Bacterial Stress Responses Lower mRNA-Protein Level Correlations
该研究通过整合三种人类致病菌在十种感染相关应激条件下的转录组与蛋白质组数据，揭示了环境应激会导致 mRNA 与蛋白质水平的相关性显著降低，并发现必需基因具有更强的相关性，而特定应激基因（如渗透压应激基因）则表现出显著的非相关性，表明翻译后修饰在细菌适应宿主环境中的关键作用。
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microbiology
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Integrated epidemiological and genomic analysis of some respiratory Bovine Coronavirus isolates reveals circulation of GIIb strains and ongoing viral evolution in U.S. Cattle (2020-2025)
该研究通过对美国 2020 至 2025 年 4505 份呼吸道样本的整合分析，揭示了牛冠状病毒（BCoV）在犊牛中检出率最高且常与其他病原体共感染，并通过全基因组测序确认了当前流行毒株属于 GIIb 基因型并存在持续的病毒进化。
Comprehensive analysis of air and surface hospital microbiomes uncovers potential hotspots and avenues for transmission of diverse pathogens linked to hospital-acquired infections
这项研究利用优化的快速宏基因组学流程，对英国某医院的空气和表面微生物组进行了全面分析，揭示了其中存在携带多种耐药基因和毒力因子的潜在病原体传播热点，强调了该方法在医院感染监测及防控中的关键作用。
The Pseudogymnoascus destructans Proteome Under Copper Stress Conditions
本研究利用化学定义培养基下的慢性铜胁迫条件，揭示了导致蝙蝠白鼻综合征的病原真菌*Pseudogymnoascus destructans*在蛋白质组层面的全局适应性变化，鉴定出数千种差异丰度蛋白，并阐明了其在铜获取、氧化应激及线粒体功能等方面的具体响应机制，同时开发了用于检测铜胁迫状态的特异性抗体。
Abundance-activity decoupling in sulfur-cycling bacteria reflects viral infection types in meromictic lakes
该研究通过整合多组学与病毒 - 宿主关联分析，揭示了在分层湖泊中，紫色和绿色硫细菌的丰度 - 活性解耦现象分别由其对应的温和病毒和裂解病毒感染策略所驱动，进而影响硫循环及地质生物标志物的记录。
Antarctic marine microplastics reveals environmental persistence and rapid evolution of Candida auris
该研究首次在南极海洋微塑料中分离出白色念珠菌（Candida auris），揭示了其耐寒表型、尼龙结合能力以及由突变体表型驱动的耐药性快速进化和多谱系全球传播机制。
Uncovering the Role of the scs Pilus Within the Complex Surface Architecture of Stenotrophomonas maltophilia
该研究揭示了*Stenotrophomonas maltophilia*中的*scs*基因座并非独立发挥作用，而是作为一个依赖环境背景的调节因子，通过与*smf-1*菌毛、*cbl*菌毛及鞭毛系统等表面结构的相互作用，在复杂冗余的附着力网络中差异化地调控细菌的生物膜形成、运动性及致病性。
Phoronids and their tubes harbor distinct microbiomes compared to surrounding sediment
该研究利用 16S rRNA 基因扩增子和宏基因组测序技术，首次揭示了马氏帚虫（*Phoronopsis harmeri*）及其栖管拥有与周围沉积物显著不同且多样性较低的微生物群落，其中 Campylobacterales、Desulfobulbales 和 Desulfobacterales 等类群占主导地位，并初步表明这些微生物可能参与了硫循环过程。
A genomic resource for exploring bacterial-viral dynamics in seagrass ecosystems
本研究通过整合宏基因组数据，构建了包含高质量细菌基因组和病毒基因组的资源库，揭示了海草生态系统中细菌与病毒的相互作用及其在碳循环中的潜在关键作用。
Genomic streamlining of seagrass-associated Colletotrichum sp. may be related to its adaptation to a marine monocot host
