Genomic epidemiology of the 2017-2023 outbreak of Mycoplasma bovis sequence type ST21 in New Zealand
该研究利用基因组学与系统动力学模型分析了新西兰 2017 至 2023 年牛支原体 ST21 型疫情,揭示了移动限制和扑杀措施在 2020 年前显著降低了传播并导致主要谱系灭绝,随后疫情因南岛大型育肥场的持续感染而残留,从而凸显了整合基因组监测在应对国家范围疫情中的关键作用。
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基因组学探索着生命最底层的密码,致力于解读决定生物性状的遗传蓝图。这一领域不再局限于实验室,而是正深刻影响着我们对疾病、进化乃至人类自身起源的理解。在 Gist.Science 的基因组学版块中,我们专注于呈现来自 bioRxiv 的最新预印本,确保您能第一时间接触到科学界最前沿的未经同行评审的原始发现。
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以下是该领域最新发布的论文列表,邀请您一同开启这场解读生命密码的探索之旅。
该研究利用基因组学与系统动力学模型分析了新西兰 2017 至 2023 年牛支原体 ST21 型疫情,揭示了移动限制和扑杀措施在 2020 年前显著降低了传播并导致主要谱系灭绝,随后疫情因南岛大型育肥场的持续感染而残留,从而凸显了整合基因组监测在应对国家范围疫情中的关键作用。
该研究通过整合表型与转录组分析,揭示了旱生植物 Dianthus inoxianus 主要依赖组成型基因表达及针对细胞壁和 ABA 信号等关键通路的有限可塑性,结合免疫与转录后调控的稳定性及光合作用等代谢的可变性,从而形成了一种结合预适应与靶向可塑性的耐旱策略。
该研究通过整合 75 种人体骨骼肌的 CAGE-Seq 启动子组与 22 种匹配蛋白质组数据,构建了首个联合分子图谱,揭示了骨骼肌在转录调控和蛋白丰度层面的高度异质性及其与遗传性疾病的关联。
该研究描述了一个隶属于微孢子菌纲(Microbotryomycetes)的新型植物相关酵母属*Aimea*及其三个新种,并通过多组学分析、比较基因组学和遗传转化实验,为深入探究这些酵母与宿主及其他微生物的相互作用奠定了重要基础。
本研究通过构建并比较四个高质量*Palythoa*属基因组,揭示了该属缺乏动物特有的 FAS 样 PKS 基因,推测其剧毒海葵毒素可能由现有 FAS 或细菌样 PKS 途径修饰产生,同时发现了与身体结构适应、宿主 - 微生物互作及共生状态相关的基因组进化特征。
该研究通过开发适用于低投入样本的 Ribo-ITP 技术,成功在微量组织及单胚胎中鉴定出数千个翻译区域(translons),并验证了其翻译活性、生长影响及调控功能,从而突破了传统方法在样本量上的限制,扩展了可研究的翻译组范围。
本研究构建了入侵海鞘*Ascidiella aspersa*的高质量基因组与转录组资源,并结合35种其他被囊动物的比较基因组分析,揭示了被囊动物纲水平的基因组特征与进化多样性,并建立了在线数据库TUNOME以支持相关研究。
本文介绍了 Deep-Plant,这是一种针对植物监管基因组学开发的监督式基础模型,它通过利用大规模染色质状态实验数据直接预测基因组序列功能,在速度、准确性和可解释性上显著优于微调 DNA 语言模型的方法,并成功应用于拟南芥、水稻及玉米等物种。
该研究开发了统计方法 DiffDriver,通过整合序列功能信息与个体背景突变率,有效克服了现有工具的局限性,成功识别出肿瘤临床特征及免疫微环境等个体化“上下文”因素对癌症驱动基因选择强度的显著调节作用。
该研究利用长读长测序和 CRISPR-Cas9 基因编辑技术,在棉铃虫中鉴定出由转座子插入导致失活的第二个甲状腺球蛋白样基因 HaVipR2 是 Vip3Aa 毒素抗性的一种新机制,揭示了此类蛋白是鳞翅目害虫抗性进化的重复靶点。