Epigenetic regulation of DPP4 receptor expression by NONO enables replication of MERS-CoV
تكشف هذه الدراسة أن البروتين المضيف المرتبط بالحمض النووي الريبوزي (RNA) المعروف باسم NONO يسهل تضاعف فيروس ميرس (MERS-CoV) من خلال رفع مستوى التعبير الجيني لمستقبل دخول الفيروس DPP4 فوق جينيًا عبر تعديل التعديلات الهيستونية، مما يحدد هدفًا علاجيًا جديدًا للفيروس.
المؤلفون الأصليون:Hage, A., Janes, M., Scott, S. D., Yoon, S., Rose, K., Markowitz, T. E., Myers, L. M., Carmody, A. B., Triem, L., Straw, O., McNally, K. L., Beare, P. A., Lack, J. B., Martens, C., Best, S. M.
المؤلفون الأصليون: Hage, A., Janes, M., Scott, S. D., Yoon, S., Rose, K., Markowitz, T. E., Myers, L. M., Carmody, A. B., Triem, L., Straw, O., McNally, K. L., Beare, P. A., Lack, J. B., Martens, C., Best, S. M.
تُعد الفيروسات طفيليات بارعة لا يمكنها البقاء على قيد الحياة بمفردها. فلكي تتكاثر، يجب أن تغزو خلية حية وتختطف آلياتها الداخلية، وتجبر المضيف على بناء جزيئات فيروسية جديدة بدلاً من الحفاظ على صحته الخاصة. ولكي يبدأ الفيروس هذه العملية، يحتاج أولاً إلى وسيلة للدخول. تخيل الخلية كأنها حصن ذو بوابة مغلقة؛ يجب على الفيروس أن يجد المفتاح المحدد الذي يناسب ذلك القفل. وفي حالة فيروس كورونا المسبب لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية، المعروف باسم MERS-CoV، فإن هذا المفتاح هو بروتين يُسمى DPP4 موجود على سطح الخلايا البشرية. وبدون وجود عدد كافٍ من هذه المفات keys على سطح الخلية، لا يستطيع الفيروس الدخول، وتتوقف العدوى قبل أن تبدأ حقاً. إن فهم كيفية اتخاذ الخلايا قراراً بشأن عدد هذه المفاتيح هو أمر بالغ الأهمية، لأن عدد المفاتيح يحدد مدى سهولة انتشار الفيروس ومدى شدة العدوى.
لقد عرف العلماء منذ زمن طويل أن الفيروسات تعتمد على العديد من البروتينات البشرية لمساعدتها على التكاثر، لكن القواعد الدقيقة التي تحكم كيفية عمل هؤلاء المساعدين تظل غالباً لغزاً. ركز فريق من الباحثين في المعاهد الوطنية للصحة مؤخراً على بروتين بشري يسمى NONO. يُعرف هذا البروتين بأنه يشارك في إدارة التعليمات الجينية داخل نواة الخلية. أراد الباحثون معرفة ما إذا كان NONO يلعب دوراً في مساعدة فيروس MERS-CoV على إصابة الخلايا. بدأوا بزراعة خلايا بشرية في طبق مختبري ثم قاموا بإزالة الجين الذي يصنع NONO. وعندما أدخلوا الفيروس إلى هذه الخلايا المعدلة، فشل الفيروس في التكاثر. في الواقع، انخفضت كمية الفيروس المنتجة بمقدار مائة إلى ألف ضعف مقارنة بالخلايا الطبيعية. هذا الانخفاض الهائل يشير إلى أن NONO كان ضرورياً لبدء عمل الفيروس، لكن الباحثين كانوا بحاجة إلى معرفة الكيفية بدقة.
اكتشف الفريق أن الفيروس لم يكن يفشل بسبب استجابة مناعية ضعيفة أو مشكلة في شفرته الجينية الخاصة، بل ببساطة لم يكن قادراً على دخول الخلايا. ففي الخلايا التي تفتقر إلى NONO، كان السطح يفتقر إلى مفاتيح DPP4 التي يحتاجها الفيروس لفتح الباب. ووجد الباحثون أنه بدون NONO، لا تنتج الخلايا كمية كافية من بروتين DPP4. لم يكن هذا بسبب قيام الخلايا بتفكيك التعليمات الخاصة بصنع DPP4 أو لأن التعليمات كانت تُنسخ بشكل غير صحيح، بل حدثت المشكلة في مرحلة أبكر بكثير، عند البداية تماماً، عندما تقرر الخلية تشغيل جين ما أو إيقافه.