本研究通过解析从海草大叶藻中分离的 Colletotrichum sp. CLE4 的基因组，揭示了其相对于同属物种的基因组精简特征，并推测这种进化适应与其在海洋单子叶植物宿主中的特殊生态位及半生物营养型生活方式密切相关。
Eukaryotic MAGs recovered from deep metagenomic sequencing of the seagrass, Zostera marina, include a novel chytrid in the order Lobulomycetales
本研究通过对海草（Zostera marina）进行深度宏基因组测序，成功组装了包括一种新发现的 Lobulomycetales 目壶菌在内的五个真核生物宏基因组组装基因组（MAGs），揭示了该壶菌具有潜在的共生特性及其在宿主互作中的关键基因家族，从而深化了对海草生态系统中真菌及其他微生物真核生物多样性和功能的理解。
Ligand binding represses bacterial histidine kinase activity by inhibiting its dimerization
该研究表明，结核分枝杆菌中的组氨酸激酶 PdtaS 通过抑制其二聚化来感知铜和一氧化氮等化学性质迥异的配体，从而抑制其组成性激酶活性，揭示了细菌双组分系统通过二聚化依赖机制感知多种配体的新机制。
Integration of Bioinformatics and Machine Learning to Characterize Fusobacterium nucleatum's Pathogenicity
本研究通过整合生物信息学与机器学习方法，在*Fusobacterium nucleatum* ATCC 25586 中鉴定出关键毒力岛并构建了铁依赖性毒力机制假说，从而深化了对该菌致病分子机制的理解并提升了相关工具在表型推断中的自动化与可解释性。
Systematic Characterization of PBP2 as the Primary Siderophore Recognizer in Actinomycetes and Other Gram-Positive Bacteria
该研究通过整合基因组挖掘、共进化分析与结构建模，系统鉴定出 PBP2 亚型底物结合蛋白是革兰氏阳性菌（包括放线菌）中主要的铁载体识别家族，并揭示了其基因虽常与合成酶基因解偶联但受铁响应转录因子协同调控的机制。
A divergent Plasmodium NEK4 acts as a key regulator driving the early events of meiosis
该研究鉴定出疟原虫中一种独特的 NEK4 激酶作为关键调控因子，它通过定位至微管组织中心并协调转录与磷酸化网络，驱动减数分裂启动与合子形态发生（如微管组装、核迁移及细胞极性建立）的同步进行。
Quantifying antibiotic susceptibility and inoculum effects using transient dynamics of Pseudomonas aeruginosa
该研究通过构建高分辨率时间序列数据与基于导数的计算流程，开发了一种能够量化铜绿假单胞菌抗生素敏感性、接种量效应及瞬态动力学特征的新模型与分类方法，从而弥补了传统指标在临床治疗风险评估中的不足。
A survey of bacterial and fungal communities of table olives.
这项针对全球 6 国 40 家生产商 363 份样本的大规模调查揭示了腌制橄榄微生物群落的多样性及其受加工方式（碱处理与自然发酵）的主导影响，同时指出由于发酵容器小及随机定植等因素导致的显著变异性，使得基于扩增子的方法难以区分意大利 PDO 与非 PDO 品种，但研究结果为开发品种特异性发酵剂奠定了基础。
Identification of Human Gut Microbiome Derived Peptides Targeting Biofilm Specific Lectin Proteins of Pseudomonas aeruginosa
本研究通过计算筛选与实验验证，发现源自人类肠道微生物的抗菌肽（特别是 amp21 和 amp6）能通过靶向结合铜绿假单胞菌生物膜中的关键凝集素（LecA/LecB）并破坏细胞膜，从而有效抑制细菌生长及生物膜形成，且其衍生的超短肽表现出更优的抗生物膜活性。
Pregnancy and Early-Life Gut Virome in the Lifelines NEXT cohort:Origin, Persistence, Influencing Factors and Health Implications
这项研究通过对荷兰 Lifelines NEXT 队列中 714 对母婴的大规模元基因组分析，系统揭示了婴儿肠道病毒组的起源、动态演变及其受分娩喂养方式等多因素影响的规律，阐明了其与食物过敏的关联，并发现了促进病毒长期定植的关键遗传机制。
Limitations of inferring antiviral efficacy of interfering particles from observational natural histories
本文指出 Hariharan 等人关于缺陷 HIV 基因组的研究无法有效验证治疗性干扰颗粒（TIPs）的疗效，并论证了仅凭事后观察性自然史数据无法判定干预成败，同时揭示了其报告的 R0 数据与病毒动力学存在内在矛盾，且现有机制足以解释相关现象。