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Stepwise DNA unwinding gates TnpB genome-editing activity
本研究は、TnpBの限定的なゲノム編集活性が、安定したオープン状態への非効率なDNA巻き戻しに起因することを明らかにし、最適化された変異体（Ymu1-WFR）が、特定の巻き戻し中間体を安定化させることで、in vitroでの切断能および植物ゲノム編集能の両方を向上させることを実証している。
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biochemistry
282 件の論文
生命の仕組みを分子レベルで解き明かすのが生化学です。DNA やタンパク質といった目に見えない小さな分子が、どのように互いに働き合い、私たちが呼吸したり考えたりする生命活動を支えているのか。この分野は、そのような生命の根源的なメカニズムを研究する領域です。
Gist.Science では、生化学に関連する最新の論文を bioRxiv から収集し、専門家の目を通じて整理しています。掲載されている全てのプレプリントに対し、専門用語を噛み砕いた平易な要約と、技術的な詳細を網羅した解説の両方を提供し、誰でも最新の知見にアクセスできるようにしています。
以下に、生化学の分野で bioRxiv から公開された最新の論文リストを掲載します。
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Covalent remodeling of CRBN creates a non-canonical neosubstrate interface with NTAQ1
本研究は、分子接着型分解薬EM12-FSがセレブロン（CRBN）のHis353において共有結合的に再構築を行い、ネオ基質であるNTAQ1の選択的なリクルートと分解を可能にする新規かつ非標準的なインターフェースを形成することで、部位特異的な合成修飾を通じた誘導近接薬理学の範囲を拡大することを実証している。
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Structural basis for the unexpected activity of rifamycin B against rifampicin-resistant RNA polymerase
本研究は、リファマイシンBがリファンピシン耐性RNAポリメラーゼを阻害する構造的基盤を明らかにし、その特異的なC-4 O-カルボキシメチル基が、一般的な耐性変異を回避する形で酵素との安定的な塩橋を形成することを示しており、それによって合理的な抗生物質設計のための新たな標的を特定している。
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From biofilms to birth: Quantitative murburn rationale for hydrated polymer-centred biological transduction, coherence, and evolution of complex life
本論文は、murburnフレームワークと定量的モデリングを用い、バイオフィルムから誕生に至るまでの水和した細胞外ポリマー相が、酸素利用を可能にしながら生物学的コヒーレンスを維持し、複雑な生命プロセスを促進するために、確率的な拡散性反応種を制御する、進化的に保存された相分離マトリックスとして機能することを実証するものである。
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Amino Acids in the RSSY Motif of Lipoyl Synthase Control Substrate Binding and Reactivity
本研究は、リポイル合成酵素の保存されたRSSYモチーフ内のArg306およびSer308残基が、基質結合および触媒反応性に極めて重要であることを示しており、特にS308C変異は、通常のリポイル補因子ではなく、高スピンのモノチオール化中間体および不飽和副産物を生成するように補助クラスターの運命を変化させる。
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Hybrid quantum-classical de novo design of MHC-binding peptides
本研究は、フォトニック量子プロセッサからの潜在ベクトルを生成敵対ネットワークの構造化された事前分布として活用することで、MHC結合ペプチドのデノボ設計において、イン・シリコ予測およびイン・ビトロ実験の両方によって検証された通り、特に研究が進んでいないアレルに対して、収率の向上とより広範な配列探索を実現した、初のエンドツーエンドのハイブリッド量子・古典パイプラインを提示するものである。
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Transposon end recognition and pairing by I-F3 CRISPR-associated transposase
本研究は、クライオ電子顕微鏡解析を通じて、I-F3 CRISPR関連トランスポザーゼによる非対称なトランスポゾン末端認識およびペアリングの構造的およびメカニズム的な基盤を解明し、高忠実度な転位に不可欠な新規のタンパク質間界面を明らかにするとともに、遺伝子治療ツールのエンジニアリングに向けた知見を提供するものである。
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Cell-type-resolved spatial proteogenomics from matched genome and proteome of the same cells
本論文は、フロースルーからゲノムDNAを、チップからペプチドを回収する改良された抽出ワークフローをディープ・ビジュアル・プロテオミクスと組み合わせることで、アーカイブされたFFPE組織から得られる一致したゲノムおよびプロテオームデータの細胞型解明された空間的プロテオゲノム解析を可能にする、新しい手法を紹介するものである。
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Coated Bacterial Enzymes: A one-step approach for enzymatic purification and immobilization
本研究は、SlpAドメイン融合を介して組換え酵素の一段階での精製および固定化を実現する、Coated Bacterial Enzymes（CBEs）と呼ばれる新規かつ費用対効果の高いプラットフォームを提示しており、これにより、遊離酵素と比較して安定性が向上し、より広いpH耐性と優れた陽イオン耐性を備えたバイオカタリストが得られる。
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Intralysosomal Amyloidogenesis and Proximity Labeling by Cathepsin C
本研究は、カテプシンCがリソソーム損傷因子であるLLOMeをアミロイド線維へと転換させ、膜の破裂に際して、その内因性のジペプチジルリガーゼ活性を利用することで、リソソーム内における初の完全な内因性かつ非エンジニアリングによるプロキシミティ・ラベリングを実行し、それによってリソソーム摂動の新たなメカニズムとリソソーム生物学を研究するための新規ツールを明らかにすることを解明している。