A novel lineage of Chilomastix mesnili in wild Moroccan Barbary macaques (Macaca sylvanus)
Cette étude identifie une nouvelle lignée de *Chilomastix mesnili*, géographiquement étendue, chez des macaques berbères sauvages du Maroc, qui est distincte de la souche humaine commune et étroitement liée à des isolats provenant de porcs et de macaques japonais, sur la base de l'analyse de séquences métagénomiques de l'ARNr 18S et de la reconstruction d'un opéron d'ADNr complet.
Article original sous licence CC BY 4.0 (https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/). Ceci est une explication générée par l'IA d'un preprint qui n'a pas été évalué par des pairs. Ce n'est pas un avis médical. Ne prenez pas de décisions de santé basées sur ce contenu. Lire la clause de non-responsabilité complète
Au plus profond des intestins des animaux, de l'homme au singe sauvage, vivent d'innombrables organismes unicellulaires microscopiques. Certains d'entre eux sont des parasites bien connus qui provoquent des maladies, mais beaucoup d'autres sont des résidents inoffensifs, vivant tranquillement aux côtés de leurs hôtes sans causer de tort ni de bénéfice. Les scientifiques tentent depuis longtemps de classer ces voisins invisibles en familles, en se basant souvent sur leur apparence sous un microscope. Cependant, cette approche peut être trompeuse. Deux organismes peuvent être identiques visuellement mais génétiquement distincts, ou ils peuvent paraître différents tout en étant étroitement apparentés. Pour obtenir une image fidèle de l'identité de ces organismes et de leur appartenance, les chercheurs se tournent désormais vers leur code génétique. En lisant l'ADN, les scientifiques peuvent retracer les arbres généalogiques de ces formes de vie microscopiques et déterminer si un parasite trouvé chez l'homme est le même que celui trouvé chez le singe, ou s'il s'agit en réalité d'espèces différentes qui se ressemblent simplement. Cette distinction est importante car elle nous aide à comprendre comment les maladies se propagent entre les animaux et les humains, et comment ces petites communautés s'adaptent aux environnements spécifiques de leurs hôtes.
Dans une étude récente, des chercheurs ont examiné le contenu intestinal de macaques de Barbarie sauvages vivant dans les montagnes du Maroc. Ces singes vivent souvent près des établissements humains et interagissent avec les touristes, créant une situation où des germes pourraient potentiellement sauter d'une espèce à l'autre. L'équipe a collecté des échantillons de selles de cinquante macaques différents et a utilisé une technique puissante appelée métagénomique par séquençage global (shotgun metagenomics) pour lire le matériel génétique présent dans les déjections. Au lieu de chercher des gènes spécifiques un par un, cette méthode lit tout ce qui se trouve dans l'échantillon, permettant aux chercheurs de trouver les signatures génétiques de n'importe quel organisme présent. Parmi les millions de fragments génétiques analysés, ils ont trouvé onze séquences correspondant à un groupe d'organismes microscopiques appelés Chilomastix. Ce sont des créatures unicellulaires qui vivent dans l'intestin de nombreux animaux différents. Bien qu'une espèce, Chilomastix mesnili, soit couramment trouvée chez l'homme et soit généralement considérée comme inoffensive, les scientifiques ne savaient pas avec certitude si les versions trouvées chez d'autres animaux étaient les mêmes ou différentes.
Lorsque les chercheurs ont comparé les séquences génétiques provenant des macaques du Maroc à celles provenant des humains et d'autres animaux, ils ont découvert une différence claire. Les séquences des macaques formaient leur propre groupe familial distinct, séparé de la souche humaine commune trouvée en Indonésie. Ce nouveau groupe comprenait également une séquence provenant d'un porc et deux séquences de macaques japonais, suggérant que cette lignée spécifique de Chilomastix est partagée entre différentes espèces de mammifères et n'est pas limitée à un seul hôte. Les chercheurs ont nommé ce groupe un nouveau sous-type pour refléter son identité génétique unique. Cette découverte remet en question l'idée que le Chilomastix trouvé chez l'homme est le même que celui trouvé chez les singes sauvages, indiquant que ces organismes ont évolué en lignées distinctes adaptées à leurs hôtes spécifiques, même s'ils se ressemblent.
Au-delà de l'identification de la nouvelle lignée, l'équipe a accompli quelque chose de plus ambitieux : elle a reconstruit l'intégralité du plan génétique de l'ADN ribosomal pour ce groupe spécifique. Chez la plupart des organismes, les gènes qui composent le ribosome, la machine cellulaire de fabrication des protéines, sont disposés en une boucle répétitive. Les chercheurs ont réussi à reconstituer l'intégralité de cette boucle à partir des échantillons de macaques, un exploit qui n'avait jamais été réalisé auparavant pour ce type d'organisme. Ils ont découvert que la structure génétique comprenait des sections de gènes standards séparées par des régions d'espacement, et notamment, l'un des grands gènes contenait un segment interne spécifique, connu sous le nom d'intron, qui mesure 788 paires de bases de long. Cette carte génétique détaillée offre une vision bien plus claire de la biologie de l'organisme que les études précédentes, qui n'avaient examiné que de petits fragments d'ADN.
L'étude a également mis en évidence la complexité de l'identification de ces organismes. Alors que la plupart des séquences des macaques s'intégraient parfaitement dans le nouveau groupe familial, un échantillon semblait très différent, avec des segments génétiques plus courts et une structure qui ne correspondait pas bien aux autres. Les chercheurs ont noté que cet échantillon atypique pourrait représenter une espèce différente, encore non identifiée, car il ne correspondait à aucune donnée génétique connue dans les bases de données publiques. Cela suggère qu'il reste encore beaucoup à apprendre sur la diversité de ces résidents microscopiques. En combinant l'analyse génétique avec des échantillons d'animaux sauvages, les chercheurs ont montré que ce qui était autrefois considéré comme un organisme unique et répandu est en réalité une collection de lignées distinctes. Ce travail souligne l'importance de regarder au-delà de l'apparence et d'utiliser des outils génétiques pour comprendre les véritables relations entre la vie microscopique qui partage notre monde avec nous.
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