1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本論文は、炎症性腸疾患や大腸がんに関連するヒト腸内細菌叢の遺伝子アソシエーションを、24 コホートからなる 9,053 検体のメタゲノムデータに基づき、配列やドメイン検索、疾患別有病率の解析、およびメタゲノム種パンゲノムに基づく機能的同定を可能にする Web プラットフォーム「MetaGEAR Explorer」を開発し、その有用性を示したものである。
この論文は、AI 基盤モデル「Boltz-2」が、10 の創薬ターゲットに関する超大規模仮想スクリーニングにおいて、他の再スコアリング手法の 2 倍の成功率を達成し、汎用リソースで数百万化合物の正確なランキングを可能にする優れた性能を示したことを報告しています。
本論文は、パラメトリックな剂量反応モデルの収束失敗や統計的推論の欠如といった既存手法の課題を克服し、等方回帰と野生ブートストラップ法を組み合わせた非パラメトリック枠組み「SIR」を提案することで、再現性の高いドラッグ相乗効果の検出と統計的有意性の評価を実現するものである。
本論文は、組織の形態と空間トランスクリプトームデータを統合的に可視化・解析することを可能にする軽量オープンソース Python フレームワーク「CosMxScope」を提案し、CosMx 空間分子イメージャーの出力をデジタル病理ツール（QuPath など）と互換性のある形式に変換することで、臨床転換研究における空間オミクス解析ワークフローを支援するものである。
この論文は、UCSC ゲノムブラウザと統合ゲノムブラウザ（IGB）間で、それぞれ固有のトラックハブおよびクイックロードデータ形式を相互変換する Web アプリケーション「Track Hub Quickload Translator」を開発し、研究者が初めて数万のゲノムアセンブリを両方のブラウザで利用可能にしたことを報告しています。
この論文は、既知の分子との「連関による推測（guilt by association）」の原理を用いて多オミクスデータのばらつきを解析し、タンパク質の未知の機能を解明するための Python パッケージ「VaLPAS」を開発し、酵母のデータセットを用いてその有効性を示したものである。
この論文は、Nextflow とコンテナ技術を活用して MNase 定義シストローム占有（MOA-seq）データ解析パイプラインを再設計した「MOAflow」を開発し、その移植性、再現性、および計算効率の向上を実証したものである。
AI によるタンパク質構造予測を用いた本研究は、脊椎動物の TLR2 におけるリガンド結合ポケットの保存性と進化、および無脊椎動物における同様の構造が収斂進化によって独立して生じたことを明らかにしました。
本論文は、構造化された生物学的記述（細胞種、組織、マーカー遺伝子など）から単細胞遺伝子発現プロファイルを生成する新しいパイプライン「CLOP-DiT」を提案し、テキストと細胞データの対照的アライメントと拡散トランスフォーマーを用いた条件付き生成の可行性を実証したものである。
本研究は、抗 NMDA 受容体脳炎の原因となる自己抗体を中和するデコイとして機能する合成ペプチド Mimetic の設計と、AlphaFold2 や HADDOCK などの計算手法を用いた結合親和性の評価を行い、その有効性を示唆したものです。