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What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation

Un análisis empírico de datos de secuenciación de ARN de célula única del páncreas humano demuestra que, para tipos celulares canónicos y abundantes, los modelos de anotación de tipos celulares se generalizan de manera robusta entre donantes con solo caídas de rendimiento modestas cuando se evalúan mediante la exclusión de un donante (leave-one-donor-out) en comparación con la división aleatoria, lo que subraya la necesidad de declarar explícitamente el alcance poblacional y técnico al reivindicar conocimiento extraído de datos de célula única.

Liu Chen2026-07-24
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When Do Single-Cell Foundation Models Beat PCA? A Simulation-Based Empirical Analysis of Label Scarcity and Perturbation Generalization

Este estudio basado en simulaciones demuestra que los modelos fundacionales de célula única superan significativamente a los procesos clásicos de PCA en tareas de anotación con escasez de etiquetas (1–5 células etiquetadas por clase), pero ofrecen poca o ninguna ventaja sobre las líneas base lineales simples cuando hay suficientes etiquetas disponibles o al predecir respuestas a perturbaciones novedosas.

Liu Chen2026-07-24
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Rank or Value? An Empirical Analysis of Single-Cell Transformer Tokenization under Sequencing-Depth Loss

Este estudio empírico demuestra que, en la secuenciación de ARN de célula única, el agrupamiento por valores de expresión fijos supera a la codificación por rango de la mediana del corpus para la clasificación de células bajo pérdida de profundidad de secuenciación, revelando que la invarianza a la multiplicación del tamaño de la biblioteca no garantiza la robustez ante la pérdida estocástica de moléculas.

Liu Chen2026-07-24
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Does Candidate-Space Restriction Destabilize Cross-Tissue Gene Regulatory Network Benchmark Rankings? An Empirical Analysis of Analytic Flexibility in Computational Biology

Este análisis empírico demuestra que restringir los espacios de candidatos en las evaluaciones de redes de regulación génica desestabiliza significativamente las clasificaciones de métodos entre tejidos, lo que indica que las elecciones en la definición de candidatos pueden alterar las conclusiones comparativas y deben reportarse junto con los resultados en lugar de tratarse como neutrales.

Liu Chen2026-07-24
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Bacteria getting wired: The porin-cytochrome complex Om(abc)B kickstarts extracellular electron transfer and nanowire formation

Este estudio revela que *Geobacter sulfurreducens* utiliza una estrategia de transferencia de electrones extracelulares secuencial de dos etapas donde el complejo porina-citocromo Om(abc)B permite primero la síntesis de alto gasto energético de los nanofibras de OmcS, permitiendo que las células cambien de un modo inalámbrico a uno cableado que expande drásticamente su acceso al Fe(III) para la replicación.

Nikhil Malvankar, Joseph Erwin, Kejue Jia, Cong Shen, Vanessa Saldivar, Aldo Salazar Morales, Vasilije Pentalic, Fadel S (…)2026-07-24
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Integrative genomic and network analyses map horizontal gene transfer dynamics in Pantoea agglomerans

A través de análisis genómicos y de redes integrativos de 165 genomas, este estudio revela que *Pantoea agglomerans* posee un pangenoma abierto impulsado por la transferencia horizontal de genes, mediada principalmente por plásmidos e influenciada por la agrupación de nichos ecológicos con *Pantoea vagans* como un donante clave.

Muhammad Sulman, Antonet M. Svircev, James T. Tambong, Walid Ellouze2026-07-24
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Bacteroides acidifaciens derived pentadecanoic acid alleviates MAFLD by sensitizing senescent macrophages to ferroptosis via JNK-JUN-NCOA4 pathway

Este estudio demuestra que el ácido pentadecanoico, un metabolito derivado de *Bacteroides acidifaciens*, alivia la MAFLD al sensibilizar a los macrófagos senescentes a la ferroptosis mediante la activación de la vía de señalización JNK-JUN-NCOA4, promoviendo así su eliminación y reduciendo la esteatosis hepática.

Rui Kong, Huiyu Wang, Nan Wang, Chunli Zhou, Yuqing Zhou2026-07-24
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Fast-Paced Breathwork as a Workplace Microbreak Preserves Attentional Orienting and Neural Task Engagement

Este estudio demuestra que un microdescanso de 15 minutos de respiración acelerada ayuda a los trabajadores del conocimiento empleados a mantener la orientación de la atención y el compromiso de la tarea neuronal, a diferencia de un podcast de control, al prevenir el aumento post-descanso en la captura de la atención y el poder alfa indicativos de la desvinculación.

Nele Dael, Austin Lokey, H. Steven Scholte, Alyson Meister2026-07-24
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Integrative genomic and transcriptomic analyses identify functionally relevant causal genes for exercise in a large animal model

Este estudio integra datos genómicos y transcriptómicos de caballos pura sangre para identificar genes y variantes causales específicos que subyacen a los rasgos de rendimiento atlético, distinguiendo entre los factores genéticos heredados y las respuestas moleculares adquiridas al ejercicio y al entrenamiento.

Mian Feng, Thomas J. Hall, John F. O’Grady, Kseniia Maksimova, Michael Salter-Townshend, John A. Browne, David E. MacHug (…)2026-07-24
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Agar oligosaccharides mitigate lipopolysaccharide-induced apoptosis and inflammatory damage in rumen epithelial cells via the tlr4-myd88-nf-κb signaling pathway

Este estudio demuestra que los oligosacáridos de agar (AOS) mitigan la apoptosis y el daño inflamatorio inducidos por lipopolisacáridos en células epiteliales ruminales ovinas al inhibir la vía de señalización TLR4-MyD88-NF-κB, lo que sugiere que los AOS son un potencial aditivo alimentario verde para aliviar las enfermedades metabólicas de los rumiantes.

Aihong Lao, Xiaolin He, Jian Ma, Chunmei Du, Fuquan Yin, Yanli Lu2026-07-24