Iron limitation alters diatom carbon flow through shifts in microbiome exometabolite consumption
该研究利用单细胞分辨率稳定同位素示踪和超高分辨率代谢组学技术，揭示了铁限制通过改变硅藻外泌代谢物组成（如芳香族化合物、脂质及嘌呤/嘧啶）并驱动特定细菌类群代谢途径转换，从而重塑碳流向微生物组的分子机制。
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microbiology
826 篇论文
Inactivation of the RB1 and PTPN14 tumor suppressors cooperatively enables the carcinogenic activity of the human papillomavirus E7 oncoprotein
该研究表明，高危型人乳头瘤病毒 E7 致癌蛋白需通过协同失活 RB1 和 PTPN14 两种肿瘤抑制因子，才能有效延长人角质形成细胞寿命并发挥致癌作用。
A structure-based epitope tagging approach identifies vulnerable sites on the malarial P36-P52 protein complex for antibody-mediated neutralization of Plasmodium sporozoites
该研究通过整合结构生物学与功能实验，揭示了疟原虫 P36-P52 蛋白复合物膜远端存在可被抗体识别的脆弱位点，证明针对该位点的抗体能有效阻断肝细胞入侵，从而确立了 P36-P52 复合物作为下一代疟疾疫苗或治疗性抗体的潜在靶点。
Recapitulating whipworm development in vitro using caecaloids
该研究通过建立盲肠类器官（caecaloids）体外感染系统，结合详尽的体内形态学参考数据，首次证实了盲肠上皮足以诱导并维持毛首线虫（Trichuris muris）的持续生长与形态发育，为深入探究其感染机制提供了强有力的实验平台。
Functional validation of the Plasmodium falciparum K13 C580Y mutation in recently collected Ethiopian isolates
该研究利用 CRISPR-Cas9 基因编辑技术将 K13 C580Y 突变引入近期采集的埃塞俄比亚疟原虫临床株，证实该突变在非洲当地遗传背景下能显著增强环状体对二氢青蒿素的耐受性，从而确立了其在非洲传播的因果功能。
Evolved resistance against the type 6 secretion system is toxin specific
该研究通过整合基因组学、抗性实验和荧光显微镜技术，揭示了细菌针对不同类型的 VI 型分泌系统毒素（如酰胺酶和脂肪酶）会进化出具有特异性且伴随适应性代价的抗性机制，这种抗性权衡限制了细菌对携带多种功能不同毒素的攻击者的全面抵抗，从而解释了 VI 型分泌系统在自然界中广泛存在的原因。
Human cell F-actin density differentially influences trogocytosis and phagocytosis by Entamoeba histolytica
该研究通过敲低人类细胞 Rho 通路基因构建突变体，发现人类细胞皮层 F-肌动蛋白密度与阿米巴原虫的吞噬效率呈负相关，而无论 F-肌动蛋白如何组织，其啃食作用（trogocytosis）均显著降低，表明活细胞细胞骨架的动态特性对这两种摄取过程具有差异化影响，揭示了此前基于人工模型得出的结论过于简化。
Conserved protein sequence-structure signatures identify antibiotic resistance genes from the human microbiome
该研究提出了一种名为 ARG-PASS 的新型蛋白质功能预测方法，通过利用抗生素耐药基因（ARGs）编码蛋白中保守序列与结构的特征，成功从人类微生物组和 AlphaFold 数据库中鉴定出多个具有临床或潜在耐药性的新型 ARGs，为耐药性监测和抗生素管理提供了精准工具。
The evolution of a Na+-sensitive Vibrio cholerae mutant unmasks the moonlighting aminopeptidase PepA as a regulator of nhaB Na+/H+ antiporter gene expression
该研究揭示了霍乱弧菌在钠离子胁迫下通过快速进化获得抑制突变，不仅上调了 NhaB 抗转运蛋白的表达，还首次发现多功能氨基肽酶 PepA 可作为新型调控因子参与 NhaB 基因表达及钠离子稳态的维持。
TracePheno Enables Function-First Inference of Trace-ElementPhenotypes from Microbiome Profiles
本文介绍了 TracePheno 这一功能优先框架，它通过整合基因或 KO 水平的证据，将微生物组数据转化为可解释的微量元素表型（如铁、锌、铜等）景观，从而克服了传统基于分类学方法在解析菌株可变且关键的微量元素获取与代谢功能方面的局限。
