🧬 biology

Segment-resolved codon usage and host-adaptation signals in piscine orthoreovirus 1

Cette étude établit une référence reproductible et segmentée pour l'usage des codons du réovirus orthoreovirus pisciforme 1, révélant une hétérogénéité significative à travers ses dix segments génomiques ainsi que des modèles distincts d'adaptation ou de décalage par rapport aux préférences de codage de l'hôte saumon.

Jun-Wei Yang, Cheng-Hsun Lee, Hsuan-Wei Huang, Lu-Te Chuang2026-07-22
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Optimization of two-step asymmetric PCR protocol to prepare single-strand DNA for aptamer screening

Cette étude optimise un protocole de PCR asymétrique en deux étapes pour le criblage d'aptamères en affinant systématiquement les conditions de la PCR symétrique et les paramètres asymétriques clés, identifiant finalement les ratios d'amorces, le nombre de cycles et les composants de la réaction comme des facteurs critiques pour améliorer le rendement et la pureté de l'ADN simple brin.

Huajie Gu, Jiaming Shen, Zihan Chen, Liling Hao2026-07-22
🧬 biology

Simulation-Based Evaluation of Clustering Performance and Allele Frequency Classification in Spatially Structured Populations

Cette étude évalue la performance de divers algorithmes de partitionnement basés sur des modèles et sur des graphes sous différentes conditions spatiales et de prétraitement afin de fournir des orientations pratiques pour inférer avec précision la structure de la population et les fréquences alléliques dans les ensembles de données génomiques.

Mael Guivarch, Emmanuelle Génin, Anthony Herzig, Aude Saint Pierre2026-07-22
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BEAM-1: A Biophysics-Informed Multiscale Mathematical Framework for CNS Pharmaceutical Permeability

Cet article présente BEAM-1, un cadre mathématique multi-échelle fondé sur la biophysique qui intègre les lois de Fick et d'Einstein-Stokes pour prédire et classer la perméabilité de la barrière hémato-encéphalique de 25 médicaments du SNC, identifiant avec succès la Lévodopa et le Témozolomide comme les plus perméables tout en offrant une alternative rentable aux tests in vitro traditionnels.

Nithik Uppara Allabanda2026-07-22
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Integrated Bioinformatics Characterization of the Hypothetical Protein RvY_05612 from Ramazzottius varieornatus

Cette étude emploie une approche bioinformatique intégrée pour caractériser la protéine hypothétique RvY_05612 de *Ramazzottius varieornatus*, l'identifiant comme une protéine basique de 98 acides aminés de la famille Sec61β, transmembranaire et localisée dans le réticulum endoplasmique, qui facilite probablement le transport intracellulaire des protéines.

Arifa Jahan Bithi, Mahatab Hasan Rahat2026-07-22
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Coordinated suppression of photosynthesis and nitrogen acquisition underlies Citrus bark cracking viroid stunting in hop

Cette étude révèle que le rabougrissement du houblon induit par le viroïde de l'écorce d'agrumes est piloté par une suppression persistante et coordonnée de la photosynthèse et de l'acquisition de l'azote qui débute au printemps et mène à une perte de biomasse irréversible, plutôt que par une réponse dominante de signalisation immunitaire.

Michael Hagemann, Swati Jagani, Ute Born, Jernej Jakše2026-07-22
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A Virtual Doctor for ADHD Based on Fully Automated EEG Reading

Cette étude introduit un « médecin virtuel » entièrement automatisé qui diagnostique le TDAH à partir d'enregistrements EEG standards à 128 canaux sans intervention d'expert en utilisant un pipeline d'apprentissage profond pour identifier des motifs neurophysiologiques diagnostiquement significatifs — spécifiquement dans la fenêtre de 150 à 300 ms — que les méthodes statistiques traditionnelles négligent, éliminant ainsi le goulot d'étranglement de l'expert humain dans l'interprétation de l'EEG.

Zhikai Yu, Zijian Zhou, Yaoyao Li, Changming Wang2026-07-22
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Machine learning-assisted SHG morphometry reveals distinct collagen microarchitectures of trabecular bone and fibrosis in bone marrow biopsies

Cette étude établit un flux de travail reproductible de microscopie SHG assistée par apprentissage automatique qui révèle des microarchitectures de collagène distinctes entre la fibrose et l'os trabéculaire dans les biopsies de moelle osseuse, démontrant que des stratégies d'annotation spécifiques sont critiques pour une analyse morphométrique quantitative précise du remodelage tissulaire.

Zakhar P. Asaulenko, Anton A. Egorchev, Dmitry A. Peshekhonov, Leniz F. Nurullin, Anastasiia melnikova, Alexander A. Ros (…)2026-07-22
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In Search of Manifolds Inside Protein Language Models: A Largely Negative Report

Cet article étudie systématiquement l'hypothèse de la variété dans les modèles de langage protéiques (pLM) en utilisant une batterie complète de diagnostics géométriques et topologiques, concluant qu'à la différence des modèles de fondation pour cellules uniques, les représentations des pLM sont principalement de haute dimension et linéaires plutôt qu'organisées autour de variétés de faible dimension.

Olivia Denvis2026-07-22