💻 bioinformatics
BLOSUM Is All You Learn - Generative Antibody Models Reflect Evolutionary Priors
本研究は、生成モデルの対数尤度と抗体結合親和性との間の相関関係は、これらのモデルが進化的な事前分布を暗黙的に学習しており、既知の親結合体に対して計算された単純なBLOSUM類似性スコアと同等の性能を発揮することに起因することを示している。
💻 Category
bioinformatics
1018 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 bioinformatics
Extracting host-specific developmental signatures from longitudinal microbiome data
本論文は、標準的なCPモデルの限界を克服し、縦断的なマイクロバイオームデータにおける被験者固有の経時的変動を明示的に捉えることで、これまで見過ごされてきた再現可能かつ個別化された発達シグネチャーの発見を可能にする、新規のPARAFAC2ベースの解析フレームワークを導入するものである。
💻 bioinformatics
SWARM: A Single-Molecule Workflow for High-Precision Profiling of RNA Modifications
本論文は、ナノポアシーケンシングにおける高い偽陽性率を克服することで単一分子RNA修飾プロファイリングの精度を大幅に向上させ、それによって新規の修飾部位の発見を可能にし、既存のエピトランスクリプトームの協調モデルに異を唱えつつシュードウリジン沈着に関する新たな知見を明らかにする、AIベースのフレームワークであるSWARMを導入するものである。
💻 bioinformatics
Generating minimum-density minimizers
本論文では、総当たり探索や整数線形計画法の限界を克服することで、大きなウィンドウサイズに対して最小密度マイナイザー（minimizer）を計算する効率的なアルゴリズムであるOptMiniを導入し、同時にマイナイザー密度とユニバーサル・ヒッティングセットとの関係に関する新たな知見を提供する。
💻 bioinformatics
AniAnn's: alignment-free annotation of tandem repeat arrays using fast average nucleotide identity estimates
本論文は、AniAnnを紹介するものであり、これは、既存の手法と比較して実行時間を大幅に短縮しつつ、高速な平均塩基同一性推定を活用することで、多様な真核生物ゲノムにおけるタンデムリピート配列およびサテライトDNAの大きなブロックを迅速かつ正確にアノテーションを行う、オープンソースのアライメントフリーなアルゴリズムである。
💻 bioinformatics
GLYCAM Bacterial Carbohydrate Builder: a web-tool for modelling 3D structures of bacterial glycans
本論文では、細菌の単糖パラメータおよびその誘導体を統合することで、複雑な細菌性糖鎖の直感的な3D構造モデルおよび分子動力学入力ファイルの生成を容易にする強化されたウェブツールである、GLYCAM Bacterial Carbohydrate Builderを紹介する。
💻 bioinformatics
LocAlign: Local Protein Structural Alignment with Geometric Deep Learning
LocAlignは、リガンド結合ペアを用いた弱教師あり学習を通じて、原子レベルの対応関係と3D重ね合わせを反復的に予測することにより、正解となるアライメントを必要とせずに多様なタンパク質フォールド間で機能的モチーフを効果的に特定することを可能にする、局所的なタンパク質構造アライメントのための幾何学的ディープラーニングフレームワークである。
💻 bioinformatics
RLBWT-Based LCP Computation in Compressed Space for Terabase-Scale Pangenome Analysis
本論文は、反復性の高いデータセットに対して、RLBWTに基づく圧縮された全文インデックスを構築し、LCP関連の情報を最適なO(n)の時間およびO(r)の空間で計算する新しいアルゴリズムを提示しており、テラベース規模のパンゲノム解析において、従来の手法と比較してピークメモリ使用量を12.6倍削減することに成功している。
💻 bioinformatics
From Atoms to Fragments: A Coarse Representation for Efficient and Functional Protein Design
本論文は、進化的に保存された40種類の断片からなる精選されたアルファベットに基づき、クラスタリング、データベース検索、および機能的なタンパク質バックボーン生成の誘導において従来の配列および構造に基づく手法を凌駕する、スケーラブルで解釈可能かつ効率的なタンパク質表現を導入するものである。
💻 bioinformatics
Unexpected XIST Expression in Male Hearts Associates with Disease
本研究は、希少な神経細胞またはグリア細胞において、雌特異的なlncRNAであるXISTが、雄の心臓内で前例のない形で内因的に発現していることを明らかにしており、そこでのその発現上昇は心疾患および心筋梗塞と関連していることから、心臓病理における新たな、作用可能な非コードRNA経路を示唆している。