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The Complex Geometry of Biological Knowledge in Artificial Intelligence: Manifolds, Spectra, and Concept Structure in Foundation-Model Representations

Cette étude révèle que si les modèles de langage protéiques encodent des informations biologiquement significatives qui sont linéairement décodables, ils manquent des variétés de faible dimension complexes, des structures spectrales multi-échelles et des géométries de concepts hiérarchiques présents dans les modèles de fondation de cellule unique, représentant plutôt la connaissance à travers un espace géométriquement simple et de haute dimension linéaire, façonné par la nature discrète et homologique des données de séquences.

Liu Chen2026-07-23

🧬 biology

Beyond histology: self‑organizing map-derived MASLD transcriptomic subtypes for patient stratification

Cette étude utilise l'analyse par carte auto-organisatrice de la transcriptomique hépatique à travers diverses cohortes indépendantes pour identifier cinq sous-types de MASLD distincts et indépendants de l'histologie, présentant des profils moléculaires et immuno-stromaux uniques, offrant ainsi un nouveau cadre pour la stratification des patients et les stratégies thérapeutiques ciblées.

Maria Ryaboshapkina, Sophie Gunnarsson, Anna Whatling, Ian Henry, Vian Azzu2026-07-23

🧬 biology

Development of a biomimetic hydrogel cervical spinal cord surrogate for transverse compression across loading rates

Cette étude démontre que les hydrogels à double réseau de polyacrylamide-alginate accordables, particulièrement ceux réticulés avec le CaCl₂, reproduisent avec succès le comportement de compression transversale non linéaire et dépendant du taux de la moelle épinière cervicale, offrant ainsi un substitut biomimétique viable pour la biomécanique des lésions et la simulation chirurgicale.

Paria Arjmandisarvestani, Nicholas Cunha, Parham Foroutan, Yue Hui, Ashish Diwan, Ryan David Quarrington2026-07-23

🧬 biology

Caffeine decreases the accuracy of low-level force output during incremental contraction

Dans un essai croisé, randomisé et en double aveugle impliquant 13 jeunes hommes sains, l'ingestion aiguë de caféine (6 mg/kg) s'est avérée altérer significativement la précision de la production de force à faible intensité lors de contractions incrémentielles par rapport à un placebo, suggérant qu'elle pourrait compromettre les compétences exigeant un contrôle fin de la force.

Teppei Matsumura, Kosuke Endo, Kento Dora, Takeshi Hashimoto2026-07-23

🧬 biology

Two axes of drug transcriptional response, and a mechanistic correlate that organizes them: a conservation–divergence audit of Tahoe-100M

Cette étude analyse l'atlas Tahoe-100M pour définir un système de coordonnées interprétable des réponses aux médicaments basé sur deux axes presque indépendants — la robustesse au contexte et l'émergence de la dose — et identifie la profondeur transcriptionnelle cible comme un corrélat mécanistique clé qui organise ces réponses, offrant ainsi un audit structurel des mécanismes des médicaments plutôt qu'un modèle prédictif.

Huazhang Shen2026-07-23

🧬 biology

Gene-resolved codon evolution and ordered CpG suppression in feline morbillivirus: implications for host adaptation and immune evasion

Cette étude révèle que le morbillivirus félin présente des environnements de codons spécifiques à chaque gène ainsi qu'une suppression omniprésente et ordonnée des dinucléotides CpG à travers son génome codant, suggérant un modèle évolutif multi-échelle où l'adaptation à l'hôte et les mécanismes potentiels d'évasion immunitaire façonnent conjointement l'architecture virale.

Jun-Wei Yang, Cheng-Hsun Lee, Hsuan-Wei Huang, Wei-Mei Hsieh, Su-Lan Hsu, Fang Hsu Lin, Han-Chia Chen, Kuan-Chien Yuan (…)2026-07-23

🧬 biology

Two-step process regulating the ciliary entrance of non-ciliary proteins: BBSome functions in the first step, upstream of the ciliary gate

Cette étude révèle que le BBSome régule la composition ciliaire en fonctionnant en amont de la porte ciliaire pour empêcher que des protéines non ciliaires ne soient chargées de manière erronée sur les trains de transport intraflagellaire, établissant ainsi un modèle à deux étapes de sélection et de filtrage du cargaison.

Oktay Kaplan, Sebiha Cevik, Ferhan Yenisert, Hanife Kantarci, Onur Cakici, Damla Pucak2026-07-23

🧬 biology

Production of Diagnostic Antibodies against exotoxin A of Pseudomonas aeruginosa., using Phage Display Technique

Cette étude rapporte la génération d'une bibliothèque de phages scFv humaine dérivée d'ARN de souris pour identifier des anticorps spécifiques contre l'exotoxine A de *Pseudomonas aeruginosa*, visant à développer des outils de diagnostic pour traiter les infections chez les patients immunodéprimés.

Doaa R. Zahran, Fatma R. Waly, Reda S. Salem, Mary S. Khali, Amir E. Tantawy2026-07-23

🧬 biology

AlphaFold Database expands to proteome-scale quaternary structures

Cet article décrit l'expansion de la base de données AlphaFold Protein Structure pour inclure 1,81 million de prédictions de complexes homo- et hétérodimériques à l'échelle du protéome et de haute confiance à travers 4 777 organismes, révélant de nouvelles topologies structurales et des assemblages anciens conservés qui étendent considérablement la couverture expérimentale existante afin de faciliter la découverte fonctionnelle.

Jennifer Fleming, Yewon Han, Maxim Tsenkov, Niccolò Venanzi, Sooyoung Cha, Nilkanth Pate, Sreenath Nair, Razan Abbara, D (…)2026-07-23

🧬 biology

Novel quadruple helical assembly of a Type V pilin in Porphyromonas gingivalis

Cette étude présente la structure atomique à haute résolution de la nouvelle piline de type V Ffp1 de *Porphyromonas gingivalis*, révélant un assemblage quadruple hélicoïdal unique et démontrant son rôle critique dans la production de vésicules de membrane externe et la formation de biofilm polymicrobien avec *Treponema denticola*.

Eric Reynolds, Dhana Gorasia, Nada Slakeski, May Gui, Yu_Yen Chen, Caroline Moore, Deanne Catmull, Paul Veith, Stuart Da (…)2026-07-22

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