replicateFest: An R Package and Shiny App for Analysis of T Cell Receptor Repertoire Data from the Functional Expansion
本文介绍了 replicatefest,这是一个 R 程序包及 Shiny Web 应用程序,旨在通过采用考虑生物学重复和技术重复的统计模型,来分析功能性特异性 T 细胞(FEST)测定中的 T 细胞受体库数据,从而稳健地识别抗原特异性克隆型。
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免疫学探索的是身体如何识别并抵御外来威胁,从微小的病毒到复杂的癌细胞。这一领域不仅关乎疫苗的研发,更涉及我们对自身免疫疾病、过敏以及器官移植排斥反应的根本理解。在这里,科学不再局限于冰冷的实验室数据,而是直接与我们每个人的健康息息相关。
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本文介绍了 replicatefest,这是一个 R 程序包及 Shiny Web 应用程序,旨在通过采用考虑生物学重复和技术重复的统计模型,来分析功能性特异性 T 细胞(FEST)测定中的 T 细胞受体库数据,从而稳健地识别抗原特异性克隆型。
本研究表明,不同的黑色素瘤来源细胞外囊泡亚群(特别是 gp100 和 GPNMB)能差异化地反映免疫和应激诱导的肿瘤状态,从而在无需预先分离囊泡的情况下,为监测肿瘤负荷和免疫动态提供了一种临床可行且非侵入性的基于血液的方法。
这项研究表明,虽然孤立的多形核中性粒细胞(PMNs)对流感疫苗的反应极小,但它们在共培养体系中充当了关键的调节者,通过增强单核细胞动态、T细胞分化和B细胞抗体产生,同时抑制疫苗诱导的细胞因子分泌,从而通过细胞间相互作用平衡促炎反应与适应性免疫反应。
通过分析近5,000份泛癌单细胞RNA测序样本,这项研究揭示了肿瘤免疫从根本上受控于耗竭型CD8+ T细胞与CD56dimCD16hi NK细胞之间的二分性,其中由后者主导的肿瘤虽然表现出高细胞毒活性,但对目前的免疫检查点阻断疗法仍具有耐药性。
通过将空间分辨率蛋白质组学与单核多组学相结合,本研究揭示了 APOE4/4 基因型如何驱动阿尔茨海默病中的人类小胶质细胞向功能障碍的终末状态转变,其特征为稳态丧失、代谢紊乱和无效的炎症反应,从而将遗传风险与特定的空间及分子免疫失调联系起来。
在一项针对未接受抗逆转录病毒治疗(ART-naive)的艾滋病毒感染女性进行的纵向队列研究中,研究结果显示,广谱中和抗体反应是由由病毒载量驱动的早期全身免疫激活及其随后的耗竭所引导的轨迹所促成的,这种轨迹为持续的生发中心活动和抗体成熟创造了一个许可环境。
这项研究表明,去甲基化药物阿扎胞苷通过逆转表观遗传驱动的耗竭,恢复了急性髓系白血病中的 T 细胞功能并减轻了肿瘤负荷,从而为将其与基于 T 细胞的免疫疗法相结合提供了机制依据。
这项研究表明,由 MLL1 介导的 TCR 表达维持所驱动的记忆表型调节性 T 细胞的竞争性扩张,对于在衰老过程中维持免疫耐受至关重要。
在感染了蠕虫*Nippostrongylus brasiliensis*的小鼠中,持续暴露于{Delta}9-四氢大麻酚(THC)并不会改变寄生虫负荷,但会通过抑制先天性和T细胞效应功能,并将肺部嗜酸性粒细胞和巨噬细胞的转录程序转向一种减轻组织重塑的抗炎、应激适应表型,从而重塑免疫反应。
本研究表明,布氏锥虫(*Trypanosoma brucei*)感染直接侵入小鼠子宫,引发独特的免疫重塑和神经内分泌功能障碍,这些因素通过独立的炎症和激素途径共同破坏了生殖生理功能。