1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
GLP-1R のコンフォメーション可変性を考慮した統合的計算・実験戦略により、ペプチドおよび非ペプチド性の多様なアゴニスト候補を同定し、その中でペンタペプチドである DPDPE が GLP-1 に匹敵する効果を示す有望なリード化合物であることを実証しました。
本研究は、従来の直線型ゲノム参照に代わるヒトパンゲノム参照を用いることで、特に東アジア系個体において体細胞変異の検出精度が向上し、祖先に起因するバイアスを軽減できることを実証した。
本論文は、タンパク質言語モデルと残差ネットワーク、拡張畳み込みを組み合わせた新しい深層学習モデル「emb2dis」を提案し、CAID3 ベンチマークで Disorder-PDB カテゴリにおいて第 1 位となる高い精度でタンパク質の内在性無秩序領域を予測できることを示しています。
この論文は、パシフィック・バイオサイエンスの HiFi シーケンシング技術を用いて得られた複雑なメタゲノムアセンブリから円形メタゲノムアセンブリ（cMAGs）を可視化し、細菌の病原性や薬剤耐性に関わる遺伝子の分布と文脈を包括的に理解するためのオープンソースツール「VicMAG」を開発し、その有用性を示したものである。
Baktfold は、ProstT5 と Foldseek を活用してタンパク質構造情報を基に微生物のゲノムを高速かつ高感度に機能注釈する新たなコマンドラインツールであり、従来の手法よりもはるかに多くの仮説タンパク質の機能を解明できることを示しています。
本論文は、事前学習されたタンパク質言語モデル（ESM-2）と構造確率デコーダを組み合わせた「PSALM」という手法を提案し、従来の HMMER と同等の感度・特異度 tradeoff を達成しつつ、特に緩和された閾値条件下で UniProtKB におけるドメインアノテーションのカバレッジを向上させることを示しています。
本論文は、リガンド誘導型の機能ターゲットに基づいてタンパク質の配列と構造を同時に設計する大規模基盤モデル「EnzyGen2」を提案し、その計算機ベンチマークでの卓越した性能と、天然酵素に匹敵する新規酵素の実験的創製成功を報告しています。
この論文は、eCLIP データを用いた RNA 結合タンパク質の結合変化を、発現量の変化と技術的変動を適切に区別・補正しながら統計的に厳密に解析するための新フレームワーク「Flipper」を提案し、既存手法よりも優れた感度と精度を有することを示しています。
本研究では、WikiPathways や KEGG のパスウェイデータをグラフ構造に変換して負のフィードバックループなどの制御特性を計算機解析する R パッケージ「WayFindR」を開発し、既存のデータベースにおいて負のフィードバックが体系的に欠落している現状を明らかにするとともに、動的なシステムレベルの洞察を得るためのデータキュレーションの改善を提言しています。
この論文は、VAE、Neural ODE、Momentum Contrast を統合し、フローマッチングによる後処理を加えることで、単細胞 RNA 配列データから細胞の連続的な分化軌道と離散的な細胞種アイデンティティを同時に高精度に捉える新しいフレームワーク「MoCoO」を提案し、20 のデータセットを用いた包括的なベンチマークでその有効性を実証したものである。