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🧬 biology

Unifying the statistical foundations of variant and methylation calling for enabling sequencing platform and calling scenario independence within Varlociraptor

Cet article présente un cadre statistique bayésien généralisé au sein de Varlociraptor qui unifie la détection des variants génétiques et des taux de méthylation à travers diverses plateformes de séquençage, permettant une analyse conjointe, plus précise et tenant compte de l'incertitude, des données génomiques et épigénomiques.

Adrian Dominic Prinz, Johannes Köster2026-09-04
🧬 biology

Predictive Neurobiomarker of Memory Performance Based on Hippocampus– Amygdala Gamma Activity During Encoding

Cette étude démontre qu'un neurobiomarqueur prédictif combinant la puissance spectrale et les caractéristiques de connectivité gamma moyen hippocampiques et amygdaliennes dérivées de l'EEG intracrânien lors de l'encodage peut estimer avec précision la performance de la mémoire ultérieure (R² = 0,8064), offrant ainsi une base potentielle pour des systèmes de réadaptation cognitive en temps réel.

Hyung-Tak Lee, Eun-Bi Cho, Soyeon Jun, June-Sic Kim, Chun-Kee Chung, Han-Jeong Hwang2026-09-04
🧬 biology

Vulnerability of terrestrial mammals hunted for human consumption

En utilisant un modèle phylogénétique basé sur les données de l'UICN pour plus de 5 000 espèces, cette étude identifie la masse corporelle et le niveau de strate de recherche de nourriture comme des prédicteurs clés de la vulnérabilité à la chasse chez les mammifères terrestres, révélant que plus de 450 espèces actuellement non chassées sont menacées et cartographiant les points chauds mondiaux pour guider la surveillance de la conservation future.

Michela Pacifici, Andrea Cristiano, Giordano Mancini, Martina Fernando, Marco Davoli2026-09-04
🧬 biology

Position-resolved k-mer analysis of mature microRNAs reveal widespread CG and UA depletion across taxa

Cette étude analyse près de 49 000 séquences de micro-ARN matures à travers 271 organismes pour révéler une organisation positionnelle généralisée et associée aux lignées, caractérisée par un appauvrissement significatif des dinucléotides CG et UA et un enrichissement en UG, suggérant des contraintes structurelles ou évolutives au-delà d'un simple biais mutationnel.

Chandhru Srinivasan, Mano Chitra Karthikeyan, Abirami Jayaprakash, Indhirakumar Murugesan, Vignesh Packiyaraj, Antony Jo (…)2026-09-04
🧬 biology

Effects of phytoplankton blooms on aquatic macroinvertebrate assemblages in a tropical karst lake

Cette étude sur la Lagoa Misteriosa révèle que, bien que les efflorescences phytoplanctoniques (WAB) et leur absence (AAB) influencent de manière significative l'association de taxons spécifiques de macroinvertébrés et de groupes trophiques fonctionnels avec des paramètres distincts de la qualité de l'eau, elles n'altèrent pas la structure globale de la communauté ni les indices écologiques.

Éverton Gustavo Miguel Neves, Anderson Ferreira2026-09-04
🧬 biology

Genome-wide identification of the PSK family and the association between SlPSK7 and auxin signaling in tomato

Cette étude identifie huit gènes de la famille PSK chez la tomate et démontre que SlPSK7 agit comme un régulateur positif de la signalisation de l'auxine lors de la nouaison en présentant des profils d'expression et des effets régulateurs sur les gènes ARF qui sont parallèles aux réponses à l'auxine.

Shaoli Zhang, Lu Xie, Yuanyuan Song, Haidong Li, Guiyun Wang, Pengcheng Yi, Shude Yang, Luying Zhu, Kai Pan2026-09-04
🧬 biology

DPP3-mediated Destabilization of SLC3A2 Promotes Ferroptosis and Restores Chemosensitivity in Gastric Cancer

Cette étude identifie la DPP3 comme un régulateur critique de la chimiosensibilité dans le cancer gastrique qui favorise la ferroptose et restaure l'efficacité thérapeutique en déstabilisant la SLC3A2 pour altérer l'absorption de la cystine et la synthèse du glutathion.

Lan Yu, Ting Wu, Xuan Feng, Zhu Xu, Hui Zhi, Xuanyao Yu, Ruiying Tong, Mao Jiang, Pengfei Zhang2026-09-04
🧬 biology

Astrocyte reactivity impairs lymphopoiesis through cholesterol-dependent mTOR suppression in common lymphoid progenitors

Cette étude révèle que la réactivité des astrocytes altère la lymphopoïèse de la moelle osseuse en induisant une accumulation de cholestérol dans les progéniteurs lymphoïdes communs, ce qui supprime la signalisation mTOR et entrave le développement des cellules B.

Fang Ni, Rui Zhao, Xian Song, Yakun Liu, Jing Du, Tingting Liang, Zhi Yang, Lili Qian, Mingming Zhu, Jiani Zheng, Xinru (…)2026-09-04
🧬 biology

Energy Availability, Not Stress Tolerance, Determines Archaeal Persistence in Extraterrestrial Habitats

Contrairement à l'hypothèse prédominante selon laquelle la tolérance au stress dicte la survie dans les environnements extraterrestres, une analyse génomique à grande échelle de 3 531 génomes d'archées révèle que la disponibilité de l'énergie, particulièrement la densité énergétique exploitable de la méthanogenèse, est le principal déterminant de la persistance des archées à travers les habitats du système solaire.

Ajay Vellanki2026-09-04
🧬 biology

Thousands of pathogenic variants in ClinVar show signs of incomplete loss-of-function

Cette étude démontre que, bien que des métriques spécifiques telles que LOFTEE, les scores pext et l'analyse NMD puissent aider à distinguer les variants pathogènes des variants bénins, des milliers de variants pathogènes connus dans ClinVar présentent des signes de perte de fonction incomplète, révélant des limites significatives à s'appuyer uniquement sur des règles de filtrage automatisées pour exclure de tels variants.

Tatyana E. Lazareva, Yury A. Barbitoff, Yulia A. Smirnova, Andrey S. Glotov2026-09-04