CELeidoscope: quad-fluorescent Caenorhabditis elegans strain for tissue-specific spectral single-cell analyses
该研究构建了一种名为 CELeidoscope 的多色线虫品系，通过高-throughput 筛选技术将四种主要组织标记为不同光谱荧光蛋白，实现了在单一遗传背景下利用光谱流式细胞术进行多组织单细胞分选及转录组分析，从而显著降低了实验成本与变异性。
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microbiology
816 篇论文
Influenza A virus membrane fusion is regulated by the balance between receptor binding and cleavage
该研究利用高通量单病毒膜融合检测技术，揭示了流感病毒 A 型通过血凝素（HA）与受体的结合活性直接调控膜融合效率，阐明了受体结合与神经氨酸酶（NA）介导的受体切割之间存在的动态平衡对病毒基因组递送的关键调节作用。
Plasmodium falciparum Niemann-Pick Type C1-Related protein relies on its physicochemical properties for membrane contact site localization required for cholesterol homeostasis
该研究揭示了疟原虫 PfNCR1 蛋白通过其特有的两亲性螺旋 - 连接区 - 螺旋（HLH）结构域的理化性质，特异性定位于宿主与寄生虫间极窄的膜接触位点，从而实现对胆固醇稳态的调控。
Moss Transplants in the Tundra Reveal Host-Specific Microbiomes and Nitrogen Fixation Responses
这项在阿拉斯加苔原进行的为期一年的互惠移植实验表明，尽管环境变化会改变氮固定速率，但苔藓微生物群落的组成主要由宿主物种决定而非环境驱动，且短期内的氮固定变化主要受宿主生理和微环境影响，而非微生物群落的重组。
Characterisation of novel Campylobacter jejuni Type VI secretion system (T6SS) effectors and exploration of the roles of the C. jejuni T6SS in bacterial antagonism and human host cell interaction
本研究首次鉴定了空肠弯曲杆菌（*C. jejuni*）488 菌株中两种新型 T6SS 效应蛋白（CJ488_0980 和 CJ488_0982），并证实该分泌系统不仅通过接触依赖性机制介导细菌间的拮抗竞争，还参与了人类肠上皮细胞的相互作用、入侵及胞内生存，从而确立了 T6SS 作为空肠弯曲杆菌关键毒力因子的地位。
Complete genome-derived metabolic interactions reveal impact of gut ecology on human health
该研究利用 1,150 个完整基因组构建代谢模型，揭示了肠道菌群代谢互作受基因组特征与生态位特化驱动而非随机关联，并据此将菌株划分为四类生态群，发现其特异性失调比整体群落更能预测炎症性肠病表型，从而为精准微生物组治疗提供了新视角。
Warming and resource enrichment decouple growth from enzymatic investment, shifting the competitive balance between native and invasive plants
该研究表明，全球变暖与资源富集可通过解耦植物生长与酶投入，改变根际微生物的碳氮获取策略，进而重塑入侵植物与本地植物间的竞争平衡。
Shedding light on YfhS and YjlC: novel effectors of the NADH dehydrogenase activity of the electron transport chain in Bacillus subtilis
该研究揭示了枯草芽孢杆菌中 YfhS 和 YjlC 作为新型效应因子，通过形成复合物调节 NADH 脱氢酶（Ndh）活性，从而维持细胞内 NADH 浓度平衡并防止因 Ndh 过度表达导致的致死效应，这一发现为开发针对抗生素耐药菌的新型疗法提供了潜在靶点。
The transcriptional response of Yersinia pseudotuberculosis to macrophage-released chemicals during growth within synthetic microcolonies
该研究通过转录组分析揭示，在巨噬细胞攻击下，耶尔森菌微菌落边缘细菌的主要响应是应对一氧化氮胁迫，而全菌落则普遍表达衣康酸降解酶，但衣康酸仅影响部分菌落，因此细菌抵御巨噬细胞因子的核心机制在于对抗一氧化氮衍生物。
Overcoming Protein A-driven Nonspecific Antibody Staining of S. aureus in Immunofluorescence Microscopy
