mnDINO: Accurate and robust segmentation of micronuclei with vision transformer networks
この論文は、染色体不安定性やがん進行との関連が注目される微小核の検出を目的とし、5000 個以上の注釈付きデータを用いて多様な実験条件下で高精度かつ汎用性の高いセグメンテーションを実現するビジョントランスフォーマーベースのモデル「mnDINO」を提案し、関連リソースを公開していることを述べています。
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bioinformatics
1245 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
DEX: a consensus-based amino acid exchangeability measure for improved codon substitution modelling
本研究では、30 のアミノ酸距離尺度を評価し、実験データに基づく新たな尺度と既存の尺度を組み合わせたコンセンサス尺度「DEX」を開発することで、分子進化モデルにおけるコドン置換の予測精度を向上させました。
DiaReport: Reproducible Workflow for Differential Expression Analysis and Interactive Reporting in DIA-based Proteomics
DiaReport は、DIA-NN 出力データから MSqRob や QFeatures を用いた差分発現解析を実行し、Quarto 経由で高品質な対話型 HTML 報告書を生成するオープンソースの R パッケージであり、複雑な実験デザインにも対応した再現性の高いプロテオミクス解析ワークフローを提供します。
Evaluating transformer-based models for structural characterization of orphan proteins
本論文は、相同性を持たない「孤児タンパク質」に対するトランスフォーマーベースモデルの一般化能力を評価した結果、AlphaFold2 や ESMFold などの主要モデルが立体構造の予測において性能が低下する一方、二次構造要素の予測には一定の信頼性が残存することを明らかにした。
Rational Design of Selective IL-2-based Activators for CAR T Cells Using AlphaFold3 and Physics-Informed Machine Learning
本研究は、AlphaFold3 と物理情報に基づく機械学習を活用して、CAR T 細胞の選択的な活性化を可能にする新規の直交型 IL-2/IL-2RB 受容体 - リガンド系を計算機上で設計・評価し、その高い特異性と構造安定性を示したものである。
Benchmarking BEAGLE to find optimal parameters for BEAST X
本論文は、DENV 実データとシミュレーションデータを用いたベンチマークを通じて、BEAGLE のハードウェア設定が BEAST X の実行時間に与える影響を明らかにし、効率的なリソース配分に関する指針を確立したものである。
Joint Geometric--Chemical Distance for Protein Surfaces
この論文は、タンパク質表面の幾何学的形状と化学的場の確率的結合に基づく対応付けフレームワーク「IFACE」を提案し、単一の距離指標として両者を統合することで、構造の多様性と機能的な類似性をより効果的に区別・検出可能にしたことを報告しています。
Cyclic peptides space: The methodology of sequence selection to cover the comprehensive physical properties
本論文は、ESM-2 と環状ペプチドの配列循環平均を組み合わせた新たな手法により、物理化学的性質を包括的に網羅する「ペプチド空間」を構築し、ランダムな選択に比べて効率的に高品質な候補分子を特定できることを実証した。
HitAnno: Atlas-level cell type annotation based on scATAC-seq data via a hierarchical language model
本論文は、大規模な scATAC-seq データにおける細胞タイプの正確かつ解釈可能なアノテーションを可能にする階層的言語モデル「HitAnno」を開発し、再学習なしで新規データセットへの適用や既存アトラスの精緻化を実現することを報告しています。
AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts
本論文は、AlphaFold 予測構造データベースおよび TED ドメインデータベースにおいて、構造情報を保持するタンパク質埋め込みと US-align による精緻化を組み合わせた高速な類似構造検索ツール「AlphaFind v2」を開発し、pLDDT 値やドメイン構造を考慮した多様な検索モードを提供することを報告したものである。