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🧬 biology

Single-Cell Foundation Models in Biotechnology: A Scoping Review and Bibliometric Analysis of Multimodal AI for Cell-State, Perturbation, and Biomarker Prediction

Questa revisione sistematica e analisi bibliometrica di 1.042 studi rivela che, sebbene i modelli di fondazione single-cell stiano espandendosi rapidamente nel settore biotecnologico, il campo soffre di una riproducibilità inconsistente, di una scarsa rigorosità nei benchmark e di una mancanza di risorse aperte, con semplici baseline che spesso si dimostrano competitive rispetto ad architetture complesse.

Behin Omidi, Mohammmad Mahdi Hemati Aalm, Arshia Farmahini Farahani, Amir Reza Hassan Poor Barkadehi2026-06-30
🧬 biology

Identification of Differentially Expressed Genes Related to UFMylation Modifications in Periodontitis: Integrated Insights from Transcriptomics and Clinical Experiments

Questo studio integra l'analisi trascrittomica, l'apprendimento automatico e la validazione clinica per identificare C4A, GANAB e TUBA4A come biomarcatori diagnostici chiave legati alla UFMilazione per la parodontite, elucidando i loro ruoli nelle vie immunitarie e metaboliche e proponendo potenziali bersagli terapeutici.

Changqing Mu, Juan Liu, Kaining Liu, Xiaofeng Huang2026-06-30
🧬 biology

Timing of menstrual cups to prevent transition from optimal to not optimal vaginal microbiome community state type: Results from a 6.5-year prospective observational cohort

In uno studio di coorte prospettico di 6,5 anni condotto su studentesse delle scuole secondarie keniote, l'uso della coppetta mestruale ha ridotto significativamente il rischio di transizione da un microbioma vaginale ottimale a dominanza di *L. crispatus* verso uno stato non ottimale, suggerendo che fornire le coppette prima del debutto sessuale sia cruciale per mantenere la salute vaginale.

Supriya Mehta2026-06-30
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Ethnicity-Stratified Inflammatory Phenotyping Using GMM Clustering and XGBoost Regression: A Cross-Ethnicity Nearest-Neighbour Framework for Precision CRP Estimation in NHANES 2017–2023

Questo studio utilizza un framework di machine learning a due stadi che combina il clustering GMM e la regressione XGBoost sui dati NHANES 2017–2023 per rivelare che le risposte della proteina C-reattiva (CRP) guidate dai macronutrienti variano significativamente per fenotipo metabolico ed etnia, evidenziando un "Paradosso della Resilienza alle Fibre" nelle popolazioni afroamericane non ispaniche e raccomandando un approccio di nutrizione di precisione stratificato.

Anshul Iyer, Vania Sharma2026-06-30
🧬 biology

EEG Signal Variance as a Biomarker for Ictal State Classification: Subject-Level Validation of a Random Forest Classifier using the University of Bonn Dataset

Questo studio dimostra che la varianza del segnale EEG è un biomarcatore robusto per distinguere gli stati ictal e valida il fatto che un classificatore Random Forest, addestrato sul dataset dell'Università di Bonn con una rigorosa partizione dei dati a livello di soggetto per prevenire il leakage, raggiunge un'elevata accuratezza (96,2%) e sensibilità (98,3%) nel rilevamento delle crisi epilettiche.

Md. Ahasanul Al Hasib Ayon2026-06-30
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Differential Signaling in Adaptive Immunity: Deciphering the Mechanism to Identify the Physical and Evolutionary Bases of Non‑Self

Questo articolo propone un quadro meccanofisico che identifica lo spostamento meccanico differenziale come la variabile fondamentale che consente ai recettori immunitari adattivi di discriminare il sé dal non-sé misurando deviazioni brusche nei campi di forza fisica a risoluzione di amminoacido, unificando così il riconoscimento umorale e cellulare attraverso una cascata decisionale progressiva che risolve i paradossi di lunga data nella specificità immunitaria.

Yasir Arafat Maassoom2026-06-30
🧬 biology

Fungal diversity in forest's soil: Moderate-term post-thinning effect of a Mediterranean mature Pinus halepensis forest.

Uno studio di una foresta mediterranea di *Pinus halepensis* in Israele rivela che, mentre un diradamento moderato riduce leggermente la diversità fungina totale, la rimozione completa degli alberi altera significativamente le caratteristiche del suolo e sposta le comunità fungine da specie simbionti associate al pino a taxa saprotrofi e patogeni tipici di aree non forestali.

Segula Masaphy, Noam Levi, Limor Zabari, Ezra Orlofsky2026-06-30
🧬 biology

A multi-omics dataset of the developing zebrafish intestine: longitudinal transcriptomic and microbiome profiles in wild-type and IgZ knockout models

Questo studio presenta un dataset multi-omico che integra profili trascrittomici e del microbioma longitudinali da zebrafish wild-type e knockout per IgZ, al fine di elucidare il ruolo dello sviluppo di IgZ nella regolazione dell'immunità intestinale e dell'omeostasi microbica.

Raktakamol Pharrat, Xuyang Zhao, Zhengben Wu, Congran Bei, Yongyao Yu2026-06-30
🧬 biology

Optimization of the 5' untranslated region and codon of the mRNA vaccines

Questo studio dimostra che l'ottimizzazione sistematica della regione 5' non tradotta e dell'uso dei codoni dei vaccini a mRNA aumenta significativamente i livelli di espressione proteica e la stabilità, una strategia validata attraverso il successo del design e del test di vaccini per la proteina F del virus respiratorio sinciziale (RSV).

Qiuji Wang, Xiaorong Peng, Yaqian Zeng, Xindeng Guo, Weineng Meng, Ning Deng2026-06-30
🧬 biology

Integrative single-cell and bulk transcriptomic analysis with Shennong machine learning reveals the landscape of calmodulin associated prognostic genes in breast cancer

Questo studio integra analisi trascrizionali single-cell e bulk con l'apprendimento automatico di Shennong per identificare una firma prognostica della calmodulinina a otto geni nel carcinoma mammario, rivelando la sua associazione con la dinamica delle cellule epiteliali, specifici percorsi di segnalazione e potenziali bersagli terapeutici.

Jian Chen, Wenhui Lai, Can Yang2026-06-30