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La biophysique explore la vie à l'échelle moléculaire en appliquant les lois de la physique pour comprendre comment fonctionnent les cellules, les protéines et l'ADN. Ce domaine fascinant révèle les mécanismes secrets qui régissent nos organismes, du battement d'un cœur au fonctionnement de notre cerveau, en passant par la façon dont les médicaments interagissent avec nos cellules.
Sur Gist.Science, nous sélectionnons rigoureusement chaque nouvelle prépublication de bioRxiv dans cette catégorie pour vous offrir un accès immédiat aux découvertes de pointe. Notre équipe transforme ces travaux complexes en résumés clairs en langage courant, tout en conservant des analyses techniques détaillées pour les chercheurs.
Découvrez ci-dessous les toutes dernières études en biophysique, prêtes à être explorées et comprises par tous.
Cette étude présente un protocole de reconstitution de GRASP65 et GRASP55 myristoylés dans des membranes modèles, révélant que ces protéines influencent la dynamique membranaire, potentiellement via leur domaine SPR désordonné.
La fonction des frontières de la chromatine n'est pas régie par la seule occupation de CTCF, mais par un ensemble dynamique de conformations d'ADN modulables qui contrôlent de manière probabiliste la capture de la cohésine.
Ce document présente les avancées méthodologiques de la ligne de lumière LiX au NSLS-II, qui permet désormais de réaliser des expériences de diffraction de haute performance sur des tissus musculaires pour accélérer la recherche sur les protéines sarcomériques et les myopathies.
DynMoCo est un nouveau cadre d'apprentissage profond qui analyse les simulations de dynamique moléculaire en utilisant la détection de communautés sur des graphes évolutifs pour identifier et suivre les sous-structures modulaires et fonctionnelles des protéines.
Cet article introduit un cadre basé sur les modèles d'états de Markov qui caractérise les interactions entre petites molécules et protéines désordonnées à travers des « chemins de liaison » dynamiques plutôt que des poches statiques, rationalisant ainsi les mécanismes de reconnaissance et identifiant des régions druggables afin de faciliter la découverte de médicaments pour des cibles auparavant intraitables.
L'article présente ST-Analyzer, un outil open-source multiplateforme et gratuit qui fait le pont entre les interfaces en ligne de commande et graphiques afin de simplifier l'analyse reproductible des trajectoires de simulations de calcul haute performance pour les experts comme pour les non-experts.
Cet article introduit CTMD, un protocole de métadynamique rapide, fondé sur la physique et en libre accès, qui utilise l'estimateur de travail réversible c(t) pour parvenir à un enrichissement précoce robuste dans le criblage virtuel, comblant ainsi efficacement l'écart entre les méthodes approximatives de docking/IA et les calculs d'énergie libre coûteux, tout en évitant les artefacts de mémorisation et les biais d'ensembles d'entraînement observés dans les récentes approches de co-repliement par IA.
L'article présente « Unbend », une nouvelle fonctionnalité du logiciel cisTEM qui utilise un modèle de spline cubique 3D pour corriger le mouvement localisé de l'échantillon induit par le faisceau dans les images de cryo-EM, améliorant considérablement les taux de détection de particules et les rapports signal sur bruit à travers divers types de spécimens tout en introduisant une distorsion supplémentaire minimale.
Cette étude présente des données biochimiques et des structures cryo-EM à haute résolution d'un intron de groupe II à permutation circulaire provenant de *Comamonas testosteroni* afin d'élucider la commutation mécanistique entre les voies d'épissage par ramification et par hydrolyse, révélant des réarrangements du site actif qui permettent la production d'ARN circulaire et offrant de nouvelles stratégies pour l'ingénierie thérapeutique.
Cet article révèle que l'enzyme PETase réalise une catalyse acide et basique synergique pour l'hydrolyse des esters grâce à l'environnement local de son site actif, lequel utilise une navette de protons pour la génération du nucléophile et des liaisons hydrogène pour la stabilisation de l'état de transition, suggérant ainsi des stratégies d'ingénierie protéique spécifiques pour améliorer sa réactivité de dégradation des plastiques.