tensorOmics: Data integration for longitudinal omics data using tensor factorisation
本論文は、時系列のマルチオミクスデータの多次元構造を保持したまま、単一または複数のオミクス層にわたる分子応答の動的な変化やグループ間の差異を統合的に解析できる、テンソル分解を用いた新しい計算フレームワーク「tensorOmics」を提案しています。
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bioinformatics
1250 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Spatiotemporal cell type deconvolution leveraging tissue structure
SpaDecoderは、適応的な3D近傍ガウスカーネルを用いて組織の3次元構造や時間的変化を効果的に活用することで、単一細胞解像度の参照データに基づいた高精度なスポット単位の細胞型デコンボリューションを実現する手法です。
miRXplain: explainable isomiR-aware microRNA target prediction using CLIP-L experiments and hybrid attention transformers
本論文は、CLIP-L実験データとハイブリッド・アテンション・トランスフォーマーを活用することで、従来のモデルよりも軽量かつ高精度に、アイソミR（isomiR）の配列変異を考慮したマイクロRNAと標的mRNAの相互作用を予測・解釈できる新手法「miRXplain」を開発した研究です。
Taxonomy-aware, disorder-matched benchmarking of phase-separating protein predictors
本論文は、相分離タンパク質予測モデルの評価において、分類群（タクソノミー）や天然変性領域（IDR）の組成によるバイアスを排除した新しいベンチマーク手法を提案し、既存モデルの真の性能や課題を明らかにしたものです。
Prediction of Antibody Non-Specificity using Protein Language Models and Biophysical Parameters
本研究は、タンパク質言語モデル（PLM）による配列埋め込みと生物物理学的パラメータを用いた2つの手法により、抗体の非特異的結合を予測する手法を開発し、特に重鎖領域の解析や等電点の重要性を明らかにすることで、抗体医薬の開発における有用性を示したものです。
Cigarette smoke induces colon cancer by regulating the gut microbiota and related metabolites
本研究は、喫煙が腸内細菌叢の乱れと代謝の変化、および腫瘍抑制遺伝子（特にCPT2）の抑制を引き起こすことで大腸がんの発症を促進することを明らかにしました。
A global survey of System Biology-based predictions of gene-rare disease associations to enhance new diagnoses
この論文は、希少疾患の診断精度を向上させるため、既存の遺伝子・疾患知識をネットワーク解析を用いてグローバルな視点で統合し、新たな遺伝子と疾患の関連性を予測するスコアリング手法を提案しています。
PlantMDCS: A code-free, modular toolkit for rapid deployment of plant multi-omics databases
PlantMDCSは、プログラミング不要で植物のマルチオミクスデータの構築から統合解析・可視化までをローカル環境で迅速かつ安全に行える、モジュール式のデータベース構築・解析プラットフォームです。
Adaptive and Spandrel-like Constraints at Functional Sites in Protein Folds
本論文は、タンパク質の構造安定性に悪影響を与える局所的なフラストレーション（エネルギー的な不整合）が、進化的に保存されていることを明らかにし、それらが物理的制約から生じる「スパンドル（副産物）」として機能部位に存在し、後に進化によって機能へと転用されている可能性を提案しています。
Siderophore identification in microorganisms associated with marine sponges by LC-HRMS and a data analytic approach in R.
本研究は、LC-HRMSとR言語を用いたデータ解析ワークフローを活用することで、従来の培養法に頼らずに海綿動物の微生物叢から多様なシデロフォアを同定・特定する、文化独立的な解析手法を提示しています。