388 पेपर
यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि रासायनिक मैपिंग डेटा पर प्रशिक्षित एक RNet फाउंडेशन मॉडल द्वारा निर्देशित डीप लर्निंग उपकरण, आरएनए (RNA) के सटीक द्वितीयक संरचनाओं और सुव्यवस्थित 3D फोल्ड्स के साथ डे नोवो (de novo) आरएनए स्यूडोनॉट्स (pseudoknots) को सफलतापूर्वक डिजाइन कर सकते हैं, जो सामान्य आरएनए 3D संरचना भविष्यवाणी की समस्या के पूर्व समाधानों की आवश्यकता के बिना, एक एटरना (Eterna) प्रतियोगिता में मानव प्रदर्शन के बराबर है।
यह शोध पत्र क्रायो-ईएम (cryoEM) पुनर्निर्माणों में प्रिफर्ड-ओरिएंटेशन (preferred-orientation) आर्टिफैक्ट्स को कम करने के लिए दो पूरक वर्कफ़्लो: मैप एनिसोट्रॉपी सुधार (map anisotropy correction) और पार्टिकल मिसअलाइनमेंट सुधार (particle misalignment correction) के माध्यम से ओपन-सोर्स, सेल्फ-सुपरवाइज्ड डीप-लर्निंग टूल spIsoNet का उपयोग करने के लिए एक व्यावहारिक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है।
यह शोध पत्र cryoGO को प्रस्तुत करता है, जो EM ग्रिड्स पर सीधे कोशिकाओं को खोलने की एक सरल और स्केलेबल यांत्रिक विधि है, जो न्यूनतम नमूना मात्रा का उपयोग करके विविध अंतर्जात मैक्रोमोलेक्यूल्स के उनके मूल कोशिकीय वातावरण में उच्च-रिज़ॉल्यूशन, समय-समाधान संरचनात्मक प्रोफाइलिंग को सक्षम बनाता है।
सह-विकास (coevolution) और मशीन लर्निंग का लाभ उठाकर एक अनुक्रम-स्वतंत्र सामूहिक चर (sequence-independent collective variable) प्राप्त करने के माध्यम से, यह अध्ययन क्लास A GPCR सक्रियण के लिए एक एकीकृत, विकासवादी रूप से संरक्षित तंत्र स्थापित करता है जो विविध परिवार के सदस्यों, जिनमें अनाथ रिसेप्टर्स (orphan receptors) भी शामिल हैं, में संरचनात्मक संक्रमणों और लिगैंड प्रभावों के पूर्वानुमान को सक्षम बनाता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि MM-GBSA बाइंडिंग फ्री एनर्जी गणनाओं में विघटित ऊर्जा पद स्वतंत्र होने के बजाय अत्यधिक कोलीनियर (सह-रैखिक) हैं, जो यह प्रकट करता है कि पृथक्करणीयता की पारंपरिक धारणाएं अमान्य हैं और अधिक सुदृढ़ भविष्य कहनेवाला मॉडलिंग के लिए सहसंबद्ध पदों को प्रभावी ध्रुवीय, गैर-ध्रुवीय और एंट्रॉपी योगदानों में संयोजित करने का आग्रह करता है।
यह अध्ययन एपो (apo), एगोनिस्ट-बाउंड और एंटागोनिस्ट-बाउंड अवस्थाओं में हेटेरोमेरिक GluK2/GluK5 कायनेट रिसेप्टर्स की क्रायो-ईएम (cryo-EM) संरचनाएं प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि होमोमर्स की तुलना में हेटेरोटेट्रामर्स में कम कन्फर्मेशनल डायनामिक्स (conformational dynamics) होती है और यह प्रदर्शित करता है कि रिसेप्टर को पोर-ऑक्लूडेड (pore-occluded) कन्फर्मेशन में लॉक करने के लिए GluK2 को लक्षित करने की तुलना में UBP310 के साथ GluK5 सबयूनिट को लक्षित करना अधिक प्रभावी है।
यह शोध पत्र एक 3D यांत्रिक रूप से अनुकूल विस्कोइलास्टिक सेल-नेटवर्क मॉडल प्रस्तुत करता है जो विविक्त एकल-कोशिका अंतःक्रियाओं और कनेक्शन पुनर्निर्माण को उभरते ऊतक-स्तर के रियोलॉजी से जोड़ता है, और प्रयोगात्मक माइक्रोपिपेट एस्पिरेशन और संपीड़न परीक्षणों के विरुद्ध स्वर्लिंग (swirling) और जैमिंग (jamming) जैसी जटिल घटनाओं को पुनरुत्पादित करने की अपनी क्षमता को सफलतापूर्वक प्रमाणित करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि ओलिगोपेप्टाइड्स में स्टीरियोकेमिकल संशोधन, टायरोसिन-आधारित अनुक्रमों में एरोमैटिक साइड-चेन स्टैकिंग और एलेनिन-आधारित अनुक्रमों में माध्यमिक संरचनात्मक विन्यासों को बदलकर इलेक्ट्रॉन परिवहन को महत्वपूर्ण रूप से नियंत्रित करते हैं, जो पेप्टाइड-आधारित इलेक्ट्रॉनिक सामग्रियों को डिजाइन करने के लिए नए मार्ग प्रदान करते हैं।
यह शोध पत्र एक एकीकृत वैचारिक ढांचे और जैव-भौतिक मॉडल का प्रस्ताव करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि कैसे ज्यामितीय प्रभाव, समानांतर प्रवर्धन और संसाधन-साझाकरण ध्रुवीकरण तंत्र सामूहिक रूप से उन विशिष्ट माइक्रोट्यूब्यूल अभिविन्यासों को स्थापित करते हैं जो विकसित होते न्यूरॉन्स में एक्सोन-डेंड्राइट विभेदन को परिभाषित करते हैं।
लेखकों ने अपनी पांडुलिपि वापस ले ली है क्योंकि बेहतर टू-कलर MINFLUX प्रयोगों ने kinesin-1 के लिए उनके प्रारंभिक "Chasse-Inchworm" स्टेपिंग मैकेनिज्म के दावे को गलत सिद्ध करते हुए यह स्पष्ट किया कि मोटर वास्तव में 8-नैनोमीटर स्टेप्स के साथ व्यापक रूप से स्वीकृत हैंड-ओवर-हैंड मैकेनिज्म का पालन करती है।