A Coma Pattern-Based Autofocusing Method Resolves Bacterial Cold Shock Response at Single-Cell Level
该研究提出了一种基于彗差模式的 LUNA 自动对焦技术，克服了细菌冷休克响应研究中的焦点漂移难题，实现了纳米级精度的单细胞成像，从而揭示了细菌在冷休克下连续生长与分裂的三阶段适应机制，并解决了群体培养滞后与单细胞连续生长之间的悖论。
🦠 Category
microbiology
816 篇论文
Occurrence of Carbapenem-resistant Enterobacterales in swine wastewater in Shandong Province, China
该研究通过对山东 29 个养猪场废水样本的分析，发现 100 株携带碳青霉烯酶基因（如 blaNDM-1/5 和 blaOXA-48-like）且多重耐药的大肠杆菌，揭示了其多样的序列型（以 ST10 和 ST5299 为主）及跨城市的克隆传播特征，强调了加强养猪废水中耐药菌监测对保障人类和环境健康的重要性。
From genomic decay to functional advantage: Traits of a persistent, thermally beneficial coral probiotic
该研究通过进化基因组学筛选出具有宿主依赖特征的珊瑚益生菌菌株 MC10-B4，证实了其相比同域菌株能显著增强宿主耐热性，并揭示了其通过铁获取、生物膜形成及特定的运动性向固着性转换等机制实现持久定殖与热保护作用的分子基础。
Universal rapid RNA-based quantification of toxigenic Alexandrium species (Dinophyceae) using quantitative recombinase polymerase amplification
该研究开发了一种针对产毒亚历山大藻 sxtA4 转录本的通用定量逆转录重组酶聚合酶扩增（qRT-RPA）检测法，该方法具有等温、快速（<15 分钟）、高灵敏度及现场便携性，能够有效实现对赤潮藻毒素产生功能的早期预警监测。
The induction of systemic resistance to barley powdery mildew by rhizosphere bacterial communities does not disrupt the structure or function of native microbial communities
该研究表明，由根际细菌构建的合成微生物群落（SynComs）能够通过“激发”机制诱导大麦对白粉病的系统抗性，且在此过程中不会显著破坏根际原生微生物群落的结构或功能。
Virulence and antimicrobial resistance features among clades of Escherichia coli ST131 strains causing community-acquired urinary tract infection in Rio de Janeiro, Brazil
这项针对巴西里约热内卢社区获得性尿路感染的研究分析了 133 株大肠杆菌 ST131 克隆，发现其传播主要归因于 C 亚群（特别是 C2 亚群）菌株所具备的多重耐药性、高毒力基因特征以及生物膜形成能力。
Metabolic specialization structures gut bacterial niches and drives colorectal cancer progression
该研究通过整合多组学分析与功能验证，揭示了代谢特异性塑造了肠道细菌在结直肠癌中的定植生态位，并鉴定出*Leptotrichia wadei*作为一种通过诱导 M2 型巨噬细胞极化来驱动肿瘤进展的致癌细菌。
The CLAMP-Linked Invasion Protein (CLIP) plays an essential role in Plasmodium berghei zoites
本研究利用 CRISPR 辅助的条件性基因编辑技术证实，CLAMP 相关入侵蛋白（CLIP）在疟原虫（*P. berghei*）裂殖子入侵红细胞以及子孢子穿越蚊唾液腺和入侵肝细胞的过程中均发挥不可或缺的作用，从而支持了 CLAMP-CLIP-SPATR 复合物在顶复门寄生虫各侵袭阶段中保守且关键的功能。
Interferon-β Coordinates Epithelial Immune Networks and Fibrotic Responses During Chlamydia muridarum Infection
该研究揭示了干扰素-β（IFN-β）在沙眼衣原体感染中作为上皮免疫网络的核心调节因子，通过协调抗病毒防御基因表达并抑制促纤维化及失衡的炎症反应，从而防止生殖道组织损伤和纤维化病理的发生。
Three immunoregulatory signatures define non-productive HIV infection in CD4+ T memory stem cells
