💻 バイオインフォマティクス
Fleming: An AI Agent for Antibiotic Discovery in Mycobacterium Tuberculosis
Fleming は、Mycobacterium tuberculosis 阻害化合物の探索と ADMET 特性の予測を統合した AI エージェントであり、高いヒット率と新規性をもって抗生物質開発の課題を克服する有望な候補化合物を特定する。
💻 Category
bioinformatics
1199 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Igniting full-length isoform analysis in single-cell and spatial RNA-seq data with FLAMESv2
FLAMESv2 は、長読長シーケンシングに基づく単一細胞および空間トランスクリプトミクスデータに対して、柔軟かつ正確なアイソフォーム発現解析を可能にするモジュール式 R パッケージであり、幹細胞の神経分化過程における細胞種やアイソフォーム多様性の解明に貢献します。
💻 バイオインフォマティクス
mnDINO: Accurate and robust segmentation of micronuclei with vision transformer networks
この論文は、染色体不安定性やがん進行との関連が注目される微小核の検出を目的とし、5000 個以上の注釈付きデータを用いて多様な実験条件下で高精度かつ汎用性の高いセグメンテーションを実現するビジョントランスフォーマーベースのモデル「mnDINO」を提案し、関連リソースを公開していることを述べています。
💻 バイオインフォマティクス
DEX: a consensus-based amino acid exchangeability measure for improved codon substitution modelling
本研究では、30 のアミノ酸距離尺度を評価し、実験データに基づく新たな尺度と既存の尺度を組み合わせたコンセンサス尺度「DEX」を開発することで、分子進化モデルにおけるコドン置換の予測精度を向上させました。
💻 バイオインフォマティクス
Benchmarking BEAGLE to find optimal parameters for BEAST X
本論文は、DENV 実データとシミュレーションデータを用いたベンチマークを通じて、BEAGLE のハードウェア設定が BEAST X の実行時間に与える影響を明らかにし、効率的なリソース配分に関する指針を確立したものである。
💻 バイオインフォマティクス
Joint Geometric--Chemical Distance for Protein Surfaces
この論文は、タンパク質表面の幾何学的形状と化学的場の確率的結合に基づく対応付けフレームワーク「IFACE」を提案し、単一の距離指標として両者を統合することで、構造の多様性と機能的な類似性をより効果的に区別・検出可能にしたことを報告しています。
💻 バイオインフォマティクス
Cyclic peptides space: The methodology of sequence selection to cover the comprehensive physical properties
本論文は、ESM-2 と環状ペプチドの配列循環平均を組み合わせた新たな手法により、物理化学的性質を包括的に網羅する「ペプチド空間」を構築し、ランダムな選択に比べて効率的に高品質な候補分子を特定できることを実証した。
💻 バイオインフォマティクス
Comparative Analysis of Structural and Dynamical Properties of Lipid Membranes Simulated with the AMBER Lipid21 ForceField Using SPC/E, TIP3P, TIP3P-FB, TIP4P-FB, TIP4P-Ew, TIP4P/2005, TIP4P-D, and OPC Water Models
本研究は、AMBER Lipid21 力場を用いた POPC および DPPC 脂質二重層の分子動力学シミュレーションにおいて、8 種類の水モデルを比較検討した結果、構造および動的性質の両面で実験値と最もよく一致し、修正なしで最適な選択となり得るのは SPC/E 水モデルであると結論付けています。
💻 バイオインフォマティクス
User-driven development and evaluation of an agentic framework for analysis of large pathway diagrams
本論文は、分子相互作用マップの探索を支援する LLM ベースのシステム「Llemy」を、ドメイン専門家との協働によるユーザー駆動型開発プロセスを通じて設計・評価し、その有用性を検証した研究を報告するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Accounting for Defective Viral Genomes in viral consensus genome reconstruction, application to influenza virus
国立パステル研究所の呼吸器ウイルス国立参照センターが開発した「DIPScan」は、欠損を含むウイルスゲノム（DelVGs）を自動検出し、それらがコンセンサス配列の精度に与える影響を補正することで、インフルエンザウイルスなどの監視における正確なゲノム再構築を実現する手法です。