该研究系统评估了抗蛋白 A 抗体预孵育与人血清（HS）阻断两种策略，证实人血清能最有效地消除金黄色葡萄球菌蛋白 A 引起的非特异性荧光干扰，从而显著提升体外免疫荧光显微成像的准确性。
Viral isolation reveals novel and diverse phages infecting natural stream biofilms
本研究通过从高山溪流生物膜中分离细菌，构建了包含 28 个独特基因组的阿尔卑斯流水噬菌体（ALP）集合，揭示了这些噬菌体在基因组大小、宿主范围及功能上的高度多样性与新颖性，为探索自然细菌群落中的噬菌体生态与进化提供了基础资源。
Integrated omics analysis reveals reorganization of nitrogen and lipids metabolism in a toluene-degrading bacterium
该研究通过整合代谢组学、脂质组学和转录组学分析，揭示了甲苯降解菌 Acinetobacter sp. Tol 5 在气相条件下通过促进氨基酸与核酸降解、维持高谷氨酸水平、积累瓜氨酸以及动用胞内储存脂质等代谢重编程策略，来适应缺水环境并维持细胞活性。
Who Formed All That Iron?: A Novel Antarctic Chemolithotroph Drives Iron Biomineralization
该研究通过对南极 Larsen C 冰架下全新世沉积物的古 DNA 和宏基因组分析，发现并证实了一种名为"Candidatus Mariimomonas ferrooxydans"的新型化能自养菌（Nitrospirota 门）通过其 Cyc2 蛋白驱动铁氧化与生物矿化，为前寒武纪条带状铁建造的形成提供了非光合作用的微生物机制新证据。
Reusable immobilised quaternary ammonium particles reduce microbial and resistome burdens without promoting resistance selection during wastewater post-treatment.
该研究证实，将季铵盐消毒剂 BDMDAC 固定在羟基磷灰石微粒上作为可重复使用的后处理策略，能够在不产生泄漏和亚致死浓度暴露的前提下，高效去除废水中的细菌及耐药基因，同时抑制耐药性筛选与水平基因转移。
High-resolution temporal profiling reveals synchronized dynamics of the mouse gut microbiome
该研究通过开发小鼠连续粪便自动采样装置，结合长读长测序技术，首次揭示了小鼠肠道微生物群在昼夜节律下基于碳水化合物利用策略的同步动态变化及其在扰动后的恢复机制。
Insights into the Klebsiella pneumoniae adaptive response mechanisms to colistin exposure using a label-free quantitative proteomics approach
本研究利用无标记定量蛋白质组学技术，揭示了肺炎克雷伯菌在亚致死浓度多粘菌素 E 刺激下，通过外膜重塑、脂多糖修饰、孔蛋白下调及代谢重编程等多机制协同作用产生的快速适应性反应，为开发新型抗菌策略提供了分子蓝图。
Biofilm Initiation via Extracellular Matrix Production Driven by Cell Orientation Patterning in Growing Escherichia coli Populations
该研究揭示在受约束生长的大肠杆菌单细胞层中，细胞取向排列形成的拓扑缺陷通过积累机械压力，在空间上诱导胞外基质（如大肠杆菌酸）的产生，从而启动生物膜的形成。
Engineered phages evade the complete defense repertoire of highly phage-resistant MRSA clinical isolates
该研究通过解析 MRSA 临床菌株的防御系统谱系，利用防御导向的噬菌体重组技术成功构建了能逃逸多重防御机制的工程噬菌体鸡尾酒疗法，为设计下一代理性噬菌体药物提供了蓝图。
Versatility of Campylobacter jejuni Bf extracellular vesicles in regulating adaptation and virulence under combined thermal and oxidative stress
该研究揭示了空肠弯曲菌 Bf 菌株通过分泌成分和特性发生显著改变的外膜囊泡（bEVs），在应对热与氧化复合胁迫时不仅实现了生存适应，还增强了其对宿主上皮细胞的毒性，从而将环境适应机制与致病性联系起来。
Degradation of mucin O-glycans by a human gut symbiont requires a complex enzyme repertoire and promotes colonization
该研究揭示了人类肠道共生菌拟杆菌（*Bacteroides thetaiotaomicron*）通过表达超过 100 个基因及 33 种糖苷水解酶来降解黏蛋白 O-聚糖的复杂酶系途径，并证实了靶向黏蛋白末端结构的多种外切酶对其在肠道内成功定植至关重要。