Transferability of ion force fields to OPC water: Maintaining single-ion and ion-pairing properties
本論文は、既存のイオン力場パラメータを OPC 水モデルに直接転用することの限界を明らかにし、単イオンおよびイオン対の性質を実験値と整合させるために、カチオンとアニオンのパラメータを最適に組み合わせた新しい力場「MS/G-LB(OPC)」を提案しています。
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biophysics
302 件の論文
生命の謎を物理の法則で解き明かすのが生物物理学です。細胞の動きからタンパク質の形まで、目に見えない微观の世界を数式や実験で可視化し、生きている現象そのものを理解しようとする分野です。
Gist.Science は、この分野の最新研究成果を bioRxiv から収集し、すべてを網羅的に処理しています。専門用語の壁を越えるため、各論文の平易な要約と、技術的な詳細なまとめの両方を提供し、誰でも最新の知見に触れられるようにしています。
以下に、bioRxiv から新たに公開された生物物理学の論文一覧を掲載します。最新の発見をぜひご確認ください。
Correcting Preprocessing Bias in Sparse Chromatin Contact Data Enables Physically Interpretable Reconstruction of Genome Architecture
本研究は、クロマチン接触データの標準的な前処理手法に存在するバイアスを特定し、統計的に整合性のある新たな前処理フレームワークと深層学習モデル「CCUT」を開発することで、ポリマー物理学に基づく物理的に解釈可能なゲノム構造の再構築と実験データおよび物理モデル間の定量的な比較を可能にしたことを示しています。
YY1-concentration-dependent formation of mechanically distinct DNA condensates through different interaction mechanisms
この論文は、転写因子 YY1 が濃度依存的に異なる相互作用機構（液状の動的な結合と固状の架橋）を介して、それぞれ異なる機械的特性を持つ DNA コンデンセートを形成し、それがクロマチンの材料状態とゲノム調節を制御することを、単一分子イメージングにより明らかにしたものである。
Structural Basis of M1 Muscarinic and H3 Histamine Receptor Inhibition in OPC Differentiation
この論文は、多発性硬化症の再髄鞘化を促進する化合物 CN045 が M1 型ムスカリン受容体と H3 型ヒスタミン受容体にどのように結合するかを分子動力学シミュレーションなどを通じて解明し、特に M1 受容体との安定な結合様式とリガンド特異的な構造変化のメカニズムを明らかにしたものである。
Structure and dynamics of a multidomain ligand-gated ion channel revealed under acidic conditions
本研究では、酸性条件下でのクライオ電子顕微鏡解析により、カルシウム存在下で閉鎖状態を示すバクテリア性リガンド開口型イオンチャネル DeCLIC の、以前に報告されていなかった拡張された孔径を持つ機能的な開口状態の構造を解明し、カルシウム結合部位と N 末端ドメインの動的特性がチャネルの閉鎖を駆動するメカニズムを提案しました。
Biophysical fitness landscape design traps viral evolution
この論文は、SARS-CoV-2 のようなウイルスの進化を先回りして抑制し、脱出変異を事前に封じ込めるための、抗体群を設計してウイルスの生物物理学的適応度景観を意図的に再構築する新しい手法「生物物理学的適応度景観設計（FLD）」を提案している。
Mass photometry reveals stoichiometry and binding dynamics of bispecific tetravalent anti-VEGF-PD-1 antibody ivonescimab
本研究は、質量フォトメトリーを用いて、PD-1 と VEGF の両方を標的とする二重特異性抗体イボネシマブが、VEGF によって主に 2:2 の化学量論で二量体を形成し、PD-1 との結合において特定の親和性特性を示すことを明らかにした。
Intermittent attachments form three-dimensional cell aggregates with emergent fluid properties
この論文は、細胞間の能動的な断続的接着という最小モデルを開発し、細胞集団が三次元凝集体を形成して表面張力などの流体様特性や集合的走化性を示す物理的メカニズムを解明したことを報告しています。
PLCβs are recruited to the plasma membrane in macrophages by both Gβγ and Gαq
本研究はマクロファージを用いた生体内シグナル解析により、Gβγサブユニットが Gq からの刺激を伴わずとも、PLCβを細胞膜へリクルートして酵素を活性化する独自経路を有することを明らかにし、G タンパク質依存的な PLCβの調節モデルを更新しました。
Closed Kinematic Chain Biomechanics and Cycling: Linking Biomechanical Variables to Knee Joint Loading
本研究は、16 名のサイクリストを対象に逆動力学解析などを用いて閉鎖運動連鎖としての自転車走行における膝関節負荷を評価し、個人差が大きいことを確認した上で、パフォーマンス向上や関節回復のための個別化されたトレーニング・リハビリ戦略の必要性を支持する結果を示した。