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La bioinformatique se situe à la croisée fascinante de la biologie et de l'informatique, où des données biologiques complexes sont transformées en connaissances actionnables grâce à des algorithmes puissants. Ce domaine permet aux chercheurs de décrypter le code de la vie, d'analyser des séquences génétiques massives et de modéliser des interactions moléculaires avec une précision inédite, accélérant ainsi les découvertes médicales et biologiques.
Sur Gist.Science, nous nous engageons à rendre ces travaux accessibles à tous. Chaque nouvelle prépublication soumise sur bioRxiv dans cette catégorie est traitée par nos soins, offrant à la fois un résumé technique détaillé pour les experts et une explication claire en langage courant pour le grand public.
Vous trouverez ci-dessous la sélection des dernières études parues dans ce domaine, prêtes à être explorées.
Cet article propose le Critère de Monophylie des Dupliqués (DMC), une méthode empirique calibrant le bruit dans les perturbations de matrices de distances pour estimer la fiabilité des phylogénies structurelles basées sur la distance en utilisant des taxons dupliqués virtuels comme contrôles internes.
Cette étude révèle que l'émergence et la persistance de lignées épidémiques d'Achromobacter ruhlandii, telles que la souche épidémique danoise, sont principalement facilitées par un transfert horizontal de gènes étendu, une résistance intrinsèque élevée et des traits d'adaptation à l'hôte comme l'acquisition accrue de fer.
Le papier présente Deconomix, une boîte à outils Python complète dotée d'une interface graphique, permettant de déconvoluer les données de transcriptomique en vrac pour inférer les compositions cellulaires, optimiser les poids géniques via l'apprentissage automatique, estimer les contributions de fond et déterminer la régulation génique spécifique aux types cellulaires.
Cet article présente un modèle d'apprentissage automatique capable d'inférer les principes des interactions non liées entre médicaments et récepteurs, permettant ainsi de prédire les interactions avec de nouvelles entités chimiques sans biais de mémorisation et comblant ainsi une lacune majeure dans la découverte de médicaments.
FlashDeconv est une nouvelle méthode de déconvolution spatiale qui, grâce à un échantillonnage par scores de levier et une régularisation spatiale, permet d'analyser à grande échelle des données Visium HD tout en révélant des microenvironnements cellulaires critiques invisibles aux approches classiques et en identifiant un horizon de résolution tissulaire spécifique.
L'article présente Col-Ovo, une solution d'intelligence artificielle accessible via smartphone qui permet un comptage rapide et automatisé des œufs de moustiques *Aedes* dans des conditions réelles de terrain, résolvant ainsi le goulot d'étranglement opérationnel des programmes de surveillance vectorielle.
Ce papier présente RiboPipe, un cadre efficace et léger conçu pour imputer avec précision la couverture ribosomique à résolution de codon des transcrits à faible couverture en optimisant conjointement la prédiction de la charge ribosomique et la modélisation locale, tout en démontrant que des représentations simples surpassent souvent les modèles de langage pré-entraînés.
Le papier présente MiCBuS, une nouvelle méthode qui exploite des données d'ARN-seq en vrac et partielles de cellules uniques pour générer des pseudo-bulks dirichlet et identifier ainsi des gènes marqueurs spécifiques à des types cellulaires inconnus que les approches traditionnelles ne peuvent pas détecter.
Cet article présente la création de la base de référence PPMDB v1, une ressource publique complète intégrant des données expérimentales et prédictives pour combler le manque d'outils d'annotation métabolomique non ciblée chez la souche modèle *Pseudomonas putida* KT2440.
Le papier présente PACMON, un modèle bayésien latent évolutif et interprétable qui intègre des données multi-omiques à grande échelle pour mapper les effets des perturbations sur des programmes biologiques de voies de signalisation connues.