🧬 生物学

Reconstructing sequence-grammar trajectories enables interpretable and tunable cis-regulatory element design

本文提出了 GO-CRE,这是一个可解释的深度学习框架,它结合了混合 Transformer-Mamba2 模型、强化学习以及序列-语法轨迹重构,旨在设计并实验验证具有增强活性和特异性的多样化、细胞类型特异性顺式调控元件。

Mingqian Ma, Wanjuan Bu, Guoqing Liu, Yuxuan Liu, Sizhen Liu, Zhen Zhao, Shijie Yao, Qingru Hua, Yujie Zhang, Cuiting Zh (…)2026-09-23
🧬 生物学

Comparative Genomics Reveals Divergent Adaptive Strategies in Classical Pathogenic and Environmental/Opportunistic Brucella Lineages

本研究通过比较经典致病性布鲁氏菌谱系与环境/机会性布鲁氏菌谱系的基因组,揭示了前者拥有适合宿主专业化的紧凑且保守的基因组,而后者则表现出具有更广泛辅助基因库、适应异质性环境生态位的更大且更多样化的基因组。

Zhao Caihong, Dang Xinyu, Ahmad Ali, Rakhshanda Rani, Xingmei Deng, Zhang Hui, Jia Guo, Yong Wei, Sun Zhihua2026-09-23
🧬 生物学

Transient Gut Microbiota Modulation and Baseline Bacteroides Abundance Predict Constipation Recurrence in Children With Cerebral Palsy: A 4‑Year Longitudinal Cohort Study

这项针对脑性瘫痪儿童的为期四年的纵向研究表明,虽然合生元诱导的肠道菌群改善在停止治疗后是暂时性的,但较高的基线拟杆菌属(*Bacteroides*)丰度能显著预测较低的便秘复发率,这表明其在个性化风险分层方面具有潜在的应用价值。

Xiaoli Li, Weikeng Yang, Peiqin Wang, Dongming Meng, Congfu Huang2026-09-23
🧬 生物学

Haplotype diversity and variant switching associated with long-term transmission and outbreak dynamics of Dengue virus 3 genotype III lineages

本研究分析了2015年至2025年间新加坡登革热病毒3型的的高分辨率基因组数据,旨在证明变异转换和单倍型多样性是长期传播和爆发动态的关键进化驱动因素,并显示出病毒遗传多样性、病例负担与媒介丰度之间存在强正相关性。

Rou Xuan Lee, Gladys Yeo, Carmen Koo, Vanessa Goh, Yee Ling Lai, Judith Chui Ching Wong, Lee Ching Ng, Hapuarachchige Ch (…)2026-09-23
🧬 生物学

Spatial divergence of virus-bacteria interaction networks in upstream and downstream sediments of the Three Gorges Dam and their association with sediment ecological multifunctionality

这项研究表明,三峡大坝诱发了沉积物病毒-细菌相互作用网络的空间分异,其中下游动态网络组分的优先流失——而非仅仅是多样性的降低——是连接环境变化与沉积物生态多功能性下降的主要中介机制。

Zhuo Zhang, Ruilin Huang, Tiancheng Liu, Kaikai Zheng, Xian Xiao, Yuan Zhao2026-09-23
🧬 生物学

Maternal leukocyte composition, not placental pathology, underlies pre- eclampsia-associated differences in plasma cell-free DNA methylation: an integrative cell-free reduced-representation bisulfite sequencing study with tissue, trajectory, and genetic validation

这项综合研究表明,子痫前期相关的血浆游离DNA甲基化差异主要反映了母体白细胞组成的动态变化,而非胎盘病理学改变,这表明此类甲基化特征可作为母体炎症和血液学状态的读数。

Na Na, Weixia Ou, Jieyan He, Jiefang Zhou, Weixian Xie2026-09-23