ومن خلال فحص بنية الحمض النووي (DNA) داخل الخلايا، رأى الباحثون أن غياب NONO غيّر الطريقة التي يتم بها تغليف المادة الوراثية. في الحالة الطبيعية، يكون الحمض النووي الذي يحتوي على تعليمات DPP4 ملفوفاً بشكل فضفاض، مما يسمح لآليات الخلية بقراءته وبناء البروتين. أما في الخلايا التي تفتقر إلى NONO، فقد كان الحمض النووي ملفوفاً بإحكام شدٍ حول جين DPP4، مما أدى فعلياً إلى قفل التعليمات بعيداً. لاحظ الباحثون أن العلامات الكيميائية على الحمض النووي، والتي تشير عادةً إلى أن الجين نشط، كانت مفقودة، بينما كانت العلامات التي تشير إلى أن الجين صامت موجودة بأعداد أكبر. هذا التغليف المحكم منع الخلية من صنع مستقبل DPP4، مما ترك الفيروس بلا مكان للذهذا إليه.
وللتأكد من أن نقص DPP4 هو السبب الوحيد لفشل الفيروس، قام العلماء بإعادة بروتين DPP4 المفقود إلى الخلايا التي كانت تفتقر إليه. وبمجرد أن استعادت الخلايا المفاتيح على سطحها مرة أخرى، تمكن الفيروس من الدخول والبدء في التكاثر، وإن كان لا يزال لا يصل إلى نفس المستويات العالية كما في الخلايا الطبيعية تماماً. أظهر هذا أنه بينما يعد NONO حاسماً لتوفير نقطة الدخول، فإنه من المرجح أن يساعد الفيروس بطرق صغيرة أخرى أيضاً. وقد استبعدت الدراسة فكرة أن NONO يساعد الفيروس عن طريق تثبيت الرسائل الجينية أو المساعدة في ربطها معاً بشكل صحيح؛ إذ أشارت الأدلة بوضوح إلى آلية واحدة قوية: يعمل NONO كمفتاح يبقي الحمض النووي الخاص بمستقبل DPP4 مفتوحاً وجاهزاً للقراءة.
يسلط هذا الاكتشاف الضوء على صلة مفاجئة بين بروتين بشري يدير التغليف الجيني والقدرة على إصابة الفيروسات لنا. وهو يشير إلى أن الفيروس لا يهاجم الخلية فحسب، بل يعتمد على المفاتيح الداخلية للخلية لضمان وجود وسيلة للدخول. ومن خلال فهم أن NONO يتحكم في توافر نقطة دخول الفيروس، قد يجد العلماء في النهاية طرقاً جديدة لعلاج العدوى. فإذا تمكن الباحثون من تطوير أدوية تعمل على إيقاف NONO مؤقتاً أو تغيير كيفية تفاعله مع الحمض النووي، فقد يتمكنون من إخفاء مفاتيح الفيروس وإيقاف العدوى قبل انتشارها، مما يقدم استراتيجية جديدة لمحاربة ليس فقط MERS-CoV، بل أيضاً الفيروسات الأخرى التي تستخدم حِيلاً مماثلة لغزو أجسامنا.
