🧬 biologia

Molecular investigation of coronavirus and Leptospira spp. in bats (Chiroptera, Mammalia) from Brazil

Questo studio ha condotto una sorveglianza molecolare per i coronavirus e per le specie di *Leptospira* in pipistrelli non ematofagi nel nord-ovest di San Paolo, Brasile, tra il 2019 e il 2024, non riscontrando prove di questi patogeni nei tessuti campionati, pur sottolineando la necessità di un monitoraggio più ampio e standardizzato per tener conto dei limiti del campionamento.

Raquel Cuba Gaspar, Benedito Donizete Menozzi, Anna Luisa Pizzaia Henrique, Gismelli Cristiane Angeluci, Nycolas Octavio (…)2026-08-06
🧬 biologia

A Weighted PRS for Ischemic Heart Disease: Candidate-Gene Associations and an Evaluation of Epistasis and Machine-Learning Approaches

Questo studio caso-controllo pakistano identifica associazioni significative tra specifici geni candidati e la cardiopatia ischemica, dimostrando che un semplice punteggio di rischio poligenico pesato stratifica efficacemente il rischio, rivelando al contempo che la ponderazione epistatica e i classificatori di machine learning non offrono alcun valore aggiunto a causa dei limiti del disegno dello studio piuttosto che per un vero segnale genetico.

Anam Ijaz, sara aslam, NA Shabana2026-08-06
🧬 biologia

Strain-Specific Reduction of Ndel1 Enzymatic Activity During Early Zika Virus Infection in the Neonatal Brain

Questo studio dimostra che l'infezione precoce da virus Zika nel cervello neonatale riduce specificamente l'attività enzimatica di Ndel1 in modo dipendente dal ceppo, con il lignaggio brasiliano che causa una significativa soppressione post-trascrizionale di questo critico enzima neuronale, mentre il lignaggio africano e il virus della dengue non lo fanno, collegando così questa disfunzione molecolare al peculiare deterioramento neuroevolutivo associato al ceppo brasiliano.

Mirian A. F. Hayashi2026-08-06
🧬 biologia

ProtSyntax: a protein large language model for decoding post-translational modification syntax and function

ProtSyntax è un modello linguistico proteico da 4 miliardi di parametri che supera i limiti del trattamento delle modificazioni post-traduzionali (PTM) come etichette indipendenti, integrando la chimica dei residui, l'ordine dei motivi e il contesto 3D per prevedere accuratamente i siti di PTM, modellare il crosstalk e decodificare le loro conseguenze funzionali attraverso diverse applicazioni biologiche.

Yiyu Lin, Jiahui Wu, You Zhou, Xinye Ni, Shan Chang, Jun Ding, Yan Wang, Xin Gao, Sen Yang2026-08-06
🧬 biologia

MicroRNAs Associated with Disease-Stage Progression in Diabetic Retinopathy and Macular Edema: A Bioinformatic Reanalysis of Public Transcriptomic Data

Questa rianalisi bioinformatica di dati trascrittomici retinici umani pubblici identifica un set specifico di microRNA differenzialmente espressi che convergono sulle vie della regolazione immunitaria e del metabolismo mitocondriale, offrendo plausibili candidati regolatori per la progressione della retinopatia diabetica e potenziali spunti sulla resistenza all'anti-VEGF nell'edema maculare diabetico.

Luis Jesuino de Oliveira Andrade, Gabriela Correia Matos de Oliveira, Caroline Santos França, Alcina Maria Vinhaes Bitte (…)2026-08-06
🧬 biologia

Gut microbiota and pancreatic cancer risk: A hypothesis-generating two-step Mendelian randomization study with cross-ancestry validation

Questo studio di randomizzazione mendeliana a due fasi con validazione trans-ancestrale fornisce prove genetiche che specifici microbioti intestinali sono causalmente associati a una riduzione del rischio di cancro al pancreas, potenzialmente mediata da vie correlate a IL-6, sebbene i risultati rimangano esplorativi in attesa di conferma funzionale.

Weiwei Wang, Chengjia Tang, Xu Feng, Lili Wang, Wenke Li, Yongshuang Lv2026-08-06
🧬 biologia

Large-scale cerebellar-cerebral network alterations underlying impaired social predictive processing in cerebellar neurodegeneration

Questo studio dimostra che la neurodegenerazione cerebellare compromette l'elaborazione predittiva sociale, in particolare nei giudizi sui tratti della personalità, interrompendo la connettività funzionale cerebello-cerebrale (specificamente tra il lobulo VIII e il putamen), il che conduce a un'eccessiva dipendenza dai segnali contestuali e a un fallimento nell'aggiornare il comportamento quando le aspettative sociali vengono violate.

Libera Siciliano, Nicole Urbini, Giusy Olivito, Michelle Pisu, Martina Tanieli, Andrea Ciricugno, Viola Oldrati, Federic (…)2026-08-06
🧬 biologia

Meta-analysis of Human Serum DIA proteome: Combining Datasets for AI Analysis

Questo studio dimostra che la combinazione di dataset proteomici DIA del siero umano provenienti da repository pubblici per la meta-analisi guidata dall'IA è attualmente impraticabile a causa di persistenti e forti effetti batch che generano falsi correlati e positivi, suggerendo che tali dataset dovrebbero invece essere analizzati individualmente.

Kerry Ramsbottom, Andrew Collins, Ananth Prakash, Yasset Perez Riverol, Eric W. Deutsch, Juan Antonio Vizcaíno, Andrew R (…)2026-08-06
🧬 biologia

Rotation, rescaling, or replacement? Decomposing organ adaptation in single-cell transformer representations

Sfruttando tre checkpoint di scGPT con architetture identiche ma diversi corpora di pre-addestramento, questo studio dimostra che l'adattamento specifico per organo nei transformer single-cell è minimo e concentrato in specifici strati di attenzione piuttosto che in trasformazioni geometriche globali, suggerendo che i modelli addestrati su meno di dieci milioni di cellule conservano ampiamente il proprio rumore di inizializzazione e che i checkpoint generali sono superiori per estrarre algoritmi biologici.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biologia

Spectral universality in single-cell foundation models: a low-dimensional shared core carries the biology

Nonostante le significative differenze architettoniche e di parametri, i modelli fondazionali single-cell condividono un nucleo a bassa dimensionalità piccolo, robusto e biologicamente interpretabile che supera i loro singoli embedding completi nei compiti di recupero funzionale, rivelando che la maggior parte della loro capacità rappresentativa è privata e biologicamente inerte.

Liu Chen2026-08-06