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biophysics

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La biophysique explore la vie à l'échelle moléculaire en appliquant les lois de la physique pour comprendre comment fonctionnent les cellules, les protéines et l'ADN. Ce domaine fascinant révèle les mécanismes secrets qui régissent nos organismes, du battement d'un cœur au fonctionnement de notre cerveau, en passant par la façon dont les médicaments interagissent avec nos cellules.

Sur Gist.Science, nous sélectionnons rigoureusement chaque nouvelle prépublication de bioRxiv dans cette catégorie pour vous offrir un accès immédiat aux découvertes de pointe. Notre équipe transforme ces travaux complexes en résumés clairs en langage courant, tout en conservant des analyses techniques détaillées pour les chercheurs.

Découvrez ci-dessous les toutes dernières études en biophysique, prêtes à être explorées et comprises par tous.

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Binding Paths: Describing Small Molecule Interactions with Disordered Proteins via a Markov State Model

Cet article introduit un cadre basé sur les modèles d'états de Markov qui caractérise les interactions entre petites molécules et protéines désordonnées à travers des « chemins de liaison » dynamiques plutôt que des poches statiques, rationalisant ainsi les mécanismes de reconnaissance et identifiant des régions druggables afin de faciliter la découverte de médicaments pour des cibles auparavant intraitables.

Louet, A. A. B., Hummer, G., Vendruscolo, M.2026-02-09
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Early-Enrichment Hit Discovery via Reversible-Work c(t) Estimation in Metadynamics (CTMD)

Cet article introduit CTMD, un protocole de métadynamique rapide, fondé sur la physique et en libre accès, qui utilise l'estimateur de travail réversible c(t) pour parvenir à un enrichissement précoce robuste dans le criblage virtuel, comblant ainsi efficacement l'écart entre les méthodes approximatives de docking/IA et les calculs d'énergie libre coûteux, tout en évitant les artefacts de mémorisation et les biais d'ensembles d'entraînement observés dans les récentes approches de co-repliement par IA.

Adury, V. S. S., Tiwary, P., Gu, X., Shekhar, M.2026-02-08
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Unbend: Correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model

L'article présente « Unbend », une nouvelle fonctionnalité du logiciel cisTEM qui utilise un modèle de spline cubique 3D pour corriger le mouvement localisé de l'échantillon induit par le faisceau dans les images de cryo-EM, améliorant considérablement les taux de détection de particules et les rapports signal sur bruit à travers divers types de spécimens tout en introduisant une distorsion supplémentaire minimale.

Kong, L., Zottig, X., Elferich, J., Grigorieff, N.2026-02-07
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Structural basis for hydrolytic splicing of a circularly permuted group II intron

Cette étude présente des données biochimiques et des structures cryo-EM à haute résolution d'un intron de groupe II à permutation circulaire provenant de *Comamonas testosteroni* afin d'élucider la commutation mécanistique entre les voies d'épissage par ramification et par hydrolyse, révélant des réarrangements du site actif qui permettent la production d'ARN circulaire et offrant de nouvelles stratégies pour l'ingénierie thérapeutique.

Ling, X., Jinbiao, M., Chen, Z.2026-02-07
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Active Site Local Environment Allows Acidic and Basic Synergy in Enzymatic Ester Hydrolysis by PETase

Cet article révèle que l'enzyme PETase réalise une catalyse acide et basique synergique pour l'hydrolyse des esters grâce à l'environnement local de son site actif, lequel utilise une navette de protons pour la génération du nucléophile et des liaisons hydrogène pour la stabilisation de l'état de transition, suggérant ainsi des stratégies d'ingénierie protéique spécifiques pour améliorer sa réactivité de dégradation des plastiques.

Fan, J., Ha, Y.2026-02-05
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Droplet on Demand Tape Drive and XES Prototypes for Time-Resolved Serial Crystallography at VMXi, Diamond Light Source

Ce document présente des expériences de prototypage à la ligne de lumière VMXi de Diamond Light Source démontrant la faisabilité de la combinaison d'un système de livraison d'échantillons par entraînement de ruban à goutte à la demande avec la spectroscopie d'émission de rayons X (XES) pour la cristallographie sérielle résolue en temps sur un synchrotron de troisième génération, une méthodologie auparavant restreinte aux XFEL.

Aller, P., Sanchez-Weatherby, J., Telfer, A., Bosman, R., Devenish, N. E., Hinchliffe, P., Horrell, S., Ip, J., Littlewo (…)2026-02-04
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Going around phase defects: reliable phase mapping for realistic data

Cet article introduit une méthode améliorée de « cartographie de phase étendue » qui détecte et prend explicitement en compte les défauts de phase causés par des blocs de conduction ou des limites anatomiques, éliminant ainsi les fausses détections et fournissant une caractérisation plus fiable et physiologiquement cohérente des moteurs rotationnels dans les arythmies cardiaques à travers des ensembles de données simulées, expérimentales et cliniques.

Verstraeten, B., Lootens, S., Van Den Abeele, R., Van Nieuwenhuize, V., Okenov, A., Hendrickx, S., Santos bezzera, A., N (…)2026-02-04
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The monomeric conformational ensembles of Aβ40 and Aβ42 encode their differential amyloid aggregation propensity

À travers des simulations approfondies et des analyses avancées, cette étude démontre que la propension d'agrégation distincte de l'Aβ42 par rapport à l'Aβ40 est encodée au niveau du monomère par la propension plus élevée de l'Aβ42 à la structure β, ses conformations plus étendues et son exposition hydrophobe plus grande, particulièrement dans la région C-terminale.

Cadenelli, I., Ciccolo, A., Tagliabue, A., Rossi, G., Conti Nibali, V., Bochicchio, D.2026-02-02
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Lipid droplet isolation as a novel platform for spectroscopic investigation of cargo modifications

Cette étude utilise la spectroscopie Raman sans marquage de gouttelettes lipidiques isolées pour révéler un remodelage métabolique et une hétérogénéité lipidique distincts, spécifiques aux traitements, dans les cellules de Schwann normales par rapport aux cellules de MPNST malignes après un traitement au cannabidiol, à la radiothérapie ionisante et à leur combinaison, établissant ainsi une nouvelle plateforme pour l'étude des mécanismes de radiosensibilisation médiés par les lipides.

Chrabaszcz, K., Panek, A., Pogoda, K.2026-02-02