ملخص تقني: التنظيم فوق الجيني للتعبير عن مستقبل DPP4 بواسطة بروتين NONO يُمكّن من تضاعف فيروس ميرس (MERS-CoV)
بيان المشكلة لا يزال فيروس متلازمة الشرق الأوسط التنفسية (MERS-CoV) يشكل تهديداً كبيراً للصحة العامة بسبب حوادث الانتشار الحيواني المتكررة وإمكانية حدوث انتقال ناشئ في المستقبل. وبينما تعتمد الفيروسات التاجية بشكل كبير على البروتينات المضيفة للتضاعف، فإن الآليات المحددة التي تنظم بها بروتينات ربط الحمض النووي الريبي (RBPs) المضيفة دخول الفيروس وتضاعفه ليست مفهومة تماماً. لقد حددت عمليات المسح عالية الإنتاجية السابقة بروتين "الباراسبيكل" NONO (بروتين الارتباط بثماني الوحدات الذي لا يحتوي على نطاق POU) كعضو موثوق به في التفاعل مع الحمض النووي الريبي الفيروسي (vRNA) لفيروس سارس-كوف-2 (SARS-CoV-2)، ومع ذلك ظلت دوره الوظيفي في تضاعف الفيروسات التاجية والتبعات الميكانيكية لتفاعله غير معروفة. وبشكل محدد، كان من غير الواضح ما إذا كان NONO يعمل مباشرة على الحمض النووي الريبي الفيروسي أم بشكل غير مباشر من خلال تنظيم الجينات المضيفة، وكيف يؤثر غيابه على التعبير عن مستقبل دخول MERS-CoV الحاسم، وهو ثنائي ببتيديل ببتيداز 4 (DPP4/CD26).
المنهجية استخدمت الدراسة مزيجاً من النهج الجينية، والجزيئية، والجينومية لتشريح دور NONO في تضاعف MERS-CoV:
النماذج الجينية: استخدم المؤلفون خلايا HAP1 من النوع البري (WT) وخلايا HAP1 التي تم تعطيل جين NONO فيها (KO)، وهي خلايا تسمح بطبيععتها بانتشار MERS-CoV دون الحاجة لفرط التعبير عن المستقبل. كما تم إنشاء خلايا HAP1 التي تم تعطيل جين DPP4 فيها، وسلالات خلوية مستقرة تم نقل جين DPP4 إليها عبر النواقل الفيروسية لعزل عيوب الدخول عن عيوب التضاعف اللاحقة.
مقايسات الفيروسات: تم قياس عيارات الفيروس المعدي عبر مقايسات اللويحات (plaque assays). وتم تقييم دخول الفيروس باستخدام جسيمات فيروسية شبيهة بالفيروس (VLVs) تحتوي على تقرير لوسيفيراز. كما تم قياس تضاعف ونسخ الحمض النووي الريبي الفيروسي باستخدام qRT-PCR النوعي للسلاسل للحمض النووي الريبي الجينومي (ORF1b, upE) والفرعي (M).
التحقيقات الميكانيكية: لتحديد ما إذا كان NONO يؤثر على التنظيم ما بعد النسخي، أجرى المؤلفون تحليل RNA-seq، وتحليل rMATS للقطع البديل، ومقايسات "أكتينوميسين د" لقياس استقرار الحمض النووي الريبي المرسال (mRNA).
التحليل فوق الجيني: للتحقيق في التنظيم النسخي، استخدمت الدراسة تقنية ATAC-seq لتقييم إمكانية الوصول إلى الكروماتين، وChIP-qPCR لقياس تعديلات الهيستون (H3K4me3 للكروماتين النشط وH3K27me3 للكروماتين المثبط) عند موقع جين DPP4.
الضوابط: تم حظر استجابات الإنترفيرون (IFN) باستخدام Ruxolitinib لاستبعاد التأثيرات الناجمة عن المناعة. كما تم اختبار تضاعف SARS-CoV-2 لفترة وجيزة في خلايا A549 باستخدام siRNA لتعطيل NONO.
النتائج الرئيسية
NONO ضروري لتضاعف MERS-CoV: أدى حذف NONO في خلايا HAP1 إلى انخفاض في عيارات MERS-CoV المعدية بمقدار 100 إلى 1000 ضعف. ظهر هذا الخلل في وقت مبكر من 24 ساعة بعد العدوى، مع انخفاض في تراكم بروتين النواة الفيروسي (N). وكان التأثير مستقلاً عن استجابة الإنترفيرون من النوع الأول، حيث لم يؤدِ علاج Ruxolitinib إلى استعادة عيارات الفيروس في خلايا NONO KO.
