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Communication-space representation of multicellular tissue organization

L'article introduit CommuSpace, un cadre computationnel qui redéfinit l'organisation des tissus multicellulaires en projetant les cellules dans un espace de communication basé sur les interactions ligand-récepteur, révélant ainsi des « écosystèmes de communication » émergents en tant que couche fondamentale d'ordre supérieur de l'architecture tissulaire qui transcende les classifications traditionnelles de l'identité cellulaire et de la niche spatiale.

Hui-Sheng Li, Pai Peng, Yu-Ting Tan, Jia-Juan Tu, Xiao-Fei Zhang, Shou-Feng Shen, Luonan Chen2026-07-24
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Plant architecture reveals contrasting developmental strategies in two threatened West African timber species (Khaya senegalensisand Pterocarpus erinaceus): implications for conservation and sustainable forest management

Cette étude fournit la première caractérisation architecturale complète des espèces de bois d'Afrique de l'Ouest menacées, *Khaya senegalensis* et *Pterocarpus erinaceus*, révélant leurs modèles de développement distincts et leurs réponses plastiques aux gradients environnementaux afin d'établir une base scientifique pour optimiser leur conservation, leur reforestation et leur gestion durable.

Beda Innocent ADJI, Doffou Sélastique Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Marc Jaeger, Sylvie Annabel Sabatier, Jérôme Dumin (…)2026-07-24
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EEG-to-Report: An Annotation and Feature–Text Framework for Training Language Models on Clinical EEG

Le document présente EEG-to-Report, un cadre de travail basé sur un navigateur qui rationalise l'annotation clinique de l'EEG en intégrant l'ingestion de données multi-formats, la visualisation interactive et l'extraction automatisée de caractéristiques pour générer des paires caractéristiques-texte structurées destinées à l'entraînement de modèles de langage multimodaux et à la rédaction de rapports cliniques automatisés.

The Tran2026-07-24
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A Consensus Multifeature Deviation Index for Specific Detection of Locomotor Perturbation From Individualized-Baseline Wearable Inertial Signals

Cet article introduit le fardeau de perturbation de la marche (Gait Perturbation Burden, GPB), un indice multicritère de consensus non supervisé qui exploite des bases inertielles portables individualisées pour détecter spécifiquement les perturbations locomotrices avec un nombre de faux positifs significativement réduit lors de la marche normale par rapport aux méthodes à caractéristique unique ou basées uniquement sur l'amplitude.

Alex Kubiak, Farzad Haji Boloori, Jared Nichols2026-07-24
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Phylogeny-associated codon evolution and conditional boundary dinucleotide structure in Platycerium plastomes

Cette étude démontre que l'usage des codons synonymes dans les plastomes de *Platycerium* conserve des signaux phylogénétiques à travers les lignées géographiques tout en révélant un déficit conservé et évolutivement significatif de dinucléotides CpG aux limites des codons qui persiste malgré des contrôles stricts de la composition des séquences et des comptes de codons.

Jun-Wei Yang, Cheng-Hsun Lee, Hsuan-Wei Huang, Wei-Mei Hsieh, Su-Lan Hsu2026-07-24
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Human Precursor microRNA Terminal Loop Regions Exhibit Distinct Sequence Characteristics and Motif Enrichment

Cette étude fournit la première caractérisation complète des régions de la boucle terminale des pré-miARN humains, révélant des architectures de séquences distinctes définies par des distributions de longueurs spécifiques, des biais de nucléotides positionnels et des motifs enrichis qui pourraient influencer la biogenèse des miARN et les interactions protéiques.

Amit Cohen, Mario Alberto Burgos-Aceves, Yoav Smith2026-07-24✓ Author reviewed ⓘ
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Do Single-Cell Models Learn Real Biology? An Empirical Analysis of Physical Interaction Signal in Pretrained scGPT Gene Embeddings

Cette étude empirique démontre que les plongements de jetons de gènes préentraînés du modèle scGPT encodent intrinsèquement des structures physiques d'interaction protéine-protéine, comme en témoigne la similitude cosinus significativement plus élevée entre les paires de gènes interagissant par rapport aux contrôles non interagissants appariés à travers plusieurs bases de données.

Liu Chen2026-07-24
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Mechanistic Interpretability of Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of scGPT Gene-Embedding Geometry

Cet article démontre empiriquement que l'espace d'enchâssement statique des gènes-tokens du modèle de fondation scGPT encode des informations détectables, bien que modérées, sur les interactions protéine-protéine physiques connues, comme en témoignent des similitudes cosinus et des métriques de prédiction d'interaction significativement plus élevées pour les paires de gènes interagissant par rapport aux contrôles ne interagissant pas.

Liu Chen2026-07-24
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What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation

Une analyse empirique de données de séquençage d'ARN en cellule unique du pancréas humain démontre que, pour les types cellulaires abondants et canoniques, les modèles d'annotation de types cellulaires se généralisent de manière robuste entre les donneurs avec seulement de légères baisses de performance lorsqu'ils sont évalués via une méthode de type « leave-one-donor-out » par rapport à un fractionnement aléatoire, soulignant la nécessité d'énoncer explicitement la population et le champ technique lors de l'affirmation de connaissances extraites de données de cellule unique.

Liu Chen2026-07-24