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यह शोध पत्र MILK प्रस्तुत करता है, जो एक स्केलेबल कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क है जो विशाल सिंगल-सेल जीनोमिक डेटासेट को एकीकृत पदानुक्रमित वृक्ष (hierarchical tree) निरूपणों में व्यवस्थित करता है ताकि कुशल सबसैंपलिंग को सक्षम बनाया जा सके, मल्टी-रेज़ोल्यूशन सेलुलर संबंधों को संरक्षित किया जा सके, और ऊतकों, विकासात्मक चरणों और प्रजातियों के बीच एकीकृत विश्लेषण को सुगम बनाया जा सके।
मक्का जेनेटिक्स एंड जीनोमिक्स डेटाबेस (MaizeGDB) ने एक नए पैनजीनोम व्यूअर के साथ JBrowse2 को एकीकृत करके अपनी विश्लेषणात्मक क्षमताओं को बढ़ाया है, जो मक्का में संरचनात्मक विविधताओं और कृषि संबंधी लक्षणों के सटीक लक्षण वर्णन की सुविधा के लिए रैखिक और ग्राफ-आधारित पैनजीनोम दोनों के इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन को सक्षम बनाता है।
जीवित *S. pombe* कोशिकाओं में एक कॉपर-प्रेरित डीएनए मिथाइलट्रांसफेरेज प्रणाली का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि यूक्रोमैटिन और हेटरोक्रोमैटिन दोनों इन विवो (in vivo) वैश्विक रूप से सुलभ हैं, जो यह प्रकट करता है कि H3K9 मिथाइलेशन और HP1/Swi6 प्रणाली डीएनए की सुलभता को सीमित नहीं करती है और अलग किए गए नाभिकों (nuclei) में देखी गई अपहुंच (inaccessibility) एक जैविक दमनकारी तंत्र के बजाय घने न्यूक्लियोसोम अंतराल का एक आर्टिफैक्ट (artifact) है।
यह पायलट अध्ययन प्रकट करता है कि एक ही क्लोनल चालिस कोरल कॉलोनी के भीतर विशिष्ट रंग परिवर्तन आनुवंशिक अंतरों के बजाय, क्षेत्र-विशिष्ट रूप से विशिष्ट फ्लोरोसेंट प्रोटीन ट्रांसक्रिप्ट और फोटोकन्वर्टिबल EosFP-फैमिली प्रोटीन के अप-रेगुलेशन द्वारा संचालित होते हैं।
यह अध्ययन यह प्रकट करने के लिए कि कैसे पूरक जीनोमिक पुनर्गठन, प्राचीन अंतःप्रवेश (इंट्रोग्रेशन), और संतुलित एलीलिक अभिव्यक्ति विशिष्ट पैतृक लक्षणों को समन्वित कर हेटरोसिसिस (heterosis) को संचालित करते हैं, अत्यधिक विषमयुग्मजी (heterozygous) F1 हाइब्रिड ऑयल पाम जीनोम को पूर्ण हैप्लोटाइप्स में हल करता है।
यह अध्ययन *Blumeria graminis* f. sp. *avenae* का पहला गुणसूत्र-स्तर का जीनोम असेंबली प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि इसकी मेजबान विशिष्टता बड़े पैमाने पर जीनोम पुनर्गठन के बजाय ट्रांसपोसेबल एलीमेंट-समृद्ध, संरचनात्मक रूप से गतिशील जीनोमिक क्षेत्रों के भीतर रोगजनकता जीन के स्थानीयकृत विविधीकरण द्वारा संचालित होती है।
यह अध्ययन गेहूं के सुधार के लिए एक मजबूत जीनोमिक ढांचा प्रदान करने हेतु, पैकबायओ हाईफाई (PacBio HiFi) और हाई-सी (Hi-C) अनुक्रमण का उपयोग करके निर्मित, सूखा-सहनशील और स्टेम रस्ट-प्रतिरोधी एलोटेट्राप्लोइड गेहूं के जंगली संबंधी *एजिलोप्स पेरेग्रिना* (Aegilops peregrina) (PI 604178) का एक उच्च-गुणवत्ता वाला, सबजीनोम-रिज़ॉल्व्ड, क्रोमोसोम-स्केल संदर्भ जीनोम असेंबली प्रस्तुत करता है।
240 प्लेसेंटल स्तनधारियों में एपिजेनोमिक्स और एआई को एकीकृत करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि न्यूरोडीजेनेरेटिव भेद्यता को चलाने वाले कोशिका-प्रकार-विशिष्ट उम्र बढ़ने के कार्यक्रम दीर्घायु प्रजातियों में विशिष्ट चयनात्मक दबावों के अधीन हैं, जो उम्र बढ़ने के एक एकल मास्टर रेगुलेटर की धारणा को चुनौती देते हैं।
यह अध्ययन चार यूरोपीय व्हाइट ओक प्रजातियों (*Quercus robur*, *Q. petraea*, *Q. pubescens*, और *Q. frainetto*) के लिए उच्च-गुणवत्ता वाले, हैप्लोटाइप-रिज़ॉल्व्ड क्रोमोसोम-स्तरीय जीनोम असेंबली और एनोटेशन प्रस्तुत करता है, जो इस पारिस्थितिक और आर्थिक रूप से महत्वपूर्ण समूह के भीतर तुलनात्मक विश्लेषणों, पैनजीनोम निर्माण और विकासवादी अध्ययनों को आगे बढ़ाने के लिए एक मानकीकृत जीनोमिक ढांचा प्रदान करता है।
यह अध्ययन 18 स्ट्रेप्टोमाइसेस (Streptomyces) टाइप स्ट्रेन के लिए उच्च-गुणवत्ता वाले जीनोम असेंबली प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि फाइटोपैथोजेनिक (पादप रोगजनक) प्रजातियों के पास बड़े जीनोम होते हैं जो चयापचय जीन से समृद्ध होते हैं, महत्वपूर्ण क्रोमोसोमल पुनर्व्यवस्था प्रदर्शित करते हैं, और रोगजनकता के लिए संरक्षित प्लास्मिड पर निर्भर नहीं होते हैं, जिससे पादप रोग तंत्र को समझने के लिए एक महत्वपूर्ण संसाधन प्राप्त होता है।