Restraint of Powassan virus replication by TRIM5α facilitates viral avoidance of antiviral immunity
该研究发现灵长类 TRIM5α蛋白虽能抑制多种蜱传虫媒病毒复制，但 Powassan 病毒通过 NS3 基因突变逃逸该限制，而 TRIM5α介导的复制抑制反而有助于病毒避免早期先天免疫识别。
Discovery of novel antimicrobial resistance genes in food and fertiliser using a high-throughput gene capture and functional screening platform
该研究开发了一种高通量基因捕获与功能筛选平台，成功从食品、肥料等环境样本中捕获并鉴定出多种新型及已知抗生素耐药基因，有效填补了从序列到功能的认知空白，为监测移动耐药组中的新兴生物威胁提供了有力的“全健康”工具。
Respiratory microbiota as a health biomarker in blue, fin and humpback whales: Pilot study in the Gulf of St-Lawrence (Quebec, Canada)
这项在加拿大圣劳伦斯湾进行的首次试点研究，通过对蓝鲸、长须鲸和座头鲸呼出气体的微生物组分析，证实了呼吸道微生物多样性与鲸鱼健康状况（如皮肤状态）存在显著关联，表明呼气微生物组可作为评估自由迁徙须鲸健康的有效非侵入性生物标志物。
Host innate immune response profiling reveals hidden viral infections across diverse animal species
该研究开发了一种基于宿主先天免疫反应（特别是干扰素刺激基因表达）的病毒发现框架，通过对约 21 万份来自不同哺乳动物和鸟类的 RNA-seq 数据进行快速分析，成功识别出传统同源搜索方法遗漏的多种隐蔽病毒及高度分歧病毒，为可扩展的病毒监测提供了高效的新策略。
Virological investigation of elephant endotheliotropic herpesvirus 1B infection in an Australian captive herd of Asian elephants (Elephas maximus)
本研究报道了澳大利亚一只圈养亚洲象因 EEHV1B 感染致死并引发出血性疾病的病例，通过定量 PCR 和宏基因组测序揭示了其病毒载量动态、组织样本保存效果及病毒基因组特征，并发现该病毒与已知 EEHV1B 序列存在 96.0% 的同源性且在不同亚种间发生了重组，提示病毒重组可能对疾病致病机制、分子诊断准确性及疫苗和抗病毒治疗的有效性产生重要影响。
Comparison of Galleria mellonella, Epithelial Cell Cytotoxicity, and Mouse Model of Bacteremia to Measure Pseudomonas aeruginosa Virulence
该研究通过对比 105 株铜绿假单胞菌临床分离株，发现蜡螟（*Galleria mellonella*）感染模型在评估细菌毒力及揭示抗生素耐药性与毒力的负相关性方面，与小鼠败血症模型具有显著相关性，可作为大规模筛选的替代模型，而 A549 上皮细胞裂解实验的相关性较弱。
Free-Living Amoeba act as transient permissive hosts for Leptospira spp.
该研究证实自由生活阿米巴原虫可作为暂时性宿主，通过内吞作用使致病性和腐生性钩端螺旋体在土壤环境中存活至少 48 小时而不进行复制，从而揭示了阿米巴原虫可能作为钩端螺旋体环境维持和传播的潜在生态库。
Integrated in vivo and transcriptomic analyses of lethal Oropouche virus infection reveal suppression of pathogenic host responses by antiviral therapy
该研究利用致死性叙利亚仓鼠模型和转录组分析，证实广谱抗病毒药物法匹拉韦不仅能完全抑制奥罗普切病毒（OROV）的复制并防止其向中枢神经系统扩散，还能阻断由病毒感染引发的致病性宿主炎症反应，从而为治疗该病毒提供了有效的干预策略。
A microbial seedbank from a natural oil seep accelerates hydrocarbon degradation in freshwater oil spills
该研究证实，源自天然油渗漏区的淡水微生物群落可作为“种子库”，通过显著加速人为石油泄漏中的烃类矿化作用，为减轻淡水石油污染提供了一种基于自然的缓解策略。
An epigenetic mechanism of azole tolerance facilitates acquired antifungal resistance in Aspergillus fumigatus
该研究揭示了烟曲霉中新型表观遗传调控因子 IngB 通过介导唑类药物耐受性，为耐药突变（如 UmpA 移码突变）的快速获得提供了进化背景，从而促进了抗真菌耐药性的产生。