🧬 biology

ViroNEXT: A multilayer hybrid system for high-precision detection of known and divergent viruses in metagenomics

ViroNEXT ist eine vollautomatisierte, Open-Source-Multilayer-Hybrid-Pipeline, die referenzbasierte und maschinelle Lernansätze kombiniert, um eine hochpräzise Detektion sowohl bekannter als auch hochdivergenter Viren in metagenomischen Daten zu erreichen und gleichzeitig falsch-positive Klassifizierungen signifikant zu reduzieren.

Markus Santhosh Braun, Gibran Horemheb Rubio Quintanares, Martin Machyna, Janice Durschang, Csaba Miskey, Xiang-Jun Lu (…)2026-09-16
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Adaptive Quantum Approximate Optimization for Genomic Classification

Dieses Paper führt einen adaptiven Quantum Approximate Optimization Algorithm (QAOA) ein, der eine gradientengesteuerte Operatorenwahl nutzt, um dynamisch problemspezifische Schaltkreise zu konstruieren, und demonstriert dabei eine überlegene Präzision, Spezifität und Hardwareeffizienz gegenüber Varianten mit fester Architektur für die Klassifizierung genomischer Sequenzen unter realistischen NISQ-Rauschbedingungen.

Sthefanie Jofer Gomes Passo, Vishal H. Kothavade, John J. Prevost2026-09-15
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Probing Deep Prefrontal Cortex Mechanisms of Memory Control Using Theta Band Temporal Interference Stimulation

Diese explorative Studie zeigt, dass die transkranielle zeitliche Interferenzstimulation (tTIS) nicht-invasiv tiefe präfrontale Schaltkreise ansteuern kann, um Gedächtniskontrollmechanismen differenziell zu modulieren, wobei eine fokale dACC-Stimulation potenziell das abrufinduzierte Vergessen verstärkt und eine disperse präfrontale Stimulation den Zerfall erleichterter Gedächtnisinhalte beschleunigt, wodurch tTIS als vielversprechendes Werkzeug zur Untersuchung der Beiträge tiefer Hirnstrukturen zum menschlichen Gedächtnis validiert wird.

Ahsan Khan, Long-Fung Mak, Chun Hang Eden Ti, Margaret Y. Y. Lam, Marie C. M. Chow, Jirapong Saelor, Yupeng Liu, Sadia S (…)2026-09-15
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Alternative Polyadenylation Landscape Highlights its Critical Roles in Fine-tuning Cadmium Stress Response in Rice

Diese Studie nutzt RNA-Seq-Daten, um aufzuzeigen, dass die alternative Polyadenylierung unter Cadmiumstress in Reis einen kritischen, dosisabhängigen Regulationsmechanismus darstellt, der durch die Modulation der Poly(A)-Stellenwahl und der miRNA-vermittelten Transkriptstabilität gewebespezifische und zeitliche Genexpressionsänderungen in der Photosynthese, der Stressreaktion und der Proteinsynthese orchestriert.

Zhengfeng Zhang, Tao He, Sichen Luo, Benze Xiao2026-09-15
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Distinct structural mechanisms drive gain-of-function activation of TMEM16E in gnathodiaphyseal dysplasia

Diese Studie zeigt auf, dass die mit der Gnathodiaphyseal-Dysplasie assoziierten Gain-of-Function-Mutationen G503E und R852I TMEM16E durch unterschiedliche strukturelle Mechanismen – die Störung der TM3–TM4-Schnittstelle bzw. die Umgestaltung eines extrazellulären Loop-Netzwerks – aktivieren, trotz ihrer ähnlichen funktionellen Phänotypen.

Alessio Accardi, Eleonora Di Zanni, Omar Alvarenga, Nicole Rychlik, Zhang Feng, Elizabeth Kim, George Khelashvili2026-09-15
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Analysis of the transmission of Staphylococcus aureus drug resistance and genetic diversity in the ‘animal-environment/food-human’ dairy production chain

Diese, im „One Health“-Konzept verwurzelte Studie analysierte 2.236 Proben aus der chinesischen Milchproduktionskette, um aufzuzeigen, dass *Staphylococcus aureus*, insbesondere multiresistente ST59-Klone, primär aus dem Trägertum bei Rindern stammt und durch kontaminierte Melkanlagen sowie mangelnde Hygiene des Personals verbreitet wird, was ein erhebliches Übertragungsrisiko für Konsumenten darstellt.

Fangyuan Hu, Juan Wang, Yaopeng Liu, Xiuli Zuo, Sijun Zhao, Cuiping Song, Xiumei Huang, Lin Wang, Zhina Qu2026-09-15
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Expression analysis of lncRNA Morrbid and NeST lncRNA in patients with Coronavirus disease 2019 and their clinical signs

Diese Studie zeigt, dass die immunbezogenen langen nicht-kodierenden RNAs Morrbid und NeST in den peripheren mononukleären Blutzellen von COVID-19-Patienten im Vergleich zu gesunden Kontrollpersonen signifikant hochreguliert sind, was auf ihr Potenzial als Biomarker für die Immunantwort des Wirts auf eine SARS-CoV-2-Infektion hindeutet.

Ghazal Ghaznavi, Ali Ghanbari Asad, Yaser Mansoori, Raziye ranjbar, Abdolreza Daraei, Yosef Gholampoor, Jalal Karimi, Am (…)2026-09-15
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CustomGWAS: A Standardized End-to-End Framework for Reproducible Genome-Wide Association Studies

Das Papier stellt CustomGWAS vor, ein standardisiertes End-to-End-Framework, das diverse GWAS-Schritte in einer einzigen reproduzierbaren Umgebung vereinheitlicht und so eine methodische Konsistenz sowie statistische Genauigkeit gewährleistet, die mit etablierten Werkzeugen wie PLINK und GEMMA vergleichbar ist, während es gleichzeitig die Transparenz und Vergleichbarkeit genomischer Analysen signifikant verbessert.

Saumya Dwivedi, Adithya V, Rajesh R., Manickavelu Alagu2026-09-15