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🧬 biology

A permutation-null artifact drives a conservation–divergence spectrum's signature trend, and phylogeny dominates a protein language model's per-position coupling signal

Este artículo demuestra que la tendencia negativa característica en el espectro de conservación-divergencia es en gran medida un artefacto de su modelo nulo de permutación y que las señales de acoplamiento por posición de los modelos de lenguaje de proteínas están impulsadas predominantemente por la filogenia en lugar de por mecanismos funcionales, estableciendo un marco riguroso para examinar modelos de caja negra frente a evidencia evolutiva independiente.

Huazhang Shen2026-09-01
🧬 biology

An Auditable Complexity Ladder for Mechanism-Level Experiments in Artificial Life

Este artículo introduce un protocolo de escalera de complejidad de once niveles y auditable para experimentos de mecanismos de vida artificial que asegura afirmaciones rigurosas y reproducibles mediante criterios de congelación prospectiva, retención de fallos, aislamiento de RNG seguro a nivel de byte y gradación explícita de evidencia, demostrado a través de un modelo de célula mínima mientras divulga transparentemente las limitaciones metodológicas y los errores analíticos pasados.

Huazhang Shen2026-09-01
🧬 biology

Emergence of collective criticality from future-anticipation maximisation

Este artículo propone que el principio de Maximización de la Anticipación del Futuro (FAM, por sus siglas en inglés), donde los individuos maximizan localmente la diversidad de los estados perceptivos futuros mediante la anticipación mutua, genera y mantiene espontáneamente dinámicas colectivas de tipo crítico y transiciones morfológicas en grupos de animales sin requerir un ajuste fino o reglas de alineación explícitas.

Takayuki Niizato2026-09-01
🧬 biology

Basal expression predicts context-specific drug responses only where they are reproducible: a leakage-safe 47-line LOCO benchmark on Tahoe-100M

Este benchmark pre-registrado y libre de filtraciones demuestra que la capacidad de la expresión del transcriptoma basal para predecir respuestas a fármacos específicas de cada contexto está fundamentalmente limitada por la baja reproducibilidad de la señal objetivo, emergiendo una predicción significativa solo para un pequeño subconjunto de fármacos donde la respuesta residual es suficientemente fiable.

Huazhang Shen2026-09-01
🧬 biology

HADIA-KB: Evidence-Preserving Digital Knowledge Infrastructure for Jharkhand’s Traditional Rice Beer

HADIA-KB es una infraestructura de conocimiento digital que preserva la evidencia, la cual agrega y mapea datos científicos y culturales fragmentados sobre la cerveza de arroz tradicional de Jharkhand en un grafo reproducible y con origen comprobable, destacando explícitamente las brechas de documentación y las variaciones regionales en lugar de consolidar diversas tradiciones en una única narrativa.

Mohammad Amir Khusru Amir2026-09-01✓ Author reviewed ⓘ
🧬 biology

GRP: A Representation-Aware Effective Geometry of Protein State Space

Este artículo introduce GRP, un marco inspirado en la relatividad general que modela los espacios de estados proteicos como variedades geométricas conscientes de las coordenadas para identificar invariantes estables que vinculan las representaciones de IA con las restricciones biológicas, demostrando que unos pocos modos dominantes capturan la mayor parte de la varianza conformacional y que las rutas biológicas estructuradas exhiben propiedades de transporte distintas en comparación con los modelos nulos.

Chuanyang Liu2026-09-01
🧬 biology

Chromosome-level genome of the white jade snail reveals conserved genomic architecture and functional divergence from wild Achatina fulica

Este estudio presenta el primer ensamblaje del genoma a nivel de cromosoma del caracol de jade blanco de cultivo, revelando su estrecha relación filogenética y sintenia conservada con el caracol gigante africano silvestre (*Achatina fulica*), al tiempo que destaca las divergencias funcionales en las vías metabólicas y de respuesta al estrés asociadas con la domesticación.

Hai Liu2026-09-01
🧬 biology

Illiosentis furcatus (Acanthocephala: Leptorhynchoididae): Morphological study, molecular characterization, and phylogenetic analysis justify reinstatement of Tegorhynchus cetratus

Este estudio combina el examen morfológico y el análisis filogenético molecular para demostrar que *Illiosentis cetratus* es genéticamente distinta de otras especies de *Illiosentis*, justificando así la reinstauración del género *Tegorhynchus* para esta especie.

Kaitlynn M. Stewart, Kristina M. Hill-Spanik, Eric J. McElroy, Isaure de Buron2026-09-01
🧬 biology

Dopaminergic Degeneration and GBA Mutation Status Predict Prior–Sensory Arbitration Disruption in Parkinson's Disease: A Multimodal Computational Framework

Este estudio computacional multimodal del conjunto de datos PPMI sugiere que las alucinaciones de la enfermedad de Parkinson surgen de una interrupción progresiva en el arbitraje entre la evidencia sensorial y las expectativas previas, caracterizada por una reducción de la sensibilidad sensorial y un aumento de las falsas alarmas impulsadas por el ruido que están fuertemente predichas por la degeneración dopaminérgica y el estado de mutación de GBA, a pesar de las limitaciones significativas para estimar con precisión el parámetro central de arbitraje a partir de datos conductuales de una sola visita.

Khanh-Dung Tran2026-09-01
🧬 biology

Intracavity Nuclear Elastography

Este artículo presenta la elastografía nuclear intracavidad, una plataforma de detección no lineal que integra células vivas en un láser de microcavidad para amplificar las diminutas deformaciones nucleares inducidas por ultrasonido mediante la dinámica de bifurcación, logrando una sensibilidad más de 120 veces superior a los métodos convencionales para el mapeo cuantitativo y no invasivo de la mecánica nuclear y el fenotipado celular multidimensional.

Chaoyang Gong, Zhonghao Li, Zhihan Cai, Guifeng Li, Guoquan Wang, Yue Zhao, Xi Yang, Yuan Gong, Hong Zhang, Yang Luo, Ta (…)2026-09-01