Structure and Mechanism of a Two-component Lanthipeptide Toxin
本研究は、真核細胞および細菌細胞の両方の細胞膜を破壊するために2つのサブユニットが秩序だった管状集合体を形成する仕組みを明らかにする初の高分解能クライオ電子顕微鏡構造を提示することにより、腸球菌サイトリシン毒素の作用機序を解明した。
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biochemistry
238 件の論文
生命の仕組みを分子レベルで解き明かすのが生化学です。DNA やタンパク質といった目に見えない小さな分子が、どのように互いに働き合い、私たちが呼吸したり考えたりする生命活動を支えているのか。この分野は、そのような生命の根源的なメカニズムを研究する領域です。
Gist.Science では、生化学に関連する最新の論文を bioRxiv から収集し、専門家の目を通じて整理しています。掲載されている全てのプレプリントに対し、専門用語を噛み砕いた平易な要約と、技術的な詳細を網羅した解説の両方を提供し、誰でも最新の知見にアクセスできるようにしています。
以下に、生化学の分野で bioRxiv から公開された最新の論文リストを掲載します。
FragDockRL: A Reinforcement Learning Method for Fragment-Based Ligand Design via Building Block Assembly and Tethered Docking
本論文は、構築ブロックの組み立てとテザードドッキングを組み合わせ、合成的に制約された化学空間を効率的に探索し、特定のタンパク質ターゲットに対して高スコアかつ構造的に多様なリガンド候補を優先する強化学習フレームワークであるFragDockRLを導入する。
A closely related pair of superoxide dismutase isozymes from Staphylococcus aureus show distinct stabilities and proton-exchange dynamics
この研究は、*Staphylococcus aureus* におけるネオ機能化された金属可変性スーパーオキシドディスムターゼ（camSOD）が、祖先的なマンガン依存性対照と比較して、より高い構造的安定性と、より大きく交換抵抗性の高いコアを進化させたことを明らかにし、酵素の分岐中に異なる生化学的特性が急速かつ同時的に進化的変化を遂げたことを示している。
Label-Free Determination of Chondroitin Sulphate from Microgram Quantities of Human Milk
本研究は、わずか 25 µL の母乳からコンドロイチン硫酸二糖を定量可能な高感度かつラベルフリーのワークフローを確立し、これにより新生児の回収サンプルなどのマイクログラム規模の試料からの GAG プロファイリングを可能にするために、従来の体積制限を克服した。
Divergent CRD-Dependent Mechanisms Govern RAS Isoform-Selective Recruitment of CRAF and ARAF
本研究は、CRAF および ARAF における RAS のリクルートと RAF の自己抑制の解除を媒介するシステインリッチドメイン（CRD）が、どのように分岐したアイソフォーム特異的メカニズムを仲介するかを解明し、MAP キナーゼ経路の活性化を支配する生物物理学的原理と KRAS 標的治療薬の影響に関する新たな知見を提供する。
Elucidation of the anti-inflammatory mechanism of isoliquiritigenin from Glycyrrhiza uralensis using activity-based protein profiling
本研究は、甘草（*Glycyrrhiza uralensis*）由来のイソリキリチゲニンが、その-不飽和カルボニル基を介してリポカリン型プロスタグランジン D2 合成酵素（L-PGDS）を共有結合的に阻害し、それによってプロスタグランジン D2 の産生およびインターロイキン -6 の発現を抑制することを示すことにより、イソリキリチゲニンの抗炎症メカニズムを解明した。
Stable isotope-assisted computational mass spectrometry reveals root-specific alkaloids in Glycyrrhiza species
安定同位体支援型計算質量分析と13C 標識甘草組織における分子ネットワークを統合することで、研究者らはこの植物の根特異的代謝物を特徴づけ、新たなホモピペコール酸結合型フラボノイドアルカロイドを発見し、その構造を同定するとともに特異的な生合成経路を提案した。
The turn less taken: Investigating patterns in β-turn dynamics using large-scale molecular dynamics data
本研究は mdCATH データベースからの大規模な分子動力学データを解析することにより、新たに同定されたハイブリッド I/I' 中間体を含む 6 種類の-ターンを分類し、特定のアミノ酸配列と隣接する構造的文脈がどのように協調してそれらのコンフォメーションダイナミクスと柔軟性を支配するかを明らかにする。
Hydrophobic pocket engineering of arylmalonate decarboxylase expands its substrate scope towards the synthesis of the (R)-enantiomers of sterically hindered carboxylic acids
アリルマロネートデカルボキシラーゼ（AMDase）の疎水性ポケットを設計変更することにより、研究者たちは、立体障害のあるα-アリルおよびα-アルケニルカルボン酸の（R）-エナンチオマーをきわめて高いエナンチオ純度で合成できるように、その基質範囲を拡大することに成功した。
More than an attachment module: covalent inhibitor warheads influence BTK dynamics and function.
本研究は、BTK 阻害剤における共有結合性ウォーヘッドの化学的性質、具体的には 2-ブチンアミドとアクリルアミドとの比較が、単なる不活性な結合基として機能するのではなく、タンパク質のコンフォメーションダイナミクスとシグナル伝達効率を能動的に調節し、それによって阻害剤の性能および潜在的な耐性メカニズムに影響を及ぼすことを明らかにした。