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🧬 biology

Hierarchically supervised computational pathology stratifies HER2 categories and ERBB2 amplification risk from routine H&E slides in breast cancer

L'article présente CHERISH, un cadre de pathologie computationnelle à supervision hiérarchique qui exploite des lames H&E de routine pour stratifier avec précision les catégories HER2 et prédire le risque d'amplification d'ERBB2 en intégrant la logique des tests cliniques dans son architecture, surmontant ainsi les limites des modèles conventionnels et réduisant la nécessité de tests de confirmation gourmands en ressources.

Xiaohua Zeng, Yansong Ba, Long Wang, Xiaomin Xiong, Xin Zhou, Qingming Jiang, Sihao Liu, Shanqi Li, Zhigang Pei, Tao Zha (…)2026-06-29
🧬 biology

Causal Responsibility Based Explainable AI for Vibrational Spectroscopy Applied to Cancer Diagnostics

Cet article présente Spec-ReX, une méthode d'IA explicable basée sur la responsabilité causale pour la spectroscopie vibrationnelle dans le diagnostic du cancer, et valide rigoureusement ses performances par rapport à d'autres techniques d'XAI à travers des ensembles de données in silico, in vitro et ex vivo afin de répondre au besoin critique de transparence dans la prise de décision clinique.

Nathan Blake, David Kelly, Sarah Kapllani-Mucaj, Rong Wang, Geraint Thomas, Hana Chockler2026-06-29
🧬 biology

Cohesin-mediated replication fork tethering enables fork slowing and reversal

Cette étude révèle que l'extrusion de boucles médiée par la cohésine amarre les fourches de réplication adjacentes pour favoriser leur ralentissement et leur inversion lors d'un stress de réplication en inhibant PRIMPOL, intégrant ainsi l'organisation du génome à la tolérance aux dommages de l'ADN pour protéger la stabilité génomique.

Massimo Lopes, Daniel González Acosta, Daniel Giménez-Llorente, Melani Rodrigues, Moses Aouami, Orhi Barroso-Gomila, Jav (…)2026-06-29
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The Artemis I mission reshaped seed amino acid composition and post-flight plant growth in a genotype-dependent manner

La mission Artemis I a induit des changements dépendants du génotype dans les profils d'acides aminés des graines et dans la croissance post-vol chez *Arabidopsis thaliana*, révélant que le métabolisme des acides aminés à chaîne ramifiée est un facteur critique influençant les réponses des plantes à l'exposition en espace profond.

Joanne E Thomson, Evan Angelos, Ramona Gaza, Dinah Dimapilis, Ye Zhang, Kamber Scott, James O’Keefe, Federica Brandizzi2026-06-29
🧬 biology

Genetic dissection of dynamic leaf area index variation in maize using UAV-based phenotyping and time-series genome-wide association studies

Cette étude établit un cadre robuste intégrant le phénotypage multispectral par UAV et les études d'association pangénomique en séries temporelles pour identifier les locus génétiques dynamiques et le gène candidat *Zm00001d048615* qui régulent l'indice de surface foliaire du maïs, offrant ainsi des cibles précieuses pour l'amélioration de l'architecture de la canopée et du rendement.

Xuyang Wang, Jiaojiao Ren, Penghao Wu2026-06-29
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Sustained transcription and permissive chromatin in murine spermiogenesis

Cette étude remet en question la vision de longue date selon laquelle la spermiogenèse implique un silençage transcriptionnel global en démontrant que le génome haploïde demeure transcriptionnellement actif et dynamiquement organisé tout au long de cette phase, nécessitant une redéfinition de la différenciation des spermatides tardives comme une période de spécialisation transcriptionnelle plutôt que d'arrêt.

Bing Li, Yimin Lao, Jingdong Xue, Yixuan Pan, Mengyuan Peng, Qi Zhang, Ming Yu, Lijuan He, Meiyang Liu, Mingqian Hu, Yuq (…)2026-06-29
🧬 biology

Daily symptom reports enable four-phase menstrual cycle tracking without wearables: Implications for equitable digital health

Cette étude démontre qu'un modèle d'apprentissage automatique hybride utilisant la variabilité quotidienne des symptômes auto-déclarés peut classer avec précision quatre phases du cycle menstruel sans capteurs portables, offrant ainsi une solution évolutive et équitable pour le suivi de la santé reproductive mondiale.

Bernhard Specht, Mohammad EL-Khozondar, Samaher Garbaya, Reinhard Schneider, Djamel Khadraoui, Zied Tayeb2026-06-29
🧬 biology

Efficient exploration of conformational ensembles via protein interaction-informed deep learning

Cet article introduit DynoM, un cadre d'apprentissage profond génératif entraîné sur des interactions de complexes protéiques qui surpasse de manière significative les modèles existants basés uniquement sur des monomères pour prédire des ensembles conformationnels précis et supprimer les hallucinations structurales en exploitant les contraintes physiques à longue portée inhérentes aux données de complexes.

Zilin Ren, Duo Liu, Qianyi Jia, Qiantong Jin, Yubin Liu, Chan Liu, Zhixiang Sui, Luyao Han, Yixiang Zhang, Xin Yang, Pin (…)2026-06-29
🧬 biology

Delayed downstream detection and persistence of fish eDNA in a low-flow stream: a field observation

Cette étude fournit des preuves de terrain indiquant que, dans les cours d'eau à faible débit, les signaux d'ADN environnemental de poissons présentent une apparition en aval différée et persistent pendant une certaine période après le retrait de l'organisme source, soulignant la nécessité de prendre en compte la dynamique de transport et la persistance temporelle lors de l'interprétation des données d'ADNe dans les écosystèmes lotiques.

KeonHee Kim, KyuJin Kim, JongWook Kim, JaeGoo Kim, Ji-Woong Choi, Min-Ho Jang2026-06-29