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Generative design of programmable asymmetric β-barrel nanopores
本論文は、従来の均一なルーメン構造や専門家に依存した設計手法の限界を克服し、イオンセンシングやDNA転位といった寸法と機能性を調整可能な、プログラマブルな非対称-バレルナノポアの設計に成功した迅速な生成AI手法を提示する。
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biochemistry
338 件の論文
生命の仕組みを分子レベルで解き明かすのが生化学です。DNA やタンパク質といった目に見えない小さな分子が、どのように互いに働き合い、私たちが呼吸したり考えたりする生命活動を支えているのか。この分野は、そのような生命の根源的なメカニズムを研究する領域です。
Gist.Science では、生化学に関連する最新の論文を bioRxiv から収集し、専門家の目を通じて整理しています。掲載されている全てのプレプリントに対し、専門用語を噛み砕いた平易な要約と、技術的な詳細を網羅した解説の両方を提供し、誰でも最新の知見にアクセスできるようにしています。
以下に、生化学の分野で bioRxiv から公開された最新の論文リストを掲載します。
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Loss of the Central Region Reshapes the Dynamic Landscape of the Cellular Prion Protein and Its Plasma Membrane Interaction
分子動力学シミュレーションは、細胞性プリオンタンパク質の中央領域の欠失が、安定化に寄与する分子内相互作用を崩壊させ、それによってN末端ドメインが伸長したコンフォメーションをとり、形質膜への近接性を高めることを明らかにしており、これがこの変異に関連する神経毒性のメカニズム的な説明となっている。
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Novel Binding Partners of the Vacuolar Transporter Chaperone (VTC) complex in Acidocalcisomes of Leishmania tarentolae
Leishmania tarentolae における近接依存性ビオチン化（BioID）を用いて、本研究は酸カルシソーム内の VTC 複合体と共局在し相互作用する 3 つの新たな VTC 結合パートナーを同定し、それによってオルガネラのインタラクトームを拡大するとともに、キネトプラスト原虫におけるリン酸恒常性と構造的調節の新たなメカニズムを示唆する。
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Direct Injection NanoHILIC/MS/MS Proteomics from Reversed-Phase StageTip Eluate
本論文は、可溶化ペプチドの直接注入を可能にすることにより逆相溶出液とナノHILIC/MS/MS の間の溶媒不整合を解消する StageTip ベースのワークフローである DiReCT を導入し、それによって低入力サンプルにおけるタンパク質およびペプチドの同定感度を著しく向上させるものである。
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Near-Zero Missed Cleavages with a High-Fidelity Recombinant Arg-C Zero for Mass Spectrometry-Based Proteomics
本論文は、ポルフィロモナス・ジンギバリスに由来し、ほぼゼロのミスクリエーションと多様な条件下での堅牢な性能を達成する高忠実度組換えアルギニルエンドペプチダーゼであるArg-C Zeroを導入し、ヒストンの翻訳後修飾のマッピングや不安定なADP-リボシル化部位の保持といった特定の用途においてトリプシンに代わる優れた代替手段を提供する。
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A cell type-resolved proteomic atlas of the human body
本研究は、健康な女性ドナーからDeep Visual Proteomicsによって生成された、ヒトの細胞タイプ分解型プロテオームアトラスを初めて提示するものであり、27 種類の細胞タイプにわたる数千のタンパク質を定量化して普遍的なコアと特化されたプログラムを明らかにし、新たな癌胎児抗原を同定するとともに、単一細胞分解能における RNA とタンパク質の発現量を比較するための基盤的リソースを提供する。
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Functional partitioning of lipoic acid decouples cellular abundance from mitochondrial utilization
本研究は、哺乳類細胞内にリポ酸が遊離型とタンパク質結合型の明確なプールとして存在することを明らかにし、ミトコンドリアの利用が細胞内存在量ではなくタンパク質のリポイル化のためのミトコンドリア脂肪酸合成経路に依存することを示すことで、原発性疾患におけるミトコンドリア機能の回復に対するリポ酸サプリメントの有効性に疑問を呈している。
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Cells Engage Endogenous Malonate Synthesis to Drive Mitochondrial Metabolism
本研究は、細胞がACC1を介してマロネートを能動的に合成し、ミトコンドリアにおける脂肪酸合成を駆動し、酸化的リン酸化を支援することを明らかにし、マロネートが複合体II阻害剤としてのみならず、調節された内生代謝中間体として機能することを示している。
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Development of a Vibrio natriegens-based plate-clearing assay for rapid screening of PET-hydrolyzing enzymes
本研究は、PET 加水分解酵素のスクリーニングに用いる迅速かつスケーラブルなプレートクリアアッセイを*Vibrio natriegens*を用いて確立し、高活性な*Fusarium solani pisi*クチナーゼ変異体を同定してその有用性を実証するとともに、ライブラリスクリーニングにおいて 25% のヒット率を達成した。
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A quantitative proteomics dataset for assessment and prediction of low dose X-ray radiation exposure in mice.
本論文は、さまざまな線量、線量率、および時間点のX線放射線に曝露されたマウス皮膚サンプルから得られた2つの包括的な定量プロテオミクスデータセットを提示し、放射線被曝の推定のためのバイオマーカーの発見および機械学習モデルの開発を促進する高品質なデータを提供する。