Nanoscale Material Size Shapes Distinct Immune Transcriptional States Under Physiological Flow
この論文は、微小流体を用いた動的な血流条件下での単一細胞 RNA シーケンシング解析を通じて、ナノ材料のサイズと複合曝露が単球、B 細胞、CD4+T 細胞においてそれぞれ異なる転写状態の再編成や統合を引き起こし、免疫系が非線形的に適応することを明らかにしたものである。
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bioinformatics
1244 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
SAMWOOD: An automated method to measure wood cells along growth orientation
この論文は、学習データなしで木材細胞を自動セグメンテーションし、成長方向に沿った木材の微細構造解析を効率化かつ客観化する新しいツール「SAMWOOD」を提案し、化石木材などの複雑なサンプルにおいても人間以上の精度と一貫性を示すことを実証しています。
Multiscale conformational sampling of multidomain fusion proteins by a physics informed diffusion model
この論文は、物理法則を統合した拡散モデルと粗視化グラフを用いることで、従来の分子動力学法に比べて計算コストを大幅に削減しつつ、多ドメイン融合タンパク質の巨大なコンフォメーション空間を高精度にサンプリングし、創薬設計を加速する手法を提案しています。
Improving Local Ancestry Inference through Neural Networks
この論文は、 Bidirectional LSTM や Transformer などのニューラルネットワークを用いた新たな局所祖先推定手法を開発し、既存手法と比較評価することで、特に参考パネルが限定的な場合や大陸内・遠隔の混合集団といった困難なシナリオにおける推定精度を向上させるための前処理と平滑化手法の有効性を示したものである。
Orally Delivered dsRNA-Derived siRNAs Reach the Central Nervous System in Leptinotarsa decemlineata
本論文は、コガネムシ科の害虫であるコガネムシ（Leptinotarsa decemlineata）において、経口摂取された dsRNA が中枢神経系に到達し、機能性 siRNA として処理されて RNAi 機構に組み込まれることを生化学的に実証したものである。
StrainVis: interactive visual strain-level analysis of microbiome data
StrainVis は、SNV と構造変異の両方に基づく菌株レベルの解析ツールを統合した Web プラットフォームであり、プログラミング知識がなくても微生物叢データ内の種内多様性を直感的に可視化・分析できることを提案しています。
SpliceSelectNet: A Hierarchical Transformer-Based Deep Learning Model for Splice Site Prediction
本論文は、最大 100 kb の DNA 配列から剪接部位を予測し、長距離依存性を効率的に捉える階層型トランスフォーマーモデル「SpliceSelectNet」を提案し、その卓越した予測性能と生物学的解釈性を示したものである。
Fleming: An AI Agent for Antibiotic Discovery in Mycobacterium Tuberculosis
Fleming は、Mycobacterium tuberculosis 阻害化合物の探索と ADMET 特性の予測を統合した AI エージェントであり、高いヒット率と新規性をもって抗生物質開発の課題を克服する有望な候補化合物を特定する。
Igniting full-length isoform analysis in single-cell and spatial RNA-seq data with FLAMESv2
FLAMESv2 は、長読長シーケンシングに基づく単一細胞および空間トランスクリプトミクスデータに対して、柔軟かつ正確なアイソフォーム発現解析を可能にするモジュール式 R パッケージであり、幹細胞の神経分化過程における細胞種やアイソフォーム多様性の解明に貢献します。
Application of large language models to the annotation of cell lines and mouse strains in genomics data
本論文は、GPT-4o を活用してゲノミクスデータ（マウス系統や細胞株）のメタデータ注釈を支援する手法を検証し、従来の正規表現法を大幅に上回る精度で注釈を生成できるものの完全な自動化は困難であり、人間による検証を組み合わせた「人間と AI の協調ワークフロー」が効率と品質の向上に有効であることを示しています。