🧬 biology
Computational Simulations of Trigger-and-Inhibit Control Rules in Intussusceptive Pillar Morphogenesis
本研究利用计算流体力学证明，内吞柱形态发生受控于一种“触发与抑制”机制，即剧烈的壁面剪切应力梯度引发柱状结构形成，而升高的绝对壁面剪切应力则抑制其形成，从而将剪切应力的空间分布定义为微血管重塑的主要驱动因素。
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q-bio
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🧬 biology
Regulatory Evolution of TEM β-lactamases through Large-Scale Genomic Analysis Reveals Promoter Diversity and its Impact on β-lactam Resistance in Escherichia coli
本研究结合了超过 60,000 个大肠杆菌（*Escherichia coli*）基因组的大规模基因组分析、因果推断与结构建模，旨在证明除编码序列变异之外，*bla*<sub>TEM</sub> 启动子区域的多样性显著影响 β-内酰胺类抗性表型。
🧬 biology
spaGFM is a scalable graph foundation model for spatial transcriptomics analyses
本文介绍了 spaGFM，这是一种可扩展的图基础模型，它利用随机游走和自监督学习来生成稳健且可迁移的空间转录组学数据表示，从而能够分析不同生物学背景下复杂的组织结构及其功能性后果。
🧬 biology
Uncovering Anti-Cancer Potential of Clausena anisata Bioactives via Network Pharmacology-Based Target Prediction, Virtual Screening, Docking, ADMET Analysis, and Molecular Dynamics Simulation
本研究利用整合的网络药理学与计算方法，旨在将来自茴香苦楝（*Clausena anisata*）的茴香素（Anisolactone）和三位相素（Triphasiol）鉴定为靶向 EGFR 用于潜在抗癌治疗的具有前景、稳定且类药性的先导化合物。
🧬 biology
Rethinking aerobic glucose metabolism in Saccharomyces cerevisiae: is glucose completely fermented to ethanol at high concentrations?
本文挑战了关于酿酒酵母在高中浓度葡萄糖下进行需氧葡萄糖代谢时涉及同时进行直接呼吸与发酵的传统观点，转而提出葡萄糖最初是完全发酵为乙醇并随后进行乙醇氧化的，并概述了一个用于测试该假设的定量同位素示踪实验设计。
🧬 biology
An Immuno-informatics Pipeline for Identification of Low-Risk Peptide Immunotherapy Candidates Across the Childhood Food Allergy Triad
本研究提出了一种整合免疫信息学流程，通过计算优先排序具有低 HLA 结合能力和低致敏潜力的序列，成功识别出 23 个用于花生、牛奶和鸡蛋过敏原免疫治疗的低风险候选肽，同时通过针对现有临床候选药物进行验证，并强调了实验验证的必要性。
🧬 biology
CAST as a Tumor-Specific Suppressor in Colorectal Cancer: Discovery Through Integrative Analysis of Unannotated Isoforms, Proteomics, and Epigenetic Regulation
通过对单细胞长读段测序、蛋白质组学和表观遗传数据的综合分析，本研究确定了 CAST 是结直肠癌中一种通过启动子去甲基化被重新激活并受 miR-200 家族调节的肿瘤特异性抑制因子，从而为从未注释的异构体中发现治疗靶点建立了一个具有普适性的框架。
🧬 biology
Molecular Targeting of UBR2 in Melasma Using Natural Compounds from Scutellaria baicalensis through Integrated Computational Approaches
本研究利用整合计算方法，旨在将黄芩苷（Ferulic acid）和黄芩苷 II（Skullcapflavone II）鉴定为来自黄芩（*Scutellaria baicalensis*）的、具有前景且安全稳定的 UBR2 靶点抑制剂，用于治疗雀斑（melasma）的潜力。
🧬 biology
A Computational Cancer GWAS Screen Highlights Structural Variation at the 7q22.1 Locus Near STAG3
本研究表明，通过整合短读长和长读长测序数据的计算筛选，揭示了在与癌症全基因组关联研究（GWAS）信号重叠的减数分裂特异性基因位点处，结构变异显著富集，特别是识别出了一个位于 *STAG3* 基因附近的 442 bp 新型缺失，该缺失是 7q22.1 结直肠癌易感位点的候选驱动因素，而仅靠短读长测序将会遗漏这一发现。
🧬 biology
The Changing Landscape of Genetic Risk: Age-Related Effects of Polygenic Scores for Suicidal Behaviors
这项针对 Add Health 队列的研究表明，自杀意念和自杀尝试的多基因风险评分仅在青年期和成年早期与结局呈现出适度但显著的相关性，而非在青少年时期，这表明目前基于成年人数据的遗传风险模型可能无法捕捉到发育特定阶段的风险，并强调了通过年龄分层的全基因组关联研究来改进针对性预防策略的必要性。