该研究利用 HIV 报告病毒 pMorpheus-V5 发现，携带非生产性前病毒的 CD4+ T 记忆干细胞（TSCM）表现出独特的免疫调节转录特征（如 CCL22 和 IDO1 的高表达），这种特异性表型可能通过促进免疫逃逸而有助于 HIV 病毒库的持续存在。
A novel peptide modulator of a two-component system revealed by the specific activation of a small RNA in Enterobacteriaceae
该研究揭示了大肠杆菌中酸响应双组分系统 RstB-RstA 特异性激活 sRNA OmrB 的机制，并发现其靶标 asr-ydgU 操纵子通过小蛋白 YdgU（后更名为 SamT）的负反馈和 Asr 的正反馈双重作用对该系统进行反向调控，从而突显了小蛋白在细菌环境适应中的关键作用。
Redox distribution of Asgard archaea and co-occurring taxa in microbial mats from an early Proterozoic ecosystem analog
该研究通过对模拟早期元古宙环境的埃塞俄比亚卡特琳火山湖微生物垫的分析，揭示了阿萨德古菌主要分布于硫酸盐还原区并与硫酸盐还原菌形成共生关系，且不同类群根据氧气耐受性在氧化还原分层中呈现特定的生态位分化，从而支持了阿萨德古菌在低氧早期地球条件下主要通过协同代谢参与真核生物起源的观点。
ApeA cleaves genomic RNA to defend against RNA phage infection
该研究发现细菌防御系统 ApeA 通过识别噬菌体 RNA 结构并激活其 HEPN 核酸酶结构域直接切割 RNA 噬菌体基因组，从而在不诱导细胞死亡的情况下有效抵御感染。
Dispersal, adaptation and persistence of H5N1 in the sub-Antarctic and Antarctica
该研究通过在南极及亚南极地区收集的 104 个新病毒基因组序列，揭示了 2023 年高致病性 H5N1 禽流感病毒如何借助大型信天翁和鹱类进行长距离东向传播，并在传播过程中积累哺乳动物适应性突变，从而对海豹、企鹅等海洋野生动物造成毁灭性打击并引发其本地化与持续演化的严重担忧。
Alignment-Free Guided Design of a Pan-Orthoflavivirus RT-qPCR Assay
本研究开发了一种基于无比对 k-mer 分析的自动化流程，成功鉴定出泛黄病毒属保守靶标并构建了高灵敏度、高特异性的 RT-qPCR 检测体系，有效克服了传统多序列比对在处理高变异病毒基因组时的局限性，为黄病毒属的广泛监测和未来的大流行准备提供了可扩展的解决方案。
Determination of GLP-1 Secretion Potential of Dead and Live Akkermansia muciniphila Using Human L-cells
该研究证实，Vidya Herbs 专有的 VHAKM 菌株（尤其是活菌形式）能显著刺激人 L 细胞分泌 GLP-1，且其效果优于市售菌株及灭活形式，表明该菌株具有开发为改善代谢健康微生态干预措施的潜力。
Pharmacological METTL3 inhibition attenuates HIV-1 latency reversal in CD4+ T cells
该研究比较了三种 METTL3 抑制剂（STM2457、STM3006 和 STC-15）在降低 RNA m6A 水平、抑制 HIV-1 潜伏期逆转及细胞毒性方面的差异，发现尽管 STM3006 和 STC-15 降 m6A 效力更强但毒性较大，而 STM2457 毒性最低，且所有抑制剂均证实了 m6A 修饰在调控 HIV-1 潜伏期逆转中的关键作用。
DksA-Dependent Stringent Stress Response Drives Virulence and Gastrointestinal Persistence of Klebsiella pneumoniae
该研究揭示了 DksA 作为大肠杆菌（*Klebsiella pneumoniae*）严紧反应的核心调节因子，通过协调膜应激耐受、荚膜合成及生物膜形成等毒力特征，独立于肠道菌群促进其在胃肠道的定植、环境存活及传播。
Performance of shotgun metagenomic sequencing for detection of fungi and parasites across clinical sample types: a multicenter retrospective study.
这项多中心回顾性研究评估了临床宏基因组测序（SMg）在检测真菌和寄生虫方面的诊断性能，通过建立基于样本类型的读取阈值，证实了该方法与标准检测具有高度一致性，并支持其在临床中的标准化应用。
Bacterial endosymbionts enhance fungal virulence by disrupting the disease-suppressive rhizobiome
该研究发现，番茄枯萎病菌（FOL）体内的内共生细菌通过刺激真菌产生抗菌肽 beauvericin，抑制了根际中具有病害抑制作用的细菌（如链霉菌），从而破坏土壤微生物组的抗病功能并增强真菌的致病力。