组学
The first chromosome-scale genome assembly of Blumeria graminis f. sp. avenae provides insights into genome evolution and host specialization
本研究展示了第一个禾谷氏白粉菌燕麦专化型（*Blumeria graminis* f. sp. *avenae*）的染色体级基因组组装，揭示了其宿主特异性是由致病基因在富含转座子且结构动态变化的基因组区域内的局部多样化，而非大规模基因组重构所驱动的。
🧬 基因组学
A subgenome-resolved and chromosome-scale reference genome assembly of allotetraploid wheat wild relative Aegilops peregrina
本研究利用 PacBio HiFi 和 Hi-C 测序技术，构建了耐旱且具抗秆锈病能力的异源四倍体小麦野生近缘种 *Aegilops peregrina* (PI 604178) 的高质量、亚基因组解析且染色体水平的参考基因组组装，旨在为小麦改良提供稳健的基因组框架。
🧬 基因组学
An Epigenetic Signature of Vulnerable Neurons is Under Selective Pressure Associated with Longevity Across Placental Mammals.
通过在240种胎盘哺乳动物中整合表观基因组学与人工智能，本研究揭示了驱动神经退行性疾病易感性的细胞类型特异性衰老程序在长寿物种中受到截然不同的选择压力，从而挑战了存在单一衰老主调节因子的观点。
🧬 基因组学
Haplotype-resolved chromosome-level genome assembly of four European white oak species
本研究展示了四种欧洲白橡树物种（*Quercus robur*、*Q. petraea*、*Q. pubescens* 和 *Q. frainetto*）的高质量、单倍型解析的染色体水平基因组组装与注释，为推进这一在生态和经济上具有重要意义的类群内的比较分析、泛基因组构建及进化研究提供了标准化的基因组框架。
🧬 基因组学
Improved genome assemblies of plant-associated Streptomyces spp. as a resource for understanding plant pathogenicity in the genus
本研究展示了18株链霉菌（Streptomyces）模式菌株的高质量基因组组装结果，揭示了植物病原菌物种拥有更大且富含代谢基因的基因组，表现出显著的染色体重排，并且并不依赖保守的质粒来实现致病性，从而为理解植物疾病机制提供了重要的资源。