الخلل يحدث عند دخول الفيروس: أظهرت خلايا NONO KO ضعفاً شديداً في دخول جسيمات MERS-CoV الشبيهة بالفيروسات (VLPs). وقد ارتبط ذلك بانخفاض كبير في mRNA الخاص بـ DPP4 وما يقابله من انخفاض بنحو ضعفين في إجمالي بروتين DPP4 وبروتينه الموجود على سطح الخلية.
الاستعادة عن طريق إعادة التعبير عن DPP4: أدى نقل DPP4 إلى خلايا NONO KO إلى استعادة مستويات سطح DPP4 واستعادة جزئية لدخول الفيروس والتضاعف المبكر. ومع ذلك، حتى مع استعادة DPP4، ظلت ذروة عيارات الفيروس في خلايا NONO KO أقل بمقدار 5 إلى 9 أضعاف مقارنة بخلايا WT، مما يشير إلى وجود دور ثانوي لـ NONO في مراحل التضاعف اللاحقة (ربما يتعلق باستقلاب الدهون).
الآلية نسخية وليست ما بعد نسخية: لم يكن انخفاض DPP4 ناتجاً عن عيوب في القطع البديل (أظهر تحليل rMATS عدم وجود تغييرات كبيرة في نظائر DPP4) ولا عن انخفاض في استقرار mRNA (أظهرت مقايسات اضمحلال أكتينوميسين د عدم وجود فرق في عمر النصف).
التنظيم فوق الجيني: كشف تحليل ATAC-seq عن انخفاض في إمكانية الوصول إلى الكروماتين تحديداً عند موقع DPP4 في خلايا NONO KO. وأظهر ChIP-qPCR أن فقدان NONO أدى إلى انخفاض في علامة الهيستون النشطة H3K4me3 وزيادة في العلامة المثبطة H3K27me3 في جسم جين DPP4. كما أشار تحليل النمط (Motif analysis) إلى نقص في إمكانية الوصول لمكونات معقد AP-1 (وهي FOS وJUNB) في غياب NONO.
المساهمات الرئيسية
تحديد عامل اعتماد مضيف: تحدد هذه الدراسة NONO كعامل اعتماد حاسم لتضاعف MERS-CoV، متميزاً عن دوره الموصوف سابقاً في المناعة الفطرية.
آلية تنظيمية جديدة: تكشف الورقة عن آلية فوق جينية غير معروفة سابقاً حيث ينظم بروتين ربط الحمض النووي الريبي المضيف (NONO) التعبير عن مستقبل دخول فيروسي (DPP4) من خلال التحكم في تعديلات الهيستون (توازن H3K4me3/H3K27me3) وإمكانية الوصول إلى الكروماتين عند موقع المستقبل.
الفصل بين الدخول والتضاعف: من خلال تجارب استعادة DPP4، أثبت المؤلفون أن الخلل الأساسي في خلايا NONO KO هو الفشل في التعبير عن مستقبلات الدخول الكافية، رغم استمرار خلل ثانوي في التضاعف غير مرتبط بـ DPP4.
الأهمية يزعم المؤلفون أن هذه النتائج تربط بشكل مباشر بين بروتين ربط الحمض النووي الريبي المضيف والتنظيم فوق الجيني لمستقبلات الدخول الفيروسي. وهذا يشير إلى أن مستويات التعبير عن مستقبلات الدخول الفيروسي، مثل DPP4، ليست مجرد سمات خلوية ثابتة، بل يتم تنظيمها ديناميكياً بواسطة عوامل مضيفة مثل NONO. تسلط الدراسة الضوء على أن استهداف العوامل المضيفة المشاركة في التنظيم فوق الجيني لمستقبلات الدخول (على سبيل المثال، عبر جزيئات صغيرة مثل (R)-SKBG-1 الذي يستهدف NONO) يمكن أن يمثل استراتيجية علاجية جديدة للحد من تضاعف الفيروس عن طريق تقليل توافر المستقبلات. علاوة على ذلك، فإن تحديد NONO وأفراد عائلة DBHS المرتبطين به كمتفاعلين شائعين في عمليات مسح vRNA للفيروسات التاجية يشير إلى دور أوسع لهذه البروتينات في الإمراض الفيروسي يستحق المزيد من الاستقصاء.