412 件の論文
生命の謎を物理の法則で解き明かすのが生物物理学です。細胞の動きからタンパク質の形まで、目に見えない微观の世界を数式や実験で可視化し、生きている現象そのものを理解しようとする分野です。
Gist.Science は、この分野の最新研究成果を bioRxiv から収集し、すべてを網羅的に処理しています。専門用語の壁を越えるため、各論文の平易な要約と、技術的な詳細なまとめの両方を提供し、誰でも最新の知見に触れられるようにしています。
以下に、bioRxiv から新たに公開された生物物理学の論文一覧を掲載します。最新の発見をぜひご確認ください。
本研究は、無顎類であるヤツメウナギにおいて新たに同定された初期分岐型のKCNEサブユニットであるkcne0の機能を特性化し、それがヤツメウナギのKCNQ1チャネルを構成的に活性化させる能力を持つことを実証するとともに、脊椎動物におけるチャネル変調の種特異的な適合性と構造的決定因子を明らかにしている。
本研究は、MTCL1が、組み立て過程における分子模倣を通じて微小管の安定化とチューブリンのアセチル化を結合させるライセンシング因子であることを特定しており、このメカニズムは、MTCL1欠損ゼブラフィッシュにおける運動異常およびてんかん感受性の増加によって証明されるように、適切な神経機能に不可欠である。
本論文は、アコーディオン分光法を利用して単一の二次元実験から完全な化学交換飽和移動（CEST）プロファイルを収集する加速NMR手法であるACCESTを紹介するものであり、これにより、従来のマルチスペクトル手法と比較して大幅な時間の節約を実現し、非平衡系の研究を可能にする。
本論文は、16種類の多様なグリコサミノグリカン調製物とタンパク質との相互作用を定量的にプロファイリング可能な、新規の高スループット表面プラズモン共鳴（SPR）アレイを提示するものであり、既知の結合特異性を検証するとともに、Slit2とコンドロイチンおよびデルマタン硫酸との結合といった、これまで報告されていなかった相互作用の発見に成功した。
本論文は、化学マッピングデータで学習されたRNet基盤モデルに導かれたディープラーニングツールが、RNAの3次元構造予測問題に対する事前の解を必要とすることなく、正確な二次構造と高度に秩序化された3次元フォールドを持つRNAシュードノットをデノボ設計することに成功し、Eternaコンペティションにおいて人間のパフォーマンスに匹敵することを示すものである。
本論文は、オープンソースの自己教師あり学習ディープラーニングツールであるspIsoNetを用いて、マップの異方性補正と粒子整列誤差補正という2つの相補的なワークフローを通じて、クライオ電子顕微鏡（cryoEM）再構成における優先配向アーティファクトを軽減するための実用的なプロトコルを提示するものである。
本論文は、EMグリッド上で直接細胞を開口させるためのシンプルかつスケーラブルな機械的手法であるcryoGOを紹介するものであり、これにより、極めて微量の試料を用いて、多様な内因性高分子をその天然の細胞環境内で高分解能かつ時間分解能の高い構造プロファイリングすることを可能にする。
本研究は、共進化と機械学習を活用して配列に依存しない集団変数（collective variable）を導出することにより、クラスAGPCRの活性化に関する、進化的に保存された統一的なメカニズムを確立し、これにより、オーファン受容体を含む多様なファミリーメンバーにわたる構造転移およびリガンド効果の予測を可能にする。
本研究は、MM-GBSA結合自由エネルギー計算における分解されたエネルギー項が独立しているのではなく高度に共線性を持っていることを示しており、これは分離可能性に関する従来の仮定が無効であることを明らかにし、より堅牢な予測モデリングのために、相関のある項を効果的な極性、非極性、およびエントロピー寄与へと統合することを促すものである。
本研究は、アポ状態、アゴニスト結合状態、およびアンタゴニスト結合状態におけるヘテロマー型GluK2/GluK5カイニン酸受容体のクライオ電子顕微鏡構造を提示し、ヘテロ四量体がホモマーと比較してコンフォメーションのダイナミクスが減少していることを明らかにし、さらにUBP310を用いてGluK5サブユニットを標的とすることは、受容体をポア閉塞コンフォメーションに固定するという点において、GluK2を標的とするよりも効果的であることを示している。