💻 bioinformatics
From topography to connectome: Towards an integrated understanding of the resting brain
本研究は、個々の脳のトポグラフィーマップを機能的コネクトームへと正常に変換するディープラーニングモデルを導入しており、それによって空間的組織化とネットワーク連結性の間の直接的な関連性を確立し、多様なrsfMRI研究の視点を統合するものである。
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bioinformatics
1012 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
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TRACEY: an updated resource for SNARE protein domain annotation with improved HMMs and expanded sequence coverage
本論文は、約19,000の精査された配列からなる大幅に拡張された非冗長なデータセットを取り入れることで、SNAREタンパク質ドメインのアノテーションを大幅に改善したTRACEYリソースの更新版を紹介しており、これにより、分岐した、あるいは系統特異的なパラログをより正確に検出するための強化されたHMMプロファイルと再設計されたウェブインターフェースを生成している。
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Fasting Status and Epigenetic Clock Stability: Implications for Aging Research
本研究は、急性断食が免疫細胞の再分布によって駆動される特定のエピジェネティック・クロック（特にPCベースおよびSystemsAge変異体）に小さく系統的なシフトを誘発する一方で、死亡率学習型クロックは安定したままであることを示しており、これは時計の信頼性が文脈依存的であり、標準的なICC指標を超えた摂動特異的な評価を必要とすることを浮き彫りにしている。
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CLASPP: A unified model for predicting post-translational modifications
本論文は、対照学習、階層的なデータキュレーション、およびマルチステージの学習戦略を通じて、データの不均衡という課題を克服し、様々な生物種における予測精度を向上させる、多様な翻訳後修飾を予測するための統一モデルであるCLASPPを導入する。
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BacteReason: A Reasoning Model for Antimicrobial Resistance Prediction
BacteReasonは、知識に基づいた教師モデルを活用することで、細菌の抗生物質感受性を予測し、そのメカニズムに基づく根拠を提示するファインチューニングされた大規模言語モデルであり、ベースラインのアプローチと比較して予測精度を大幅に向上させている。
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GLOF: A large-scale expert-curated benchmark dataset of gain-of-function and loss-of-function missense variants
本論文は、変異のメカニズムを予測するための計算手法の開発および評価を促進するために、約3,000個のヒト遺伝子にわたる112,000件以上のミスセンス変異を含む、専門家によって精査された大規模なベンチマークデータセットであるGLOFを紹介するものである。
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VelocityFM: Short-Horizon Protein Trajectory Prediction via Flow Matching in Velocity Space
VelocityFMは、速度空間における修正型フローマッチングを利用することで、未知のタンパク質に対して幾何学的に妥当で衝突がなく、かつフォールドを保持した動的なコンフォメーションを生成する、新しい短期間ホライゾン・タンパク質軌道予測器であり、中央値0.929のTMスコアによる高い構造精度を実現しています。
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A Web-based software toolkit for accessible and best-practice machine learning analyses in biomedical research
本論文は、生物医学研究者が、ベストプラクティスを遵守しながら、多様なデータ型にわたって厳密で再現可能かつアクセシブルな教師あり機械学習分析を実行することを可能にする、Galaxyワークベンチ上に構築されたウェブベースのコードフリーなソフトウェアツールキットであるGLEAMを紹介するものである。
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Using protein language models for pangenome construction
本論文は、タンパク質言語モデルの埋め込み表現と高度なクラスタリングを活用することで、実験的に検証されたデータセットにおいてSCARAPなどの既存ツールを凌駕し、機能的に一貫性があり特異的なタンパク質クラスターを生成する、スケーラブルでGPU加速されたパンゲノム構築手法を提示する。
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Ontologizer 3: a cross-platform desktop application for frequentist and Bayesian GO enrichment analysis
Ontologizer 3は、頻度論的手法とベイズ的手法の両方を提供することで遺伝子オントロジー濃縮解析を容易にする、無料で利用可能なクロスプラットフォームのデスクトップアプリケーションであり、後者は階層的な遺伝子セットの重複を考慮することにより、因果関係のある用語の特定において優れた精度を示している。